5-bromo-1-<3-O-(2-aminoethyl)-2-deoxy-5-O-<4,4'-dimethoxytrityl>-β-D-erythro-pentofuranosyl>uracil | 168772-55-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5-bromo-1-<3-O-(2-aminoethyl)-2-deoxy-5-O-<4,4'-dimethoxytrityl>-β-D-erythro-pentofuranosyl>uracil
• CAS: 168772-55-2
• 化学式: C₃₂H₃₄BrN₃O₇
• 分子量: 652.542
• InChiKey: OOLZSOZZOOJIII-ZGIBFIJWSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.96
• 重原子数：
  43.0
• 可旋转键数：
  12.0
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.31
• 拓扑面积：
  127.03
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  9.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-bromo-1-<3-O-(2-aminoethyl)-2-deoxy-5-O-<4,4'-dimethoxytrityl>-β-D-erythro-pentofuranosyl>uracil 在 二苯基磷酸 、 三乙胺 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 4.5h， 生成
  参考文献：
  名称：

  Synthesis of a Carboxamide Linked U^Br∗U^BrDimer–Duplex and Triplex Stabilities of the Corresponding Oligodeoxynucleotides

  摘要：

  A U-Br*U-Br dimer was synthesized by connecting the appropiate nucleoside monomers through a 5-atom carboxamide linkage. The dimer was incorporated in oligodeoxynucleotides and investigated for hybridization properties toward single and double stranded DNA.

  DOI：

  10.1080/15257779508010721
• 作为产物：
  描述：

  methyl 2-deoxy-3-O-<2-(formylamino)ethyl>-5-O-trityl-α,β-D-erythro-pentofuranoside 在 吡啶 、 三氟甲磺酸三甲基硅酯 、 sodium methylate 、 溶剂黄146 作用下， 以 甲醇 、 乙腈 为溶剂， 反应 5.17h， 生成 5-bromo-1-<3-O-(2-aminoethyl)-2-deoxy-5-O-<4,4'-dimethoxytrityl>-β-D-erythro-pentofuranosyl>uracil
  参考文献：
  名称：

  Synthesis of a Carboxamide Linked U^Br∗U^BrDimer–Duplex and Triplex Stabilities of the Corresponding Oligodeoxynucleotides

  摘要：

  A U-Br*U-Br dimer was synthesized by connecting the appropiate nucleoside monomers through a 5-atom carboxamide linkage. The dimer was incorporated in oligodeoxynucleotides and investigated for hybridization properties toward single and double stranded DNA.

  DOI：

  10.1080/15257779508010721

文献信息

• Evaluation of Oligonucleotides with Novel Modifications
  作者：Erik Larsen、Krzysztof Danel、Abdel-Aleem Abdel-Aleem、Poul Niclsen、Jesper Wengel、Erik Pedersen

  DOI：10.1080/15257779508012543

  日期：1995.5.1

  Oligodeoxynucleotides modified with carboxamide linked dimeric nucleotides and an acyclic nucleoside were prepared and investigated for their hybridization properties toward DNA.