thymidilyl(3'-5')thymidine | 87367-14-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - （3'->5'）-二核苷酸和类似物
• 英文名称: thymidilyl(3'-5')thymidine
• 英文别名: thymidylyl(3'-5')thymidine；[(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [(2R,3S,5R)-2-(hydroxymethyl)-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl] phosphate
• CAS: 87367-14-4
• 化学式: C₂₀H₂₆N₄O₁₂P
• 分子量: 545.42
• InChiKey: FCXGCSBZKOHCLB-KPRKPIBOSA-M

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -2.5
• 重原子数：
  37.0
• 可旋转键数：
  8.0
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.6
• 拓扑面积：
  227.23
• 氢给体数：
  4.0
• 氢受体数：
  14.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  thymidilyl(3'-5')thymidine 在 吡啶 、 盐酸 、 氢氟酸 作用下， 以 水 为溶剂， 反应 8.5h， 生成 5,5'-二甲基-4,4'-联嘧啶-2,2',6(1H,3H,3'H)-三酮
  参考文献：
  名称：

  Measurement of Pyrimidine (6-4) Photoproducts in DNA by a Mild Acidic Hydrolysis-HPLC Fluorescence Detection Assay

  摘要：

  Pyrimidine (6-4) pyrimidone photoproducts constitute one of the major classes of DNA lesions induced by far-UV irradiation. However, their biological role remains difficult to assess partly because of the lack of a specific and sensitive assay for monitoring their formation in DNA. Here is presented a measurement method based on the release of the (6-4) base adducts from DNA followed by an HPLC separation associated with a sensitive and specific fluorescence detection. The quantitative and mechanistic aspects of the chemical hydrolysis, based on the use of hydrogen fluoride stabilized in pyridine, were investigated, using dinucleoside monophosphate (6-4) photoproducts as model compounds. The final hydrolysis products were isolated and characterized by UV, fluorescence, mass, and H-1 NMR spectroscopies. Application of the assay to far-UV irradiated calf thymus DNA provided information on the sequence effect on the rate of formation of three of the four possible bipyrimidine (6-4) photoproducts.

  DOI：

  10.1021/tx00044a010
• 作为产物：
  描述：

  在 zinc(II) nitrate hexahydrate 、 1-(5-N,N-dimethylaminonaphthalene-1-sulfonyl)-1,4,7,10-tetraazacyclododecane tetrahydrochloride 作用下， 以 重水 为溶剂， 生成 thymidilyl(3'-5')thymidine
  参考文献：
  名称：

  N-Dansyl-1,4,7,10-四氮杂环十二烷在水溶液中的金属配合物的磺酰胺键的光解：机理研究及其在顺式，顺式-环丁烷胸腺嘧啶光二聚体的光修复中的应用

  摘要：

  有条件的裂解：光化学小号中的Zn的N键裂解2+络合物Ñ -dansylcyclen（ZNL 2）在水溶液中进行了研究。此外，光解ZNL的2（参见方案）的方便的光逆转顺式，顺式-胸腺嘧啶photodimer（T [ Ç，š ] T）。

  DOI：

  10.1002/asia.200800428

文献信息

• Thermolytic 4-Methylthio-1-butyl Group for Phosphate/Thiophosphate Protection in Solid-Phase Synthesis of DNA Oligonucleotides
  作者：Jacek Cieślak、Andrzej Grajkowski、Victor Livengood、Serge L. Beaucage

  DOI：10.1021/jo035861f

  日期：2004.4.1

  phosphate/thiophosphate protecting group for DNA oligonucleotides has been investigated for its potential application to a “heat-driven” process for either oligonucleotide synthesis on diagnostic microarrays or, oppositely, to the large-scale preparation of therapeutic oligonucleotides. The preparation of phosphoramidites 10a−d is straightforward, and the incorporation of these amidites into oligonucleotides via solid-phase

