3'-叔-丁基二甲基硅烷基-2'-脱氧胞苷 | 51549-28-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 中文名称: 3'-叔-丁基二甲基硅烷基-2'-脱氧胞苷
• 英文名称: 3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxycytidine
• 英文别名: 4-amino-1-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]pyrimidin-2-one
• CAS: 51549-28-1
• 化学式: C₁₅H₂₇N₃O₄Si
• 分子量: 341.483
• InChiKey: VXRQVAPWUBFSDY-DMDPSCGWSA-N

物化性质

• 溶解度：
  二甲基亚砜

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.5
• 重原子数：
  23
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.73
• 拓扑面积：
  97.4
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3'-叔-丁基二甲基硅烷基-2'-脱氧胞苷 在 吡啶 、 水 、 碘 、 1-羟基苯并三唑 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 0.08h， 生成 [(2R,3S,5R)-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)-3-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxyoxolan-2-yl]methyl [(2R,3S,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl] 2-cyanoethyl phosphate
  参考文献：
  名称：

  在 N-未保护亚磷酰胺方法中由亚磷酸三酯中间体介导的磷酸化的 O-选择性和效用

  摘要：

  以前，由于 dA 和 dC 的氨基对三价磷 (III) 型亚磷酸化试剂具有高反应性，因此无法在 N-未保护的亚磷酰胺方法中进行聚合物载体上的 O 选择性磷酸化。在本文中，我们开发了一种名为“活化亚磷酸酯方法”的新偶联策略，其中亚磷酸三酯中间体 1 介导了亚磷酸化。将 1-羟基苯并三唑作为促进剂应用于固相合成导致了优异的 O-选择性超过 99.7%。这种 O 选择性可以通过反应中间体和亲核试剂（如核苷的氨基或羟基）之间的前沿分子轨道相互作用来解释。此外，更长的寡核苷酸不仅可以通过手动操作合成，也可以通过 DNA 合成仪合成。通过成功合成具有 4-N-乙酰脱氧胞苷残基的碱不稳定修饰寡脱氧核糖核苷酸，证明了我们新方法的实用性。最后，通过使用 6-三氟甲基-1-羟基苯并三唑和苯并咪唑鎓三氟甲磺酸盐的组合试剂，可以以良好的产率合成含有 dA 或 dC 的 DNA 20 聚体。

  DOI：

  10.1021/ja048125h
• 作为产物：
  描述：

  2',3'-二-O-(叔-丁基二甲基硅烷基)-2'-脱氧胞苷 在 三氟乙酸 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 2.0h， 以85%的产率得到3'-叔-丁基二甲基硅烷基-2'-脱氧胞苷
  参考文献：
  名称：

  Facile and highly selective 5′-desilylation of multisilylated nucleosides

  摘要：

  介绍了选择性地对多硅烷基化核苷进行 5'-去硅烷基化的高效方法。

  DOI：

  10.1039/b003562i

文献信息

• Facile Synthesis of Oligodeoxyribonucleotides via the Phosphoramidite Method without Nucleoside Base Protection
  作者：Yoshihiro Hayakawa、Masanori Kataoka

  DOI：10.1021/ja973731g

  日期：1998.12.1

  N-free nucleoside phosphoramidite and an N-unblocked nucleoside to give, after oxidation with bis(trimethylsilyl)peroxide or with tert-butyl hydroperoxide, a dinucleoside phosphate in >95% yield. In the solid-phase synthesis, which requires an excess amount of the phosphoramidite for the condensation, deoxyadenosine and deoxycytidine undergo N-phosphitylation to some extent. The undesired product, however

  已经开发了一种通过亚磷酰胺方法轻松合成寡脱氧核糖核苷酸的方法，无需对构建块进行碱基保护；它依赖于使用咪唑鎓三氟甲磺酸盐作为核苷亚磷酰胺和核苷缩合的促进剂。在溶液相中，通过使用等摩尔量的无 N 核苷亚磷酰胺和 N-未封闭核苷以高度 O 选择性的方式完成缩合，在用双（三甲基甲硅烷基）过氧化物或叔丁基过氧化氢氧化后得到, 产率 > 95% 的磷酸二核苷。在固相合成中，需要过量的亚磷酰胺进行缩合，脱氧腺苷和脱氧胞苷都进行了一定程度的N-亚磷酸化。然而，不想要的产品，可以通过在甲醇中用苯并咪唑鎓三氟甲磺酸盐短暂处理转化为不含 N 的衍生物。因此，整个过程允许化学选择性地形成核苷酸间连接。低聚物制备...
• A Strategy for the Stereoselective Preparation of Thymidine Phosphorothioates with the (R) or the (S) Configuration at the Stereogenic Phosphorus Atom and Their Application to the Synthesis of Oligodeoxyribonucleotides with Stereochemically Pure Phosphate/Phosphorothioate Chimeric Backbones
  作者：Yoshihiro Hayakawa、Yoshiko Hirabayashi、Mamoru Hyodo、Satoko Yamashita、Tomoyuki Matsunami、Dong-Mei Cui、Rie Kawai、Hidehiko Kodama

  DOI：10.1002/ejoc.200600155

  日期：2006.9

  (Sp)-thymidine 3′,5′-cyclic phosphate to give the (Sp) isomer as the major component, 2) stereospecific sulfurization of the allyl (Sp)-thymidine 3′,5′-cyclic phosphate to afford an allyl (Rp)-thymidine 3′,5′-cyclic phosphorothioate, 3) regioselective and stereoselective methanolysis of the allyl (Rp)-thymidine 3′,5′-cyclic phosphorothioate to provide an allyl methyl (Rp)-thymidine 3′-phosphorothioate

