2-(3-chloro-4-hydroxyphenyl)ethyl isothiocyanate

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 酚类
• 英文名称: 2-(3-chloro-4-hydroxyphenyl)ethyl isothiocyanate
• 英文别名: 2-Chloro-4-(2-isothiocyanatoethyl)phenol；2-chloro-4-(2-isothiocyanatoethyl)phenol
• 化学式: C₉H₈ClNOS
• 分子量: 213.688
• InChiKey: NLFGXCBFZXSVLZ-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.8
• 重原子数：
  13
• 可旋转键数：
  3
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.22
• 拓扑面积：
  64.7
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  3

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-(3-chloro-4-hydroxyphenyl)ethyl isothiocyanate 、 3-[(2Z)-2-[2-[2-chloro-3-[(E)-2-[3,3-dimethyl-1-(3-sulfonatopropyl)indol-1-ium-2-yl]ethenyl]cyclohex-2-en-1-ylidene]ethylidene]-3,3-dimethylindol-1-yl]propane-1-sulfonate 在 sodium hydride 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 18.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  Near-Infrared Heavy-Atom-Modified Fluorescent Dyes for Base-Calling in DNA-Sequencing Applications Using Temporal Discrimination

  摘要：

  我们制备了一系列近红外荧光染料，这些染料含有一个分子内重金属原子，可改变荧光寿命，从而产生一组适合单道 DNA 测序格式中碱基调用的探针。重原子修饰包括位于发色团偏远部分的分子内卤素，以尽量减少对荧光寿命和荧光量子产率的干扰。此外，染料系列还具有异硫氰酸酯官能团，可以方便地连接到测序引物上。非共轭染料显示出相似的吸收和发射最大值（λabs = 765-768 nm；λem = 794-798 nm）以及荧光量子产率，这些量子产率在实验误差范围内与重原子无关。然而，研究发现这些染料的寿命随卤素取代物的特性而变化（I，τf = 947 ps；F，τf = 843 ps，在甲醇中测量），染料系列内的平均变化为 35 ps。在 DNA 测序基质（含有甲酰胺的变性凝胶）中测定了游离染料和与寡核苷酸 5'- 端测序引物共轭的染料的光谱特性。结果表明，在这种特定基质中，游离染料的荧光特性与染料/引物共轭物的荧光特性略有不同。对基态吸收光谱的检测显示，游离染料在该溶液中出现了明显的聚集现象，但由于寡核苷酸的高阴离子性质，共轭染料没有出现聚集的迹象。染料/引物共轭物的荧光寿命从 735 到 889 ps 不等，平均变化为 51 ps，这种差异足以让这些染料在 DNA 测序条件下被轻松区分。此外，还发现原生重原子修饰染料的自由溶液电泳迁移率非常相似。当染料/原体共轭物在交联聚丙烯酰胺凝胶电泳毛细管柱中电泳时，它们会结合在一起，这表明在单道测序应用中，当使用这些染料时，无需进行运行后校正来纠正染料依赖性迁移率偏移。

  DOI：

  10.1021/ac980018g
• 作为产物：
  描述：

  酪胺盐酸盐 在 盐酸 、 间氯过氧苯甲酸 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 1.0h， 生成 2-(3-chloro-4-hydroxyphenyl)ethyl isothiocyanate
  参考文献：
  名称：

  Near-Infrared Heavy-Atom-Modified Fluorescent Dyes for Base-Calling in DNA-Sequencing Applications Using Temporal Discrimination

  摘要：

  我们制备了一系列近红外荧光染料，这些染料含有一个分子内重金属原子，可改变荧光寿命，从而产生一组适合单道 DNA 测序格式中碱基调用的探针。重原子修饰包括位于发色团偏远部分的分子内卤素，以尽量减少对荧光寿命和荧光量子产率的干扰。此外，染料系列还具有异硫氰酸酯官能团，可以方便地连接到测序引物上。非共轭染料显示出相似的吸收和发射最大值（λabs = 765-768 nm；λem = 794-798 nm）以及荧光量子产率，这些量子产率在实验误差范围内与重原子无关。然而，研究发现这些染料的寿命随卤素取代物的特性而变化（I，τf = 947 ps；F，τf = 843 ps，在甲醇中测量），染料系列内的平均变化为 35 ps。在 DNA 测序基质（含有甲酰胺的变性凝胶）中测定了游离染料和与寡核苷酸 5'- 端测序引物共轭的染料的光谱特性。结果表明，在这种特定基质中，游离染料的荧光特性与染料/引物共轭物的荧光特性略有不同。对基态吸收光谱的检测显示，游离染料在该溶液中出现了明显的聚集现象，但由于寡核苷酸的高阴离子性质，共轭染料没有出现聚集的迹象。染料/引物共轭物的荧光寿命从 735 到 889 ps 不等，平均变化为 51 ps，这种差异足以让这些染料在 DNA 测序条件下被轻松区分。此外，还发现原生重原子修饰染料的自由溶液电泳迁移率非常相似。当染料/原体共轭物在交联聚丙烯酰胺凝胶电泳毛细管柱中电泳时，它们会结合在一起，这表明在单道测序应用中，当使用这些染料时，无需进行运行后校正来纠正染料依赖性迁移率偏移。

