[α-32P]ATP | 4468-22-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷酸
• 英文名称: [α-32P]ATP
• 英文别名: ATP-alpha-32P；[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxy(32P)phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate
• CAS: 4468-22-8
• 化学式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃
• 分子量: 508.21
• InChiKey: ZKHQWZAMYRWXGA-MVKANHKCSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -5.7
• 重原子数：
  31
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.5
• 拓扑面积：
  279
• 氢给体数：
  7
• 氢受体数：
  17

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  [α-32P]ATP 在 pyrophosphatase 、 L-正缬氨酸 、 Aquifex aeolicus His-tagged leucyl-tRNA synthetase 、 potassium chloride 、 三羟甲基氨基甲烷盐酸盐 、 magnesium chloride 、 1,4-二巯基-2,3-丁二醇 作用下， 生成 [32P]-adenosine-5'-phosphate
  参考文献：
  名称：

  通过原核亮氨酰-tRNA 合成酶进行的 tRNA 依赖性预转移编辑。

  摘要：

  为了防止由于氨基酸错误掺入蛋白质而导致的遗传密码歧义，氨酰-tRNA 合成酶已经进化出编辑活动以消除中间或最终的非同源产物。在这项工作中，我们研究了 Ia 类亮氨酰-tRNA 合成酶 (LeuRS) 的不同编辑途径。使用不同的突变和实验条件来破译编辑机制，包括最近开发的化合物 AN2690，其靶向 LeuRS 的转移后编辑位点。该研究强调了 tRNA 在转移前和转移后编辑催化中的重要性。这两种反应在原核 Aquifex aeolicus 和大肠杆菌 LeuRSs 中具有相当的效率，尽管大肠杆菌酶有利于转移后编辑，而 A.aeolicus 酶有利于转移前编辑。我们的结果还表明，tRNA 依赖的预转移编辑严格要求 tRNA 的 CCA 受体末端进入编辑域。令人惊讶的是，这种编辑反应对 AN2690 具有抗性，AN2690 通过在转移后编辑位点与 tRNA(Leu) 形成共价加合物来使酶失活。综上所述，这些数据表明

  DOI：

  10.1074/jbc.m109.060616
• 作为产物：
  描述：

  [32P]-adenosine-5'-phosphate 在 piruvate kinase 、 T₅ bacteriophage deoxynucleoside monophosphate kinase 、 potassium chloride 、 2'-脱氧腺苷 5'-三磷酸酯 、 magnesium chloride 、 1,4-二巯基-2,3-丁二醇 作用下， 反应 0.5h， 以90%的产率得到[α-32P]ATP
  参考文献：
  名称：

  T5噬菌体脱氧核糖核苷单磷酸激酶的底物特异性及其在[α-32P]d/rNTP合成中的应用

  摘要：

  噬菌体 T5 脱氧核苷单磷酸激酶（dNMP 激酶，EC 2.7.4.13）显示可催化 d2CMP 和核糖核苷酸 AMP、GMP 和 CMP 的磷酸化，但不磷酸化 UMP。对于磷酰基的天然受体，发现了 km 和 kcat。T5 dNMP 激酶作为能够磷酸化标记的 r/dNMP 的通用酶的适用性已被证明可用于合成 [α-32P]rNTP 和 [α-32P]dNTP。

  DOI：

  10.1134/s1068162009060090
• 作为试剂：
  描述：

  胞苷-5’-三磷酸 、 尿苷-5'-三磷酸 、 5’-三磷酸腺苷 、 Guanosine 5'-triphosphate 在 T₇ RNA polymerase 、 duplex 5'-d(TAATACGACTCACTATAG)-3'*3'-d(ATTATGCTGAGTGATATCGCGGCACGT)-5' 、 [α-32P]ATP 作用下， 反应 3.5h， 生成 5'-r(pppGCGCCGUGCA)-3'
  参考文献：
  名称：

  微环境敏感的荧光尿苷类似物的合成，光物理特性和酶结合。

  摘要：

  基于5-（苯并[ b ]噻吩-2-基）嘧啶核的微环境敏感性碱基修饰的荧光核糖核苷类似物的合成，将其相应的三磷酸酶合并到RNA寡核苷酸中以及荧光修饰的寡核糖核苷酸的光物理表征是描述。

  DOI：

  10.1021/ol103147t

文献信息

• A Microenvironment-Sensitive Fluorescent Pyrimidine Ribonucleoside Analogue: Synthesis, Enzymatic Incorporation, and Fluorescence Detection of a DNA Abasic Site
  作者：Arun A. Tanpure、Seergazhi G. Srivatsan

