3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-deoxy-5'-formamidothymidine | 132101-19-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 2 '，5'-二脱氧核苷
• 英文名称: 3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-deoxy-5'-formamidothymidine
• 英文别名: 5'-deoxy-5'-formamido-3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)thymidine；5'-deoxy-5'-formamido-3'-O-(t-butyldimethylsilyl)thymidine；N-[[(2R,3S,5R)-3-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl]formamide
• CAS: 132101-19-0
• 化学式: C₁₇H₂₉N₃O₅Si
• 分子量: 383.52
• InChiKey: IFTKSHFLKLQENO-BFHYXJOUSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.27
• 重原子数：
  26
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.71
• 拓扑面积：
  97
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-deoxy-5'-formamidothymidine 在 diethyl azodicarbonate 、 四丁基氟化铵 、 三苯基膦 作用下， 以 四氢呋喃 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 甲苯 为溶剂， 反应 4.5h， 生成 2,3'-anhydro-5'-deoxy-5'-formamidothymidine
  参考文献：
  名称：

  5'-异氰基-5'-脱氧胸苷，5'-异氰基-2'，5'-二脱氧尿苷，3'-叠氮基5'-异氰基-3'，5'-二脱氧胸苷和3'-的合成及抗逆转录病毒特性叠氮基5'-异氰基-2'，3'，5'-三苯氧尿苷。

  摘要：

  通过用TPP / DEAD / HN3处理胸苷和2'-脱氧尿苷获得5'-叠氮核苷3和4。将3'-O-甲硅烷基化的5'-叠氮基5'-脱氧胸苷5和相应的2'-脱氧尿苷衍生物6转化成甲酰胺（分别为7和8），并脱水成受保护的5'-异氰基衍生物9和10; 脱保护得到5′-异氰基-5′-脱氧胸苷（11）和5′-异氰基-2′，5′-二脱氧尿苷（12）。胸苷和2'-脱氧尿苷的2,3'-脱水-5'-甲酰胺衍生物（分别为19和20）是通过三种不同的方法制备的。在最直接的合成中，使用TPP / DEAD将3和4转化为2,3'-脱水-5'-叠氮核苷17和18。与TPP / HCO2COCH3反应后，得到19和20。与LiN3的亲核开放反应产生3'-叠氮基-5'-甲酰氨基衍生物21和22。脱水成3'-叠氮基-5'-异氰基-3'，5'-二脱氧胸苷（23）和3'-叠氮基-5用甲苯磺酰氯/吡啶获得“-异氰基-2”，3”，

  DOI：

  10.1021/jm00108a028
• 作为产物：
  描述：

  叔丁基二甲基氯硅烷 在 咪唑 、 三苯基膦 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 、 甲苯 为溶剂， 反应 16.0h， 生成 3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-deoxy-5'-formamidothymidine
  参考文献：
  名称：

  5'-异氰基-5'-脱氧胸苷，5'-异氰基-2'，5'-二脱氧尿苷，3'-叠氮基5'-异氰基-3'，5'-二脱氧胸苷和3'-的合成及抗逆转录病毒特性叠氮基5'-异氰基-2'，3'，5'-三苯氧尿苷。

  摘要：

  通过用TPP / DEAD / HN3处理胸苷和2'-脱氧尿苷获得5'-叠氮核苷3和4。将3'-O-甲硅烷基化的5'-叠氮基5'-脱氧胸苷5和相应的2'-脱氧尿苷衍生物6转化成甲酰胺（分别为7和8），并脱水成受保护的5'-异氰基衍生物9和10; 脱保护得到5′-异氰基-5′-脱氧胸苷（11）和5′-异氰基-2′，5′-二脱氧尿苷（12）。胸苷和2'-脱氧尿苷的2,3'-脱水-5'-甲酰胺衍生物（分别为19和20）是通过三种不同的方法制备的。在最直接的合成中，使用TPP / DEAD将3和4转化为2,3'-脱水-5'-叠氮核苷17和18。与TPP / HCO2COCH3反应后，得到19和20。与LiN3的亲核开放反应产生3'-叠氮基-5'-甲酰氨基衍生物21和22。脱水成3'-叠氮基-5'-异氰基-3'，5'-二脱氧胸苷（23）和3'-叠氮基-5用甲苯磺酰氯/吡啶获得“-异氰基-2”，3”，

  DOI：

  10.1021/jm00108a028

文献信息

• Oligonucleotide analogues containing internucleotide C3′-CH2-C(O)-NH-C5′ bonds
  作者：S. V. Kochetkova、A. M. Varizhuk、N. A. Kolganova、E. N. Timofeev、V. L. Florent’ev

  DOI：10.1134/s106816200902006x

  日期：2009.3

  interaction of 3'-deoxy-3'-carboxylmethylribothymidine-2',3'-lactone obtained by hydrolysis of 2'-O-acetyl-5'-O-benzoyl-3'-deoxy-3'-ethoxycarboxylmethylribothymidine with 5'-deoxy-5'-amino-3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)thymidine. After standard manipulations with protective groups, the dinucleoside was converted into 3'-O-(2-cyanoethyl-N,N'-diisopropylphosphoroamidite), which was used for the synthesis

  通过3'-脱氧-3'-羧基甲基核苷嘧啶-2'，3'-内酯的相互作用，合成了带有酰胺间C3'-CH2-C（O）-NH-C5'键的二核苷。 -O-乙酰基-5'-O-苯甲酰基-3'-脱氧-3'-乙氧基羧基甲基核糖嘧啶和5'-脱氧-5'-氨基-3'-O-（叔丁基二甲基甲硅烷基）胸苷。用保护基进行标准操作后，将二核苷转化为3'-O-（2-氰基乙基-N，N'-二异丙基亚磷酰胺），将其用于在自动合成仪上合成修饰的寡核苷酸。测量了由修饰的和互补的天然寡核苷酸形成的双链解链曲线，并计算了双链形成的解链温度和热力学参数。
• HIEBL, JOHANN;ZBIRAL, ERICH;BALZARINI, JAN;DE, CLERCQ ERIK, J. MED. CHEM., 34,(1991) N, C. 1426-1430
  作者：HIEBL, JOHANN、ZBIRAL, ERICH、BALZARINI, JAN、DE, CLERCQ ERIK

  DOI：——

  日期：——