4-(2-((E)-2-((E)-3-((E)-2-(3-(1-azido-13-oxo-3,6,9,14-tetraoxa-12-azaicosan-20-yl)-1,1-dimethyl-1H-benzo[e]indol-2(3H)-ylidene)ethylidene)-2-phenoxycyclohex-1-enyl)vinyl)-3,3-dimethyl-3H-indolium-1-yl)butane-1-sulfonate | 1425272-35-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 萘
• 英文名称: 4-(2-((E)-2-((E)-3-((E)-2-(3-(1-azido-13-oxo-3,6,9,14-tetraoxa-12-azaicosan-20-yl)-1,1-dimethyl-1H-benzo[e]indol-2(3H)-ylidene)ethylidene)-2-phenoxycyclohex-1-enyl)vinyl)-3,3-dimethyl-3H-indolium-1-yl)butane-1-sulfonate
• 英文别名: 4-[(2Z)-2-[(2E)-2-[3-[(Z)-2-[3-[6-[2-[2-[2-(2-azidoethoxy)ethoxy]ethoxy]ethylcarbamoyloxy]hexyl]-1,1-dimethylbenzo[e]indol-3-ium-2-yl]ethenyl]-2-phenoxycyclohex-2-en-1-ylidene]ethylidene]-3,3-dimethylindol-1-yl]butane-1-sulfonate
• CAS: 1425272-35-0
• 化学式: C₅₉H₇₄N₆O₉S
• 分子量: 1043.34
• InChiKey: NQVOKXNWDWDNFV-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  10.6
• 重原子数：
  75
• 可旋转键数：
  29
• 环数：
  7.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.46
• 拓扑面积：
  161
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  12

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-((1E,3Z,5E)-5-(1,1-dimethyl-6,8-disulfo-3-(3-sulfopropyl)-1H-benzo[e]indol-2(3H)-ylidene)-3-(3-(5-oxo-5-(prop-2-ynylamino)pentyl)phenyl)penta-1,3-dienyl)-1,1-dimethyl-8-sulfo-3-(3-sulfopropyl)-1H-benzo[e]indolium-6-sulfonate 、 4-(2-((E)-2-((E)-3-((E)-2-(3-(1-azido-13-oxo-3,6,9,14-tetraoxa-12-azaicosan-20-yl)-1,1-dimethyl-1H-benzo[e]indol-2(3H)-ylidene)ethylidene)-2-phenoxycyclohex-1-enyl)vinyl)-3,3-dimethyl-3H-indolium-1-yl)butane-1-sulfonate 在 copper(l) iodide 、 三[(1-苄基-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基]胺 作用下， 以 水 、 二甲基亚砜 为溶剂， 反应 2.0h， 生成 2-((1E,3Z,5E)-3-(3-(5-((1-(20-((E)-2-((E)-2-(3-((E)-2-(3,3-dimethyl-1-(4-sulfonatobutyl)-3H-indolium-2-yl)vinyl)-2-phenoxycyclohex-2-enylidene)ethylidene)-1,1-dimethyl-1H-benzo[e]indol-3(2H)-yl)-13-oxo-3,6,9,14-tetraoxa-12-azaicosyl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl)methylamino)-5-oxopentyl)phenyl)-5-(1,1-dimethyl-6,8-disulfo-3-(3-sulfopropyl)-1H-benzo[e]indol-2(3H)-ylidene)penta-1,3-dienyl)-1,1-dimethyl-8-sulfo-3-(3-sulfopropyl)-1H-benzo[e]indolium-6-sulfonate
  参考文献：
  名称：

  NUCLEOTIDE DERIVATIVES

  摘要：

  本发明提供了化合物和方法，用于将荧光标签附加到生物分子，如核苷酸。这些化合物和方法对于包括DNA修饰反应在内的生物测定非常有用。

  公开号：

  US20130059343A1
• 作为产物：
  描述：

  4-(2-((E)-2-((E)-3-((E)-2-(3-(6-((((2,5-dioxopyrrolidin-1-yl)oxy)carbonyl)oxy)hexyl)-1,1-dimethyl-1,3-dihydro-2H-benzo[e]indol-2-ylidene)ethylidene)-2-phenoxycyclohex-1-en-1-yl)vinyl)-3,3-dimethyl-3H-indol-1-ium-1-yl)butane-1-sulfonate 、 1-氨基-11-叠氮-3,6,9-三氧杂十一烷 以 乙腈 为溶剂， 反应 2.0h， 以14.9 mg的产率得到4-(2-((E)-2-((E)-3-((E)-2-(3-(1-azido-13-oxo-3,6,9,14-tetraoxa-12-azaicosan-20-yl)-1,1-dimethyl-1H-benzo[e]indol-2(3H)-ylidene)ethylidene)-2-phenoxycyclohex-1-enyl)vinyl)-3,3-dimethyl-3H-indolium-1-yl)butane-1-sulfonate
  参考文献：
  名称：

  NUCLEOTIDE DERIVATIVES

  摘要：

  本发明提供了化合物和方法，用于将荧光标签附加到生物分子，如核苷酸。这些化合物和方法对于包括DNA修饰反应在内的生物测定非常有用。

  公开号：

  US20130059343A1