3-(3-((2R,4S,5R)-4-((tert-butyldimethylsilyl)oxy)-5-(((tert-butyldimethylsilyl)oxy)methyl)tetrahydrofuran-2-yl)-5-methyl-2,6-dioxo-3,6-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)propanenitrile | 1256244-68-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 3-(3-((2R,4S,5R)-4-((tert-butyldimethylsilyl)oxy)-5-(((tert-butyldimethylsilyl)oxy)methyl)tetrahydrofuran-2-yl)-5-methyl-2,6-dioxo-3,6-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)propanenitrile
• CAS: 1256244-68-4
• 化学式: C₂₅H₄₅N₃O₅Si₂
• 分子量: 523.82
• InChiKey: PROBWMPFNCHUOD-PWRODBHTSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.93
• 重原子数：
  35.0
• 可旋转键数：
  8.0
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.8
• 拓扑面积：
  95.48
• 氢给体数：
  0.0
• 氢受体数：
  8.0

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  丙烯腈 、 3,5-双-o-(t-丁基二甲基甲硅烷基)胸腺嘧啶脱氧核苷 在 1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 1.0h， 以83%的产率得到3-(3-((2R,4S,5R)-4-((tert-butyldimethylsilyl)oxy)-5-(((tert-butyldimethylsilyl)oxy)methyl)tetrahydrofuran-2-yl)-5-methyl-2,6-dioxo-3,6-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)propanenitrile
  参考文献：
  名称：

  使用完全受保护的脱氧核苷 3'-亚磷酰胺结构单元合成寡脱氧核苷酸，并对掺入 N3-氰基-乙基胸腺嘧啶的寡脱氧核苷酸进行碱基识别。

  摘要：

  寡聚脱氧核苷酸 (ODN) 合成避免了副产物的形成，对于基于生物化学的技术开发具有重要意义。ODN 合成的一个副反应是核碱基的氰乙基化。我们通过使用完全受保护的脱氧核苷 3'-亚磷酰胺结构单元合成 ODN 来抑制该反应，其中剩余的反应性核碱基残基被酰基-、二酰基-和酰基-氧乙烯型基团完全保护。对核碱基位点氰乙基化的详细分析表明，胸腺嘧啶碱基的 N3 保护有效地抑制了丙烯腈的迈克尔加成。使用亚磷酰胺方法合成了包含 N3-氰乙基胸腺嘧啶的 ODN，并检查了涉及该 ODN 模板的引物延伸反应。其结果，

  DOI：

  10.3390/molecules15117509