N-benzyl-5-methyl-2’-deoxycytidine | 39824-62-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: N-benzyl-5-methyl-2’-deoxycytidine
• 英文别名: 4-N-benzyl-5-methyl-2'-deoxycytidine；N⁴-benzyl-5-methyl-2'-deoxy-cytidine；4-(benzylamino)-1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidin-2-one
• CAS: 39824-62-9
• 化学式: C₁₇H₂₁N₃O₄
• 分子量: 331.371
• InChiKey: XAEPACRRPGXBRF-RRFJBIMHSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.5
• 重原子数：
  24
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.41
• 拓扑面积：
  94.4
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-benzyl-5-methyl-2’-deoxycytidine 在 盐酸 作用下， 以 甲醇 、 水 为溶剂， 反应 4.0h， 以74%的产率得到4-N-(benzyl-5-methyl)cytosine
  参考文献：
  名称：

  New cytosine derivatives as inhibitors of DNA methylation

  摘要：

  DNA cytosine methylation catalyzed by DNA methyltransferase 1 (DNMT1) is an epigenetic method of gene expression regulation and development. Changes in methylation pattern lead to carcinogenesis. Inhibition of DNMT1 activity could be a good strategy of safe and efficient epigenetic therapy. In this work, we present a novel group of cytosine analogs as inhibitors of DNA methylation. We show new methods of synthesis and their effect on in vitro reaction of DNA methylation. Almost all of analyzed compounds inhibit DNA methyltransferase activity in the competitive manner. K-i values for the most potent compound 4-N-furfuryl-5,6-dihydroazacytosines is 0.7 mu M. These compounds cause also a decrease of 5-methylcytosine (m(5)C) level in DNA of mammalian HeLa and HEK293 cells. (C) 2012 Elsevier Masson SAS. All rights reserved.

  DOI：

  10.1016/j.ejmech.2012.07.024
• 作为产物：
  描述：

  3,5-双-o-(t-丁基二甲基甲硅烷基)胸腺嘧啶脱氧核苷 在 四丁基氟化铵 、 1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 2.33h， 生成 N-benzyl-5-methyl-2’-deoxycytidine
  参考文献：
  名称：

  通过使用 (苯并三唑-1-基氧基)三(二甲氨基)鏻六氟磷酸盐 (BOP) 活化酰胺基团，在嘧啶核苷的 C4 位上轻松官能化，并对产品进行生物学评价†

  摘要：

  Ot-丁基二甲基甲硅烷基保护的胸苷、2'-脱氧尿苷和 3'-叠氮胸苷 (AZT) 与 (苯并三唑-1-基氧基)三(二甲氨基)鏻六氟磷酸盐 (BOP) 的反应导致 C4 酰胺羰基活化，形成推定的O 4 -(苯并三唑-1-基)衍生物。随后用烷基和芳基胺、硫醇和醇取代导致该位置容易官能化。与胺和硫醇的反应可以两步一锅转化或一步转化的方式进行。与醇的反应以两步一锅转化的方式进行。在这些研究过程中，鉴定出从嘧啶核苷形成1-(4-嘧啶基)-1H-苯并三唑-3-氧化物衍生物。然而，这些也经历了转化为所需的产品。通过催化还原将AZT获得的产物转化为3'-氨基衍生物。所有产品均经过检测其抑制癌细胞增殖和抗病毒活性的能力。许多药物被发现对 HIV-1 和 HIV-2 具有活性，其中一种对单纯疱疹病毒 1 (HSV-1) 具有活性。

  DOI：

  10.1039/c6ob02334g

文献信息

• Facile functionalization at the C4 position of pyrimidine nucleosides via amide group activation with (benzotriazol-1-yloxy)tris(dimethylamino)phosphonium hexafluorophosphate (BOP) and biological evaluations of the products
  作者：Hari K. Akula、Hariprasad Kokatla、Graciela Andrei、Robert Snoeck、Dominique Schols、Jan Balzarini、Lijia Yang、Mahesh K. Lakshman

  DOI：10.1039/c6ob02334g

  日期：——

  transformations. In the course of these investigations, the formation of 1-(4-pyrimidinyl)-1H-benzotriazole-3-oxide derivatives from the pyrimidine nucleosides was identified. However, these too underwent conversion to the desired products. Products obtained from AZT were converted to the 3′-amino derivatives by catalytic reduction. All products were assayed for their abilities to inhibit cancer cell proliferation

  Ot-丁基二甲基甲硅烷基保护的胸苷、2'-脱氧尿苷和 3'-叠氮胸苷 (AZT) 与 (苯并三唑-1-基氧基)三(二甲氨基)鏻六氟磷酸盐 (BOP) 的反应导致 C4 酰胺羰基活化，形成推定的O 4 -(苯并三唑-1-基)衍生物。随后用烷基和芳基胺、硫醇和醇取代导致该位置容易官能化。与胺和硫醇的反应可以两步一锅转化或一步转化的方式进行。与醇的反应以两步一锅转化的方式进行。在这些研究过程中，鉴定出从嘧啶核苷形成1-(4-嘧啶基)-1H-苯并三唑-3-氧化物衍生物。然而，这些也经历了转化为所需的产品。通过催化还原将AZT获得的产物转化为3'-氨基衍生物。所有产品均经过检测其抑制癌细胞增殖和抗病毒活性的能力。许多药物被发现对 HIV-1 和 HIV-2 具有活性，其中一种对单纯疱疹病毒 1 (HSV-1) 具有活性。
• New cytosine derivatives as inhibitors of DNA methylation
  作者：Beata Plitta、Ewelina Adamska、Małgorzata Giel-Pietraszuk、Agnieszka Fedoruk-Wyszomirska、Mirosława Naskręt-Barciszewska、Wojciech T. Markiewicz、Jan Barciszewski

  DOI：10.1016/j.ejmech.2012.07.024

  日期：2012.9

  DNA cytosine methylation catalyzed by DNA methyltransferase 1 (DNMT1) is an epigenetic method of gene expression regulation and development. Changes in methylation pattern lead to carcinogenesis. Inhibition of DNMT1 activity could be a good strategy of safe and efficient epigenetic therapy. In this work, we present a novel group of cytosine analogs as inhibitors of DNA methylation. We show new methods of synthesis and their effect on in vitro reaction of DNA methylation. Almost all of analyzed compounds inhibit DNA methyltransferase activity in the competitive manner. K-i values for the most potent compound 4-N-furfuryl-5,6-dihydroazacytosines is 0.7 mu M. These compounds cause also a decrease of 5-methylcytosine (m(5)C) level in DNA of mammalian HeLa and HEK293 cells. (C) 2012 Elsevier Masson SAS. All rights reserved.