bis(2-cyano-1,1-dimethylethyl) N,N-diethylphosphoramidite | 160284-17-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氮化合物
• 英文名称: bis(2-cyano-1,1-dimethylethyl) N,N-diethylphosphoramidite
• 英文别名: 3-[(1-Cyano-2-methylpropan-2-yl)oxy-(diethylamino)phosphanyl]oxy-3-methylbutanenitrile
• CAS: 160284-17-3
• 化学式: C₁₄H₂₆N₃O₂P
• 分子量: 299.353
• InChiKey: CNYMJFXBHMTGSS-UHFFFAOYSA-N

物化性质

• 沸点：
  357.6±27.0 °C(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.6
• 重原子数：
  20
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  0.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.86
• 拓扑面积：
  69.3
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  bis(2-cyano-1,1-dimethylethyl) N,N-diethylphosphoramidite 在 吡啶 、 四氮唑 、 1,2,3,4,5,6,7,8-八硫杂环辛烷 、 (HF)x*Py 、 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 吡啶 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 7.92h， 生成 2'-O-bis[(2-cyano-1,1-dimethylethoxy)thiophosphoryl]-N³-benzoyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)uridine 3'-(2-cyanoethyl-N,N-diisopropylphosphoramidite)
  参考文献：
  名称：

  2'-磷酸化尿苷衍生物中2'-3'磷酸迁移的立体和电子控制及其在2'-磷酸化低聚水杨酸酯合成中的应用研究。

  摘要：

  对于通过使用新的亚磷酰胺结构单元合成2'-磷酸化的低聚吡啶二酸酯，已经研究了几种掩蔽的磷酰基作为2'-磷酸酯前体，当3'羟基保护基必须是3'羟基时，不应将其迁移到3'位置。去除亚磷酰胺残基，将其引入3'-位。结果，发现双（2-氰基-1,1-二甲基乙氧基）硫代磷酰基（BCMETP）是最合适的2'-磷酸盐前体。该硫代磷酰基可通过与双（2-氰基-1，1-二甲基乙氧基）（二乙氨基）膦进行磷酸化，然后硫化而引入3'，5'-甲硅烷基化尿苷衍生物7的2'-羟基。用（HF）（x）（）。Py在THF中处理2'-硫代磷酸化产物15，仅得到3'，5' -未保护的尿苷衍生物16a。化合物16a通过两步反应被转化为亚磷酰胺单元22。该构件用于U（2'-p）pU（29）和U（2'-ps）pU（30）的溶液相合成。通过在N，O-双（三甲基甲硅烷基）乙酰胺（BSA）存在下用DBU处理，从完全保护的衍生物25中有效除去2-

  DOI：

  10.1021/jo952073k
• 作为产物：
  描述：

  二乙基二氯磷 、 3-羟基-3-甲基丁腈 在 三乙胺 作用下， 以 乙醚 为溶剂， 反应 3.5h， 生成 bis(2-cyano-1,1-dimethylethyl) N,N-diethylphosphoramidite
  参考文献：
  名称：

  2'-磷酸化尿苷衍生物中2'-3'磷酸迁移的立体和电子控制及其在2'-磷酸化低聚水杨酸酯合成中的应用研究。

  摘要：

  对于通过使用新的亚磷酰胺结构单元合成2'-磷酸化的低聚吡啶二酸酯，已经研究了几种掩蔽的磷酰基作为2'-磷酸酯前体，当3'羟基保护基必须是3'羟基时，不应将其迁移到3'位置。去除亚磷酰胺残基，将其引入3'-位。结果，发现双（2-氰基-1,1-二甲基乙氧基）硫代磷酰基（BCMETP）是最合适的2'-磷酸盐前体。该硫代磷酰基可通过与双（2-氰基-1，1-二甲基乙氧基）（二乙氨基）膦进行磷酸化，然后硫化而引入3'，5'-甲硅烷基化尿苷衍生物7的2'-羟基。用（HF）（x）（）。Py在THF中处理2'-硫代磷酸化产物15，仅得到3'，5' -未保护的尿苷衍生物16a。化合物16a通过两步反应被转化为亚磷酰胺单元22。该构件用于U（2'-p）pU（29）和U（2'-ps）pU（30）的溶液相合成。通过在N，O-双（三甲基甲硅烷基）乙酰胺（BSA）存在下用DBU处理，从完全保护的衍生物25中有效除去2-

  DOI：

  10.1021/jo952073k

文献信息

• Synthesis and Conformational Properties of Oligonucleotides Incorporating 2‘-<i>O</i>-Phosphorylated Ribonucleotides as Structural Motifs of Pre-tRNA Splicing Intermediates
  作者：Hiroyuki Tsuruoka、Koh-ichiroh Shohda、Takeshi Wada、Mitsuo Sekine

