5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-methyl-4-N-[N-[3,4-(3,6,9-trioxaundecylenedioxy)phenyl]carbamoyl]deoxycytidine | 1173242-69-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-methyl-4-N-[N-[3,4-(3,6,9-trioxaundecylenedioxy)phenyl]carbamoyl]deoxycytidine
• 英文别名: 1-[1-[(2R,3R,4R,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-hydroxy-3-methoxyoxolan-2-yl]-2-oxopyrimidin-4-yl]-3-(2,5,8,11,14-pentaoxabicyclo[13.4.0]nonadeca-1(15),16,18-trien-17-yl)urea
• CAS: 1173242-69-7
• 化学式: C₄₆H₅₂N₄O₁₃
• 分子量: 868.938
• InChiKey: ZQLDIOCTUKQDFM-ISZBJVJQSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.4
• 重原子数：
  63
• 可旋转键数：
  12
• 环数：
  7.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.37
• 拓扑面积：
  186
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  13

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-methyl-4-N-[N-[3,4-(3,6,9-trioxaundecylenedioxy)phenyl]carbamoyl]deoxycytidine 、 双(二异丙基氨基)(2-氰基乙氧基)膦 在 四氮唑 、 二异丙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 5.0h， 以66%的产率得到5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-methyl-6-N-[N-[3,4-(3,6,9-trioxaundecylenedioxy)phenyl]carbamoyl]deoxycytidine 3'-(2-cyanoethyl N,N-diisopropylphosphoramidite)
  参考文献：
  名称：

  末端修饰寡核苷酸的合成及其杂交对靶RNA大小的依赖性†

  摘要：

  我们已经开发了新的人工寡核苷酸探针，该探针显示出对长RNA靶标的选择性识别。我们的结果表明，通过大的取代基（如环己基和甲基）修饰寡核苷酸探针的末端4-（3,6,9-三氧杂十二碳二烯）苯基 （cr）组显着提高了探针对短RNA靶的选择性。通过在环己烷环上添加磷酸基团进一步提高了选择性。尽管从一般意义上讲，对短RNA靶的选择性需要大大提高，但它特别适用于相对于pre-miRNA的成熟miRNA的选择性检测。

  DOI：

  10.1039/b900301k
• 作为产物：
  描述：

  2'-O-methyl-4-N-[N-[3,4-(3,6,9-trioxaundecylenedioxy)phenyl]carbamoyl]cytidine 、 4,4'-双甲氧基三苯甲基氯 在 吡啶 作用下， 反应 2.5h， 以95%的产率得到5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-methyl-4-N-[N-[3,4-(3,6,9-trioxaundecylenedioxy)phenyl]carbamoyl]deoxycytidine
  参考文献：
  名称：

  末端修饰寡核苷酸的合成及其杂交对靶RNA大小的依赖性†

  摘要：

  我们已经开发了新的人工寡核苷酸探针，该探针显示出对长RNA靶标的选择性识别。我们的结果表明，通过大的取代基（如环己基和甲基）修饰寡核苷酸探针的末端4-（3,6,9-三氧杂十二碳二烯）苯基 （cr）组显着提高了探针对短RNA靶的选择性。通过在环己烷环上添加磷酸基团进一步提高了选择性。尽管从一般意义上讲，对短RNA靶的选择性需要大大提高，但它特别适用于相对于pre-miRNA的成熟miRNA的选择性检测。

  DOI：

  10.1039/b900301k