  DOI：10.1002/chem.201101194

  日期：2011.11.4

  fluorescent ribonucleoside‐analogue probes are valuable tools in monitoring RNA structure and function because they closely resemble the structure of natural nucleobases. Especially, 2‐aminopurine, a highly environment‐sensitive adenosine analogue, is the most extensively utilized fluorescent nucleoside analogue. However, only a few isosteric pyrimidine ribonucleoside analogues that are suitable for probing

  碱基修饰的荧光核糖核苷类似物探针是监测RNA结构和功能的有价值的工具，因为它们与天然核碱基的结构非常相似。特别是2-氨基嘌呤，一种对环境高度敏感的腺苷类似物，是使用最广泛的荧光核苷类似物。但是，只有少数适​​用于探查RNA分子的结构和识别特性的等排嘧啶嘧啶核糖核苷类似物可用。本文中，我们描述了衍生自标记吲哚N的一小部分碱基修饰的嘧啶核糖核苷类似物的合成和光物理特性-甲基吲哚和苯并呋喃到尿嘧啶的5位上。一种基于5-（苯并呋喃-2-基）嘧啶核的类似物，以合理的量子产率在可见光区域显示发射光，重要的是显示出优异的溶剂致变色性。通过T7 RNA聚合酶将相应的三磷酸底物有效地掺入寡核糖核苷酸中以产生荧光寡核糖核苷酸构建体。用荧光寡核糖核苷酸构建体进行的稳态和时间分辨光谱研究表明，荧光核糖核苷对生色团与邻近碱基之间的相互作用所引起的环境中的细微变化做出了光物理反应。特别是，如果将核糖核苷掺入到寡核糖核
• Posttranscriptional chemical functionalization of azide-modified oligoribonucleotides by bioorthogonal click and Staudinger reactions
  作者：Harita Rao、Anupam A. Sawant、Arun A. Tanpure、Seergazhi G. Srivatsan

  DOI：10.1039/c1cc15659d

  日期：——

  Direct incorporation of azide groups into RNA oligonucleotides by in vitrotranscription reactions in the presence of a new azide-modified UTP analogue, and subsequent posttranscriptional chemical labeling of azide-modified oligoribonucleotide transcripts by click and Staudinger reactions are described. This postsynthetic labeling protocol is robust and modular, and offers an alternative access to RNA labeled with biophysical probes.

  本文描述了通过在体外转录反应中直接将叠氮基团融入RNA寡核苷酸，使用一种新的叠氮改性UTP类似物，并随后通过点击反应和斯陶丁格反应对叠氮改性寡核苷酸转录物进行后转录化学标记。该后合成标记方案稳健且模块化，为标记生物物理探针的RNA提供了另一种途径。
• Vinyluridine as a Versatile Chemoselective Handle for the Post-transcriptional Chemical Functionalization of RNA
  作者：Jerrin Thomas George、Seergazhi G. Srivatsan

  DOI：10.1021/acs.bioconjchem.7b00169

  日期：2017.5.17

  The development of modular and efficient methods to functionalize RNA with biophysical probes is very important in advancing the understanding of the structural and functional relevance of RNA in various cellular events. Herein, we demonstrate a two-step bioorthogonal chemical functionalization approach for the conjugation of multiple probes onto RNA transcripts using a 5-vinyl-modified uridine nucleotide

  使用生物物理探针开发模块化和有效的 RNA 功能化方法对于促进对 RNA 在各种细胞事件中的结构和功能相关性的理解非常重要。在这里，我们展示了一种两步生物正交化学功能化方法，用于使用 5-乙烯基修饰的尿苷核苷酸类似物 (VUTP) 将多个探针缀合到 RNA 转录本上。VUTP 包含结构上无创且多功能的化学选择性处理，通过体外转录反应有效地整合到 RNA 转录物中。此外，我们首次展示了使用钯介导的氧化 Heck 反应，通过使乙烯基标记的 RNA 转录物与适当的硼酸底物反应，用荧光探针对 RNA 进行功能化。乙烯基标签还允许在四嗪底物存在下通过无试剂逆电子需求 Diels-Alder (IEDDA) 反应对 RNA 进行转录后功能化。总的来说，我们的结果表明，VUTP 的结合为 RNA 的模块化功能化与各种报告基因提供了新的可能性。
• [EN] COMPOSITIONS AND METHODS FOR ALTERING SECOND MESSENGER SIGNALING<br/>[FR] COMPOSITIONS ET PROCÉDÉS POUR ALTÉRER LA SIGNALISATION PAR UN SECOND MESSAGER
  申请人：SLOAN KETTERING INST CANCER

  公开号：WO2014179335A1

  公开（公告）日：2014-11-06

  The invention relates to compositions, methods, kits, and assays related to the use and/or exploitation of isomers of cGAMP as well as the structure of the enzyme cGAS.