  DOI：10.1021/jo991097e

  日期：2000.11.1

  blocks 6a-d having the bis(2-cyano-1,1-dimethylethoxy)thiophosphoryl (BCMETP) group were prepared according to our previous phosphorylation procedure. These phosphoramidite units 6a-d were not contaminated with 3'-regioisomers and were successfully applied to solid-phase synthesis to give oligodeoxyuridylates 15, 16 and oligouridylates 21, 22. Self-complementary Drew-Dickerson DNA 12mers 24-28 replaced

  为了合成包含2'-O-磷酸基团的寡核苷酸，根据我们以前的方法制备了具有双（2-氰基-1,1-二甲基乙氧基）硫代磷酰基（BCMETP）的四种核糖核苷3'-亚磷酰胺基结构单元6a-d磷酸化程序。这些亚磷酰胺单元6a-d没有被3'-区域异构体污染，并成功地应用于固相合成，得到寡脱氧尿苷酸酯15、16和寡丁二酸酯21、22。自互补的Drew-Dickerson DNA 12mers 24-28被2取代。类似地合成了在各个位置的'-O-磷酸化的核糖核苷酸。在这些合成中，事实证明，KI（3）是最有效的试剂，用于将最初生成的硫代磷酸酯基团氧化为聚合物载体上的磷酸酯基团。在不使用该转化步骤的情况下，还合成了掺入2'-O-硫代磷酸化尿苷衍生物的三癸氧基尿苷酸17。为了研究2'-磷酸基团对DNA（RNA）双链体的热稳定性和3D结构的影响，对获得的自互补寡核苷酸进行T（m）测量，并对七聚体双链体33-36进行MD模拟。
• Phosphorothioate monoester modified oligomers
  申请人：——

  公开号：US20030190626A1

  公开（公告）日：2003-10-09

  Oligomeric compounds having at least one phosphorothioate monoester are provided having increased nuclease resistance and binding affinity to a complementary strand of nucleic acid. Such oligomeric compounds are useful for diagnostics and other research purposes, for modulating the expression of a protein in organisms, and for the diagnosis, detection and treatment of other conditions responsive to oligonucleotide therapeutics.

  所提供的寡聚化合物至少具有一个硫代磷酸酯单酯，具有更强的抗核酸酶能力和与核酸互补链的结合亲和力。这种寡聚化合物可用于诊断和其他研究目的，调节生物体内蛋白质的表达，以及诊断、检测和治疗对寡核苷酸疗法有反应的其他病症。
• Oligomeric compounds having modified phosphate groups
  申请人：Ravikumar Vasulinga

  公开号：US20060003952A1

  公开（公告）日：2006-01-05

  Oligomeric compounds having at least one phosphorothioate monoester are provided having increased nuclease resistance and binding affinity to a complementary strand of nucleic acid. Such oligomeric compounds are useful for diagnostics and other research purposes, for modulating the expression of a protein in organisms, and for the diagnosis, detection and treatment of other conditions responsive to oligonucleotide therapeutics.

  所提供的寡聚化合物至少具有一个硫代磷酸酯单酯，具有更强的抗核酸酶能力和与核酸互补链的结合亲和力。这种寡聚化合物可用于诊断和其他研究目的，调节生物体内蛋白质的表达，以及诊断、检测和治疗对寡核苷酸疗法有反应的其他病症。
• New Strategies for the Chemical Synthesis of Biologically Important Nucleic Acid Derivatives
  作者：Mitsuo. Sekine、Hiroyuki. Tsuruoka、Koh-ichiro. Shohda、Tomohisa. Moriguchi、Tomohisa. Wada

  DOI：10.1080/07328319808004744

  日期：1998.9

  This paper describes general methods for the synthesis of N-phosphorylated ribonucleosides and oligonucleotides containing a 2'-O-phosphorylated or 2'-O-thiophosphorylated ribonucleoside. The NMR-based conformational analysis and computational molecular dynamics simulation of the 2'-O-phosphorylated ribonucleoside residue in such modified oligonucleotides suggested that the ribose residue existed preferentially in a C2'-endo conformation, it was also found that simple heating of 2'-O-phosphorylated oligonucleotides resulted in rapid dethiophosphorylation.
• OLIGOMERIC COMPOUNDS HAVING MODIFIED PHOSPHATE GROUPS
  申请人：ISIS PHARMACEUTICALS, INC.

  公开号：EP1496943A2

  公开（公告）日：2005-01-19