  已经研究了用于DNA寡核苷酸的不耐热的4-甲基硫基-1-丁基磷酸酯/硫代磷酸酯保护基团，其在诊断芯片上合成寡核苷酸的“热驱动”过程中具有潜在的应用潜力，或者相反，在大规模制备寡核苷酸时具有潜在的应用价值。治疗性寡核苷酸。亚磷酰胺10a - d的制备这是很简单的，并且通过固相技术将这些亚酰胺掺入寡核苷酸的过程与使用2-氰基乙基脱氧核糖核苷亚磷酰胺所实现的过程一样有效。4-甲基硫基-1-丁基磷酸酯/硫代磷酸酯保护基的多功能性可通过在中性条件下于55°C在中性条件下于55°C的水性缓冲液中加热30分钟或在55°C的浓缩条件下2小时内从寡核苷酸中轻松去除而获得。 NH 4 OH。脱保护反应通过分子内环脱酯化机理发生，导致形成salt盐18。与脱氧核糖核苷和N混合时在近似于大规模（> 50 mmol）寡核苷酸脱保护反应的条件下，在保护的2'-脱氧核糖核苷或模型硫代磷酸酯二酯的作用下，盐18不会显着改
• An efficient oxidizing reagent for the synthesis of mixed backbone oligonucleotides via the h-Phosphonate approach
  作者：Nikhil U Mohe、Kamlesh J Padiya、Manikrao M Salunkhe

  DOI：10.1016/s0968-0896(02)00615-6

  日期：2003.4

  diesters to the corresponding phosphates. The system is found to be inert to the phosphoramidate (P-N) and the phosphorothioate (P-S) linkages and has successfully been applied to the solid phase synthesis of mixed-backbone oligonucleotides (MBOs).

  已经开发了四氯化碳，N-甲基吗啉（NMM），吡啶和水在乙腈中的混合物，用于将二核苷H-膦酸酯二酯氧化为相应的磷酸盐。发现该系统对氨基磷酸酯（PN）和硫代磷酸酯（PS）键是惰性的，并且已成功应用于混合骨干寡核苷酸（MBO）的固相合成。
• Thermolytic Properties of 3-(2-Pyridyl)-1-propyl and 2-[<i>N</i>-Methyl-<i>N</i>-(2-pyridyl)]aminoethyl Phosphate/Thiophosphate Protecting Groups in Solid-Phase Synthesis of Oligodeoxyribonucleotides
  作者：Jacek Cieślak、Serge L. Beaucage

  DOI：10.1021/jo0354490

  日期：2003.12.1

  thermolytic phosphate/thiophosphate protecting groups has been investigated. Specifically, 2-pyridinepropanol and 2-[N-methyl-N-(2-pyridyl)]aminoethanol were incorporated into deoxyribonucleoside phosphoramidites 7a-d and 9, which were found as efficient as 2-cyanoethyl deoxyribonucleoside phosphoramidites in solid-phase oligonucleotide synthesis. Whereas the removal of 3-(2-pyridyl)-1-propyl phosphate/thiophosphate

  在固相寡核苷酸合成中，热解基团可以替代传统的2-氰基乙基用于磷酸酯/硫代磷酸酯的保护，以防止在用于寡核苷酸脱保护的基本条件下通过丙烯腈产生的DNA烷基化。另外，在设计用于在诊断微阵列上合成寡核苷酸的“热驱动”过程的背景下，热解基团是有吸引力的。在这些方面，已经研究了吡啶衍生物作为热解磷酸酯/硫代磷酸酯保护基的潜在应用。具体地，将2-吡啶丙醇和2- [N-甲基-N-（2-吡啶基）]氨基乙醇掺入脱氧核糖核苷亚磷酰胺7a-d和9中，在固相寡核苷酸合成中，它们被发现与2-氰基乙基脱氧核糖核苷亚磷酰胺一样有效。在55℃，浓NH4OH或pH 7.0的水性缓冲液中加热30分钟内，从寡核苷酸中除去3-（2-吡啶基）-1-丙基磷酸/硫代磷酸酯保护基。当在寡核苷酸合成过程中形成磷酸或硫代磷酸酯时，N-甲基-N-（2-吡啶基）]氨基乙基会自发出现。这些基团的脱保护遵循环脱酯化过程，产生双环盐13和14作为副产物
• Synthesis of Bis(deoxyribonucleoside) Phosphoromorpholidate Derivatives for Oligodeoxyribonucleotide Preparation by Use of a Selective Phosphitylating Reagent
  作者：Hiroaki Ozaki、Shuhei Yamoto、Seiichirou Maikuma、Kenichi Honda、Takeo Shimidzu

