O-(5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidin-3'-yl) N,N-diisopropylfluorophosphoramidite | 171081-08-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: O-(5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidin-3'-yl) N,N-diisopropylfluorophosphoramidite
• 英文别名: 1-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-[[di(propan-2-yl)amino]-fluorophosphanyl]oxyoxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 171081-08-6
• 化学式: C₃₇H₄₅FN₃O₇P
• 分子量: 693.752
• InChiKey: ONGQBXLOYNHIBZ-BNEMNIFVSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.5
• 重原子数：
  49
• 可旋转键数：
  14
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.41
• 拓扑面积：
  98.8
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  O-(5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidin-3'-yl) N,N-diisopropylfluorophosphoramidite 在 zinc dibromide 作用下， 以 硝基甲烷 为溶剂， 反应 4.0h， 以95%的产率得到thymidin-3'-yl-(N,N-diisopropylamino)phosphorofluoridite
  参考文献：
  名称：

  通过亚磷酰胺途径，高效合成胸苷环3'，5'-氟代磷酸酯及其硫类似物。

  摘要：

  我们描述了方便的胸腺嘧啶环3'，5'-氟代磷酸酯6的合成，其优于先前报道的。我们的程序基于以3为主要底物的一系列反应。类似的反应顺序产生了胸苷环3'，5'-硫代磷酸氟代酯7的6个硫类似物。

  DOI：

  10.1080/15257770008045459
• 作为产物：
  描述：

  二氯-N,N-二异丙基亚磷酰胺 在 四丁基氟化铵 、 1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯 作用下， 以 四氢呋喃 、 乙腈 为溶剂， 反应 2.34h， 生成 O-(5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidin-3'-yl) N,N-diisopropylfluorophosphoramidite
  参考文献：
  名称：

  通过亚磷酰胺途径，高效合成胸苷环3'，5'-氟代磷酸酯及其硫类似物。

  摘要：

  我们描述了方便的胸腺嘧啶环3'，5'-氟代磷酸酯6的合成，其优于先前报道的。我们的程序基于以3为主要底物的一系列反应。类似的反应顺序产生了胸苷环3'，5'-硫代磷酸氟代酯7的6个硫类似物。

  DOI：

  10.1080/15257770008045459

文献信息

• Synthesis of phosphorofluoridates and phosphorofluoridothioates via the phosphoramidite approach
  作者：Wojciech Dabkowski、Izabela Tworowska

  DOI：10.1039/b413552k

  日期：——

  We present a very efficient synthetic procedure leading to the phosphorofluoridates RO-P(O)(OH)F 1 or phosphorofluoridothioates RO-P(S)(OH)F 2, which is based on the intermediary of fluorophosphoramidites (RO)P(F)NiPr25 [R = 9-(hydroxyethyloxymethyl)guaninyl), 3′azido-3′deoxythymidinyl, thymidinyl, anhydrothymidinyl, cholesteryl, N6-benzoyl-5′-O-(4,4′-dimethoxytrityl)-2′-deoxyadenosinyl]. The activation of the amino group was performed with trimethylchlorosilane (TMCS).

  我们介绍了一种非常高效的合成方法，能够制备出磷氟酸盐RO-P(O)(OH)F 1或磷氟硫酸盐RO-P(S)(OH)F 2，其方法基于氟磷酰胺中间体(RO)P(F)NiPr25 [R = 9-(羟乙氧甲基)鸟嘌呤基、3′叠氮-3′脱氧胸苷基、胸苷基、脱水胸苷基、胆固醇基、N6-苯甲酰-5′-O-(4,4′-二甲氧基三苯甲基)-2′-脱氧腺苷基]。氨基的活化采用三甲基氯硅烷（TMCS）完成。
• First Synthesis of Nucleosidyl Phosphorofluoridothioates and a Convenient Synthesis of Nucleosidyl Phosphorofluoridates
  作者：Wojciech Dabkowski、Izabela Tworowska

  DOI：10.1246/cl.1995.727

  日期：1995.8

  The first synthesis of 3′- or 5′-nucleosidyl phosphorofluoridothioates RO-P(S)(OH)F have been accomplished via nucleosidyl phosphoramidofluoridates RO-P(NPri2)F. An analogous convenient procedure has been employed to prepare 3′- or 5′-nucleosidyl phosphorofluoridates RO-P(O)(OH)F.

  通过核苷基磷酰胺氟化物RO-P(NPri2)F，首次合成了3′-或5′-核苷基磷酰氟硫代酯RO-P(S)(OH)F。通过类似的简便方法，制备了3′-或5′-核苷基磷酰氟酯RO-P(O)(OH)F。
• Trimethylchlorosilane: a novel activating reagent in nucleotide synthesis via the phosphoramidite route
  作者：Wojciech Dabkowski、Izabela Tworowska、Jan Michalski、Friedrich Cramer

  DOI：10.1039/a701924f

  日期：——

  Trimethylchlorosilane (TMSCl) is a remarkably efficient activator in the reaction of phosphorus(III) amides with nucleosides to give phosphorus(III) esters in excellent yield.

  在磷(III)酰胺与核苷反应生成磷(III)酯的过程中，三甲基氯硅烷（TMSCl）是一种非常有效的活化剂，收率极高。
• 2,4-Dinitrophenol: a novel activating reagent in nucleotide synthesis via the phosphoramidite route. Design of new effective phosphitylating reagents
  作者：Wojciech Dąbkowski、Izabela Tworowska、Jan Michalski、Friedrich Cramer

  DOI：10.1016/s0040-4039(00)01178-3

  日期：2000.9

  2,4-Dinitrophenol (DNP) is a remarkably efficient activator in the reaction of P(III) amides with nucleosides to give P(III) esters in excellent yield. Typical examples of this novel procedure are presented herein. Mechanistic features of the activation were elucidated by model studies of the reaction of bis(2-cyanoethyl)diisopropylphosphoroamidite with benzyl alcohol. The importance of the initial

  2,4-二硝基苯酚（DNP）是P（III）酰胺与核苷反应生成P（III）酯的极有效的活化剂。本文介绍了这种新颖程序的典型示例。通过对双（2-氰基乙基）二异丙基亚磷酰胺与苄醇反应的模型研究，阐明了活化的机理特征。31 P NMR光谱和独立合成清楚地证明了质子化初始阶段和形成中间P（III）-2,4-二硝基苯酯的重要性。含有2，4-二硝基苯氧基的新的磷酸化试剂不需要任何活化。
• Diastereoisomerically pure dinucleosidylphosphorofluoridites and their application in stereospecific synthesis of dinucleosidylphosphorofluoridothionates
  作者：Wojciech Dąbkowski、Izabela Tworowska、Jan Michalski、Fritz Cramer

  DOI：10.1039/c39950001435

  日期：——

  Dinucleosidylphosphorofluoridites with dA(Bz), dC(Bz) or dT at the 3′-end and dT at the 5′-end are synthesised, separated into their diastereoisomers and shown to be converted stereospecifically into the corresponding phosphorofluoridothionates high hydrolytic stability.

  合成了 3′端为 dA(Bz)、dC(Bz) 或 dT 和 5′端为 dT 的二核苷基磷酰亚胺，并将其分离成非对映异构体，结果表明它们能立体定向地转化为相应的磷酰亚胺硫酸盐，具有很高的水解稳定性。