[(2R,3S,5R)-3-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [(2R,3S,5R)-2-[[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxymethyl]-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl] [(1R)-2-(methylamino)-1-phenylethyl] phosphite | 434937-21-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: [(2R,3S,5R)-3-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [(2R,3S,5R)-2-[[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxymethyl]-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl] [(1R)-2-(methylamino)-1-phenylethyl] phosphite
• CAS: 434937-21-0；573987-57-2
• 化学式: C₅₁H₇₀N₅O₁₁PSi₂
• 分子量: 1016.29
• InChiKey: VERDNLAAQBHIDJ-KPFSXSGBSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.85
• 重原子数：
  70
• 可旋转键数：
  21
• 环数：
  7.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.49
• 拓扑面积：
  176
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  12

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  [(2R,3S,5R)-3-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [(2R,3S,5R)-2-[[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxymethyl]-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl] [(1R)-2-(methylamino)-1-phenylethyl] phosphite 在 吡啶 、 苯基二硫化物 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 0.11h， 生成
  参考文献：
  名称：

  一种用于立体控制合成寡核苷硫代磷酸酯的氧氮杂磷脂方法

  摘要：

  描述了使用核苷 3'-O-oxazaphospholidine 衍生物作为单体单元的低聚脱氧核糖核苷硫代磷酸酯 (PS-ODNs) 的立体控制合成。2-Chloro-1,3,2-oxazaphospholidine 衍生物由六种对映纯的 1,2-氨基醇制备而成，用于 5'-O-保护核苷的磷酸化反应。对这些反应的详细研究表明，该反应的非对映选择性取决于对映体纯 1,2-氨基醇的结构、反应温度和用作 HCl 清除剂的胺。此外，还对 2-氯氧氮杂磷脂衍生物进行了从头算分子轨道计算，以阐明这些非对映选择性磷酸化反应的机理。发现磷原子上的 2-氯-5-苯基氧氮杂磷脂衍生物的 LUMO 几乎与 P-Cl 键正交。该 LUMO 可能参与主要保留 P 构型的磷酸化反应。开发了一系列二烷基（氰甲基）铵盐，并将其用作非对映纯核苷 3'-O-oxazaphospholidines 与 3'-O-保护的核苷的缩合

  DOI：

  10.1021/ja034502z
• 作为产物：
  描述：

  3'-O-(叔丁基二甲基硅烷基)胸苷 、 5'-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-3'-O-[(2R,5R)-3-methyl-5-phenyl-1,3,2-oxazaphospholidin-2-yl]thymidine 在 1-(cyanomethyl)pyrrolidinium tetrafluoroborate 作用下， 以 氘代乙腈 、 乙腈 为溶剂， 生成 [(2R,3S,5R)-3-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [(2R,3S,5R)-2-[[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxymethyl]-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl] [(1R)-2-(methylamino)-1-phenylethyl] phosphite 、 [(2R,3S,5R)-3-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [(2R,3S,5R)-2-[[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxymethyl]-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl] [(1R)-2-(methylamino)-1-phenylethyl] phosphite
  参考文献：
  名称：

  一种用于立体控制合成寡核苷硫代磷酸酯的氧氮杂磷脂方法

  摘要：

  描述了使用核苷 3'-O-oxazaphospholidine 衍生物作为单体单元的低聚脱氧核糖核苷硫代磷酸酯 (PS-ODNs) 的立体控制合成。2-Chloro-1,3,2-oxazaphospholidine 衍生物由六种对映纯的 1,2-氨基醇制备而成，用于 5'-O-保护核苷的磷酸化反应。对这些反应的详细研究表明，该反应的非对映选择性取决于对映体纯 1,2-氨基醇的结构、反应温度和用作 HCl 清除剂的胺。此外，还对 2-氯氧氮杂磷脂衍生物进行了从头算分子轨道计算，以阐明这些非对映选择性磷酸化反应的机理。发现磷原子上的 2-氯-5-苯基氧氮杂磷脂衍生物的 LUMO 几乎与 P-Cl 键正交。该 LUMO 可能参与主要保留 P 构型的磷酸化反应。开发了一系列二烷基（氰甲基）铵盐，并将其用作非对映纯核苷 3'-O-oxazaphospholidines 与 3'-O-保护的核苷的缩合

  DOI：

  10.1021/ja034502z

文献信息

• Diastereocontrolled Synthesis of Dinucleoside Phosphorothioates Using a Novel Class of Activators, Dialkyl(cyanomethyl)ammonium Tetrafluoroborates
  作者：Natsuhisa Oka、Takeshi Wada、Kazuhiko Saigo

  DOI：10.1021/ja017275e

  日期：2002.5.1

  A novel class of activators, dialkyl(cyanomethyl)ammonium tetrafluoroborates 1a-c, has been developed and applied to the condensations of diastereopure 5'-O-tert-butyldiphenylsilylthymidine 3'-cyclic phosphoramidites 3a-d with 3'-O-tert-butyldimethylsilylthymidine (4a). Among them, the condensation of 3a with 4a in the presence of 1a completed within 5 min and gave only one diastereoisomer of the corresponding

  一类新型的活化剂，二烷基（氰甲基）四氟硼酸铵 1a-c，已被开发并应用于非对映纯 5'-O-叔丁基二苯基甲硅烷基胸苷 3'-环状亚磷酰胺 3a-d 与 3'-O-叔-丁基二甲基甲硅烷基胸苷 (4a)。其中，3a 与 4a 在 1a 存在下的缩合在 5 分钟内完成，仅得到相应亚磷酸酯 5a 的一种非对映异构体。硫化和脱脂后，获得几乎非对映纯 (Rp)-TpsT 7 (dr = 99:1)。接下来合成了含有胸腺嘧啶、N6-苯甲酰腺嘌呤、N4-苯甲酰胞嘧啶和 N2-苯基乙酰鸟嘌呤的 5'-O-(DMTr) 核苷 3'-亚磷酰胺 8a-d，并允许与 3'-O-保护的胸苷和 2 '-脱氧腺苷。5'