  DOI：10.1246/bcsj.62.3869

  日期：1989.12

  5′-O-protected deoxyribonucleoside phosphorobisamidite with the second deoxyribonucleoside (coupling), and c) a nonaqueous oxidation with t-BuOOH (oxidation). In the coupling step, the 5′-O-protected deoxyribonucleoside phosphorobisamidite was selectively reacted with 5′-OH group of the second deoxyribonucleoside, and therefore, a protection of hydroxyl groups of the second deoxyribonucleoside is not necessary

  已使用吗啉二 (1-四唑基) 膦作为磷酸化试剂合成了序列定义的双 (脱氧核糖核苷) 磷酸吗啉衍生物作为制备寡脱氧核糖核苷酸的稳定中间体。一般程序由以下步骤组成（原位）；a) 5'-O-保护的脱氧核糖核苷与吗啉二(1-四唑基)膦（磷酸化）的反应，b) 所得的 5'-O-保护的脱氧核糖核苷磷二酰胺与第二个脱氧核糖核苷（偶联）的反应，和 c)用 t-BuOOH 进行非水氧化（氧化）。在偶联步骤中，5'-O-保护的脱氧核糖核苷磷二酰胺选择性地与第二脱氧核糖核苷的5'-OH基团反应，因此不需要对第二脱氧核糖核苷的羟基进行保护。
• Efficient Inhibition of Photo[2 + 2]cycloaddition of Thymidilyl(3‘−5‘)thymidine and Promotion of Photosplitting of the <i>cis-syn</i>-Cyclobutane Thymine Dimer by Dimeric Zinc(II)−Cyclen Complexes Containing <i>m</i>- and <i>p</i>-Xylyl Spacers
  作者：Shin Aoki、Chizuyo Sugimura、Eiichi Kimura

  DOI：10.1021/ja981788c

  日期：1998.10.1

  Monomeric and dimeric zinc(II) complexes of cyclen (cyclen = 1,4,7,10-tetraazacyclododecane) inhibited the photo[2 + 2]cycloaddition of thymidilyl(3‘−5‘)thymidine (d(TpT)) at neutral pH in aqueous solution for a novel mechanism. Comparison of the initial rates and the product yields of the photodimerization of d(TpT) (in Tris buffer at pH 7.6 with I = 0.10 (NaNO3)) at 3−5 °C by high-pressure mercury

  Cyclen（cyclen = 1,4,7,10-四氮杂环十二烷）的单体和二聚锌（II）复合物在中性抑制胸苷基（3'-5'）胸苷（d（TpT））的光[2 ​​+ 2]环加成一种新机制的水溶液中的 pH 值。d(TpT)（在 pH 7.6 的 Tris 缓冲液中，I = 0.10 (NaNO3)）在 3-5 °C 下通过高压汞灯的初始速率和产物产率的比较表明二聚锌（ II) 复合物 p- 和 m-xylyl-bis(Zn2+-cyclen)（Zn2L2 和 Zn2L3）是有效的抑制剂（与对照反应相比，在 [d(TpT)] = [bis(Zn2+-循环）] = 0.2 mM 照射 20 分钟后）。这种抑制是由于两个去质子化胸苷 (dT-) 部分与两个 Zn2+-cyclen 部分（表观络合常数，