[(1R,3R,4R,7S)-1-(4,4′-dimethoxytrityloxymethyl)-7-hydroxy-3-(thymin-1-yl)-2-oxa-5-azabicyclo[2.2.1]heptane]

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: [(1R,3R,4R,7S)-1-(4,4′-dimethoxytrityloxymethyl)-7-hydroxy-3-(thymin-1-yl)-2-oxa-5-azabicyclo[2.2.1]heptane]
• 英文别名: 1-[(1R,3R,4R,7S)-1-{[bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy]methyl}-7-hydroxy-2-oxa-5-azabicyclo[2.2.1]hept-3-yl]-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione；1-[(1R,3R,4R,7S)-1-{[bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy]methyl}-7-hydroxy-2-oxa-5-azabicyclo[2.2.1]hepta-3-yl]-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione；1-[(1R,3R,4R,7S)-1-[[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethoxy]methyl]-7-hydroxy-2-oxa-5-azabicyclo[2.2.1]heptan-3-yl]-5-methylpyrimidin-2,4-dione；1-(2-amino-2-deoxy-5-O-4,4'-dimethoxytrityl-2-N,4-C-methylene-β-D-ribo-furanosyl)thymine；1-[(1R,3R,4R,7S)-1-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-7-hydroxy-2-oxa-5-azabicyclo[2.2.1]heptan-3-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• 化学式: C₃₂H₃₃N₃O₇
• 分子量: 571.63
• InChiKey: SWHGZGPPATWRHM-LBWLPYLASA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.5
• 重原子数：
  42
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.31
• 拓扑面积：
  119
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  [(1R,3R,4R,7S)-1-(4,4′-dimethoxytrityloxymethyl)-7-hydroxy-3-(thymin-1-yl)-2-oxa-5-azabicyclo[2.2.1]heptane] 在 四丁基氟化铵 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,2-二氯乙烷 为溶剂， 反应 1.25h， 生成 N-(1-{(1R,3R,4R,7S)-1-{[bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy]methyl}-7-hydroxy-2-oxa-5-azabicyclo[2.2.1]hepta-3-yl}-5-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyrimidin-4-yl)benzamide
  参考文献：
  名称：

  GuNA 嘌呤/嘧啶核苷和寡核苷酸的合成和性质

  摘要：

  我们最近设计了胍桥核酸 (GuNA)，合成了带有胸腺嘧啶 (T) 核碱基的 GuNA，并成功地掺入了寡核苷酸中。GuNA-T 修饰的寡核苷酸对其互补的单链 RNA 具有高双链体形成能力，并且对 3'-外切核酸酶高度稳定。因此，GuNA 是一种很有前途的用于治疗性反义寡核苷酸的人工核酸。我们在此报告了带有腺嘌呤 (A)、鸟嘌呤 (G) 和 5-甲基胞嘧啶 ( m C) 核碱基的 GuNA 亚磷酰胺的简便合成方法，以及制备 GuNA 修饰寡核苷酸的稳健方法，即使序列具有酸敏感性嘌呤核碱基。用 GuNA-A、-G 或-m修饰的寡核苷酸C具有高双链形成能力，类似于用GuNA-T修饰的那些。此外，一些 GuNA 修饰的寡核苷酸显示出与其天然对应物相比具有较高的碱基识别能力。GuNA 核苷在细菌回复突变试验中没有表现出基因毒性。因此，所有 GuNA（GuNA-T、-A、-G 和-m C）现在都可以在治疗应用中进行检查。

  DOI：

  10.1039/d0ob01970d
• 作为产物：
  描述：

  5-azido-3-O-benzyl-4-C-[(benzyloxy)methyl]-5-deoxy-1,2-O-isopropylidene-β-L-lyxofuranose 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 N,O-双三甲硅基乙酰胺 、 硫酸 、 10 wt% Pd(OH)2 on carbon 、 氢气 、 三苯基膦 、 甲胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 、 水 、 乙腈 为溶剂， 反应 32.5h， 生成 [(1R,3R,4R,7S)-1-(4,4′-dimethoxytrityloxymethyl)-7-hydroxy-3-(thymin-1-yl)-2-oxa-5-azabicyclo[2.2.1]heptane]
  参考文献：
  名称：

  CROSSLINKED NUCLEIC ACID GUNA, METHOD FOR PRODUCING SAME, AND INTERMEDIATE COMPOUND

  摘要：

  本发明提供了一种生产胍交联人工核酸（以下简称为GuNA）的方法，以及用于其生产的中间化合物。具体而言，本发明提供了一种生产由通式I表示的化合物的方法：（在该式中，R1、R2、R3、R4、R5、R6、m和环A如规范中定义）或其盐，其中还包括将还原剂与通式II表示的化合物发生反应的步骤：（在该式中，R1、R2、R3、R4、R5、R6、m和环A'如规范中定义）。

  公开号：

  US20180251488A1

文献信息

• CROSSLINKED ARTIFICIAL NUCLEIC ACID ALNA
  申请人：MITSUBISHI TANABE PHARMA CORPORATION

  公开号：US20220002336A1

  公开（公告）日：2022-01-06

  The present invention provides a novel bridged artificial nucleic acid and an oligomer containing the same as a monomer. The present invention provides specifically a compound represented by general formula (I) (wherein each symbol is the same as defined in the specification) or salts thereof; as well as an oligonucleotide compound represented by general formula (I′) (wherein each symbol is the same as defined in the specification) or salts thereof.