  所得(Rp)-和(Sp)-二胸苷硫代磷酸酯被转化为它们的3'-亚磷酰胺。然后通过使用这些亚磷酰胺作为构建单元合成具有立体化学纯磷酸盐/硫代磷酸酯混合骨架的寡聚脱氧核糖核苷酸。(© Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, 69451 Weinheim, Germany, 2006)
• Site-Specific Insertion of the (5R*) and (5S*) Diastereoisomers of 1-[2-Deoxy-β-D-erythro-pentofuranosyl]-5-hydroxyhydantoin into Oligodeoxyribonucleotides
  作者：Evelyne Muller、Didier Gasparutto、Colette Lebrun、Jean Cadet

  DOI：10.1002/1099-0690(200106)2001:11<2091::aid-ejoc2091>3.0.co;2-2

  日期：2001.6

  The insertion of the (5R*) and (5S*) diastereoisomers of 1-[2-deoxy-β-D-erythro-pentofuranosyl]-5-hydroxyhydantoin (1) − a major oxidation product of 2′-deoxycytidine upon exposure to ·OH radicals, excited photosensitizers, or ozone − into oligonucleotides is reported. It was achieved by means of phosphoramidite chemistry, using the solid-phase synthesis approach. The synthesis of the phosphoramidite

  1- [2-脱氧-β-D-赤型-戊呋喃糖基] -5-羟基乙内酰脲（1）的（5 R *）和（5 S *）非对映异构体的插入-2'-脱氧胞苷的主要氧化产物据报道，暴露在寡核苷酸中的· OH自由基，激发的光敏剂或臭氧-中。它是通过亚磷酰胺化学方法，采用固相合成方法来实现的。亚磷酰胺合成子7的合成从3'- O-（叔）开始需要6个步骤-丁基二甲基甲硅烷基）-2'-脱氧胞苷，并涉及通过非标准乙酰丙酰基对修饰碱基的仲羟基（5-OH）的保护。通过固相支持组装，将修饰的亚磷酰胺合成子7有效地掺入了几种寡核苷酸（3聚体，14聚体，22聚体）中。1- [2-deoxy-β-D-erythro（1- R2 -deoxy-β-D- erythro）的（5 R *）和（5 S *）非对映异构体的存在和完整性通过电喷雾电离质谱法，酶消化的HPLC和MALDI-TOF质谱分析法确定了合成低聚物中的[1-戊呋喃糖基] -5
• Synthesis of oligodeoxynucleotides using the oxidatively cleavable 4-methoxytritylthio (MMTrS) group for protection of the 5′-hydroxyl group
  作者：Kohji Seio、Miyuki Shiraishi、Eri Utagawa、Akihiro Ohkubo、Mitsuo Sekine

  DOI：10.1039/b9nj00678h

  日期：——

  We examined the synthesis of oligodeoxynucleotides containing all four nucleobases using the 4-methoxytritylthio (MMTrS) group for protection of the 5′-hydroxyl group. The MMTrS group could be introduced into 3′-O-TBDMS-deoxycytidine, -deoxyadenosine and -deoxyguanosine with the appropriate base protecting groups using strong bases such as n-butyl lithium and lithium hexamethyldisilazide. Because the

  我们使用4-甲氧基三苯甲基硫基（MMTrS）基团来保护5'-羟基，研究了包含所有四个核碱基的寡脱氧核苷酸的合成。MMTrS组可以引入3'- O -TBDMS-脱氧胞苷， -脱氧腺苷 和 -脱氧鸟苷 带有适当的碱保护基团，并使用强碱，例如 正丁基锂 和 六甲基二硅叠氮化锂。因为MMTrS基团可通过用I 2水溶液氧化而除去，所以核苷酸间的氧化亚磷酸酯中间体可以同时进行。因此，核苷酸链可以以包括偶联，加帽和氧化/脱保护的三步方案进行延伸。可以使用此协议合成具有10和20个混合碱基序列的寡脱氧核苷酸。
• Proton-Block Strategy for the Synthesis of Oligodeoxynucleotides without Base Protection, Capping Reaction, and P−N Bond Cleavage Reaction
  作者：Mitsuo Sekine、Akihiro Ohkubo、Kohji Seio

  DOI：10.1021/jo034204k

  日期：2003.7.1

  longer oligomer, d[CpApGpTpCpApGpTpCpApGpT], a mixed solvent of CH(3)CN-N-methylpyrrolidone (1:1, v/v) was superior to THF so that the desired oligodeoxynucleotide could be isolated in a satisfactory yield. These results suggest that DNA synthesis can be carried out simply by using the protonated bases at the oligomer level not only without base protection but also without the capping reaction and the

  基于迄今为止最简单和合理的酸碱反应原理，开发了一种新的N-未保护的亚磷酰胺方法，称为“质子嵌段”方法，用于寡聚脱氧核苷酸的化学合成。该概念涉及用“质子”保护脱氧胞苷和脱氧腺苷的核碱基，以在缩合过程中通过使用pK（a）值低于2.8的启动子将它们转化为未反应的质子化碱基。将此策略应用于d [CpT]和d [ApT]的合成，以检查与碱基残基相关的副反应。在这种“质子阻断”方法中，发现三氟甲磺酸5-硝基苯并咪唑鎓（NBT）是最好的促进剂，THF优于CH（3）CN作为溶剂，因此可以大大抑制由于促进剂固有的酸性而引起的伴随的三苯甲基化反应。将该策略应用于固相合成，在HPLC分析中得到的d [CpT]，d [ApT]，d [ApA]，d [CpC]和d [GpT]几乎都是单峰。同样，成功合成了d [ApApApT]和d [CpCpCpT]，而没有明显的副反应。最后，以d [CpCpCpCpCpCpCpT]和d