  这项发明涉及到与使用和/或利用cGAMP同分异构体以及酶cGAS的结构相关的组合物、方法、试剂盒和测定方法。
• Bis-Halogen-Anthraniloyl-Substituted Nucleoside 5′-Triphosphates as Potent and Selective Inhibitors of<i>Bordetella pertussis</i>Adenylyl Cyclase Toxin
  作者：Jens Geduhn、Stefan Dove、Yuequan Shen、Wei-Jen Tang、Burkhard König、Roland Seifert

  DOI：10.1124/jpet.110.174219

  日期：2011.1

  Whooping cough is caused by Bordetella pertussis and still constitutes one of the top five causes of death in young children, particularly in developing countries. The calmodulin-activated adenylyl cyclase (AC) toxin CyaA substantially contributes to disease development. Thus, potent and selective CyaA inhibitors would be valuable drugs for the treatment of whooping cough. However, it has been difficult to obtain potent CyaA inhibitors with selectivity relative to mammalian ACs. Selectivity is important for reducing potential toxic effects. In a previous study we serendipitously found that bis-methylanthraniloyl (bis-MANT)-IMP is a more potent CyaA inhibitor than MANT-IMP ( Mol Pharmacol 72: 526–535, 2007). These data prompted us to study the effects of a series of 32 bulky mono- and bis-anthraniloyl (ANT)-substituted nucleotides on CyaA and mammalian ACs. The novel nucleotides differentially inhibited CyaA and ACs 1, 2, and 5. Bis-ANT nucleotides inhibited CyaA competitively. Most strikingly, bis-Cl-ANT-ATP inhibited CyaA with a potency ≥100-fold higher than ACs 1, 2, and 5. In contrast to MANT-ATP, bis-MANT-ATP exhibited low intrinsic fluorescence, thereby substantially enhancing the signal-to noise ratio for the analysis of nucleotide binding to CyaA. The high sensitivity of the fluorescence assay revealed that bis-MANT-ATP binds to CyaA already in the absence of calmodulin. Molecular modeling showed that the catalytic site of CyaA is sufficiently spacious to accommodate both MANT substituents. Collectively, we have identified the first potent CyaA inhibitor with high selectivity relative to mammalian ACs. The fluorescence properties of bis-ANT nucleotides facilitate development of a high-throughput screening assay.

  百日咳由百日咳杆菌（Bordetella pertussis）引起，目前仍是导致幼儿死亡的五大原因之一，在发展中国家尤其如此。钙调蛋白激活的腺苷酸环化酶（AC）毒素 CyaA 在很大程度上导致了疾病的发生。因此，强效的选择性 CyaA 抑制剂将是治疗百日咳的重要药物。然而，要获得相对于哺乳动物 AC 具有选择性的强效 CyaA 抑制剂一直很困难。选择性对于减少潜在的毒性作用非常重要。在之前的一项研究中，我们偶然发现双甲基蒽酰（bis-MANT）-IMP 是一种比 MANT-IMP 更有效的 CyaA 抑制剂（《分子药理学》72：526-535，2007 年）。这些数据促使我们研究了一系列 32 种笨重的单蒽酰和双蒽酰（ANT）取代的核苷酸对 CyaA 和哺乳动物 AC 的影响。新型核苷酸对 CyaA 和 AC 1、2 和 5 有不同的抑制作用。双-ANT 核苷酸对 CyaA 有竞争性抑制作用。最引人注目的是，双Cl-ANT-ATP对CyaA的抑制作用比AC 1、2和5高出≥100倍。与 MANT-ATP 相反，双-MANT-ATP 显示出较低的本征荧光，从而大大提高了分析核苷酸与 CyaA 结合的信噪比。荧光检测的高灵敏度表明，在没有钙调蛋白的情况下，双-MANT-ATP 也能与 CyaA 结合。分子建模显示，CyaA 的催化位点足够宽敞，可以容纳两个 MANT 取代基。总之，我们发现了第一个对哺乳动物 AC 具有高选择性的强效 CyaA 抑制剂。双-ANT 核苷酸的荧光特性促进了高通量筛选试验的开发。