  本发明提供了一种新型的桥接人工核酸和含有该人工核酸作为单体的寡聚物。本发明具体提供了一种由通式（I）表示的化合物（其中每个符号与规范中定义的相同）或其盐；以及由通式（I'）表示的寡核苷酸化合物（其中每个符号与规范中定义的相同）或其盐。
• Synthesis and Biophysical Investigations of Oligonucleotides Containing Galactose-Modified DNA, LNA, and 2′-Amino-LNA Monomers
  作者：Annika Ries、Rajesh Kumar、Chenguang Lou、Tamer Kosbar、Empar Vengut-Climent、Per T. Jørgensen、Juan C. Morales、Jesper Wengel

  DOI：10.1021/acs.joc.6b01917

  日期：2016.11.18

  thymidine, LNA-T, and 2′-amino-LNA-T nucleosides were synthesized, converted into the corresponding phosphoramidite derivatives and introduced into short oligonucleotides. Compared to the unmodified control strands, the galactose-modified oligonucleotides in general, and the N2′-functionalized 2′-amino-LNA derivatives in particular, showed improved duplex thermal stability against DNA and RNA complements

  合成半乳糖修饰的胸苷，LNA-T和2'-氨基-LNA-T核苷，将其转化为相应的亚磷酰胺衍生物，并引入短的寡核苷酸中。与未修饰的对照链相比，一般而言，半乳糖修饰的寡核苷酸，尤其是N2'-官能化的2'-氨基-LNA衍生物，对DNA和RNA补体的双链热稳定性提高，并且能够识别错配。此外，2'-氨基-LNA-T衍生物诱导了显着的3'-核酸外切酶抗性。使用分子模型研究进一步研究了这些结果。
• Functionalization of 2′-amino-LNA with additional nucleobases
  作者：Tadashi Umemoto、Jesper Wengel、Andreas Stahl Madsen

  DOI：10.1039/b901028a

  日期：——

  Thymin-1-yl-acetic acid and adenin-9-yl-acetic acid have been coupled to the N2′-atom of a 2′-amino-LNA thymine nucleoside, and these “double-headed” LNA monomers have been incorporated into oligodeoxyribonucleotides via their corresponding phosphoramidite derivatives. Oligonucleotides containing these modified nucleotides show in most cases increased thermal stability when forming duplexes with complementary DNA, even allowing multiple incorporations. Incorporation of “double-headed” LNA monomers in both strands also led to stable duplexes, however, no indication of Watson–Crick base pairing between the extra nucleobases could be found.

  胸腺嘧啶-1-基乙酸和腺嘌呤-9-基乙酸已与2'-氨基-LNA胸腺核苷的N2'-原子结合，这些“双头”LNA单体已通过其相应的磷酰胺衍生物被纳入寡脱氧核糖核酸中。含有这些修饰核苷的寡核苷酸在与互补DNA形成双链时，通常显示出更高的热稳定性，甚至允许多次纳入。在两条链中都纳入“双头”LNA单体也导致了稳定的双链形成，但未能发现额外核苷碱基之间的沃森–克里克配对的迹象。
• Functionalized LNA (locked nucleic acid): high-affinity hybridization of oligonucleotides containing N-acylated and N-alkylated 2′-amino-LNA monomers
  作者：Mads D. Sørensen、Michael Petersen、Jesper Wengel

  DOI：10.1039/b307026c

  日期：——

  A molecular dynamics (MD) simulation, synthesis and very efficient hybridization for a series of N-acylated and N-alkylated derivatives of 2′-amino-LNA are reported.

  报道了一系列N-酰化和N-烷基化的2′-氨基-LNA衍生物的分子动力学（MD）模拟、合成及非常高效的杂交。
• Amino acids attached to 2′-amino-LNA: synthesis and excellent duplex stability
  作者：Marie W. Johannsen、Lia Crispino、Michael C. Wamberg、Neerja Kalra、Jesper Wengel

  DOI：10.1039/c0ob00532k

  日期：——

  2′-amino derivative of locked nucleic acid) has opened up a number of exciting possibilities with respect to modified nucleic acids. While maintaining the excellent duplex stability inferred by LNA-type oligonucleotides, the nitrogen in the 2′-position of 2′-amino-LNA monomers provides an excellent handle for functionalisation. Herein, the synthesis of amino acid functionalised 2′-amino-LNA derivatives

  2'-氨基-LNA（锁核酸的2'-氨基衍生物）的合成为修饰核酸开辟了许多令人兴奋的可能性。在保持LNA型寡核苷酸推断出的出色的双链稳定性的同时，2'-氨基-LNA单体2'-位的氮为官能化提供了极好的方法。在此，描述了氨基酸官能化的2'-氨基-LNA衍生物的合成。在ON合成之后，将附着于2'-氨基-LNA单体的N2'-位置的甘氨酰基单元进一步用各种氨基酸酰化。与DNA / RNA补体结合后，修饰的ON会引起热稳定性的显着提高，这在低盐浓度的缓冲液系统中尤为明显。据认为，热稳定性的提高至少部分是由于以下原因引起的：当附加带正电荷的氨基酸残基时，通过降低带负电荷的磷酸盐骨架之间的静电排斥力。掺入不止一种2'-氨基-LNA修饰后，发现效果几乎是累加的。为了比较，已经合成了用不带电荷的基团修饰的2'-氨基-LNA衍生物，并且同样研究了它们对双链体热稳定性的影响。