  DOI：

  10.1021/ac980018g

文献信息

• Near-Infrared Heavy-Atom-Modified Fluorescent Dyes for Base-Calling in DNA-Sequencing Applications Using Temporal Discrimination
  作者：James H. Flanagan,、Clyde V. Owens、Sarah E. Romero、Emanuel Waddell、Shaheer H. Kahn、Robert P. Hammer、Steven A. Soper

  DOI：10.1021/ac980018g

  日期：1998.7.1

  A series of near-IR fluorescent dyes were prepared which contained an intramolecular heavy atom for altering the fluorescence lifetimes to produce a set of probes appropriate for base-calling in a single-lane DNA sequencing format. The heavy-atom modification consisted of an intramolecular halogen situated on a remote section of the chromophore in order to minimize the perturbation on the lifetimes and fluorescence quantum yields. In addition, the dye series possessed an isothiocyanate functional group to allow facile attachment to sequencing primers. The unconjugated dyes showed similar absorption and emission maxima (λabs = 765−768 nm; λem = 794−798 nm) as well as fluorescence quantum yields that were invariant, within experimental error, with the heavy atom. However, the lifetimes of these dyes were found to vary with the identity of the halogen substitution (I, τf = 947 ps; F, τf = 843 ps, measured in methanol), with an average variation within the dye series of 35 ps. The spectroscopic properties of the free dyes and the dyes conjugated to sequencing primers on the 5‘-end of the oligonucleotide were determined in a DNA-sequencing matrix (denaturing gels containing formamide). The results indicated slight differences in the fluorescence properties of the free dyes compared to those of the dye/primer conjugates in this particular matrix. Inspection of the ground-state absorption spectra showed significant aggregation for the free dyes in this solution, but the conjugated dyes exhibited no sign of aggregation due to the highly anionic nature of the oligonucleotide. The fluorescence lifetimes of the dye/primer conjugates demonstrated lifetimes which ranged from 735 to 889 ps, with an average variation of 51 ps, an adequate difference to allow facile discrimination of these dyes in DNA-sequencing conditions. In addition, the free solution electrophoretic mobilities of the native heavy-atom-modified dyes were found to be very similar. When the dye/primer conjugates were electrophoresed in a cross-linked polyacrylamide gel electrophoresis capillary column, they comigrated, indicating that, in single-lane sequencing applications, when utilizing these dyes, no postrun corrections would be required to correct for dye-dependent mobility shifts.

  我们制备了一系列近红外荧光染料，这些染料含有一个分子内重金属原子，可改变荧光寿命，从而产生一组适合单道 DNA 测序格式中碱基调用的探针。重原子修饰包括位于发色团偏远部分的分子内卤素，以尽量减少对荧光寿命和荧光量子产率的干扰。此外，染料系列还具有异硫氰酸酯官能团，可以方便地连接到测序引物上。非共轭染料显示出相似的吸收和发射最大值（λabs = 765-768 nm；λem = 794-798 nm）以及荧光量子产率，这些量子产率在实验误差范围内与重原子无关。然而，研究发现这些染料的寿命随卤素取代物的特性而变化（I，τf = 947 ps；F，τf = 843 ps，在甲醇中测量），染料系列内的平均变化为 35 ps。在 DNA 测序基质（含有甲酰胺的变性凝胶）中测定了游离染料和与寡核苷酸 5'- 端测序引物共轭的染料的光谱特性。结果表明，在这种特定基质中，游离染料的荧光特性与染料/引物共轭物的荧光特性略有不同。对基态吸收光谱的检测显示，游离染料在该溶液中出现了明显的聚集现象，但由于寡核苷酸的高阴离子性质，共轭染料没有出现聚集的迹象。染料/引物共轭物的荧光寿命从 735 到 889 ps 不等，平均变化为 51 ps，这种差异足以让这些染料在 DNA 测序条件下被轻松区分。此外，还发现原生重原子修饰染料的自由溶液电泳迁移率非常相似。当染料/原体共轭物在交联聚丙烯酰胺凝胶电泳毛细管柱中电泳时，它们会结合在一起，这表明在单道测序应用中，当使用这些染料时，无需进行运行后校正来纠正染料依赖性迁移率偏移。