3',5'-di-O-acetyl-2'-deoxycytidine | 65919-98-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 3',5'-di-O-acetyl-2'-deoxycytidine
• 英文别名: [(2R,3S,5R)-3-acetyloxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl acetate
• CAS: 65919-98-4
• 化学式: C₁₃H₁₇N₃O₆
• 分子量: 311.294
• InChiKey: XEMSYKNVGWLEML-HOSYDEDBSA-N

物化性质

• 沸点：
  462.1±55.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.50±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.8
• 重原子数：
  22
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.54
• 拓扑面积：
  121
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3',5'-di-O-acetyl-2'-deoxycytidine 在 氨 作用下， 以93%的产率得到2'-脱氧胞嘧啶核苷
  参考文献：
  名称：

  二甲基二环氧乙烷氧化后硫代嘧啶和硫嘌呤核苷的转化

  摘要：

  报道了通过用二甲基二环氧乙烷选择性氧化硫代核苷来合成几种嘧啶和嘌呤核苷的通用且方便的方法。嘧啶环的C-4位，嘌呤环的C-6和C-8位的Thioketo部分是氧化亲核取代的结构域。嘌呤和嘧啶环的C-2位的Thioketo部分是脱硫或二硫化物形成的区域。

  DOI：

  10.1016/0040-4020(96)00289-x
• 作为产物：
  描述：

  2-脱氧尿苷 在 吡啶 、 邻苯二甲酸亚胺 、 磷酸二苯酯 、 水 、 三乙胺 、 对甲苯磺酰氯 作用下， 以 吡啶 为溶剂， 反应 24.0h， 生成 3',5'-di-O-acetyl-2'-deoxycytidine
  参考文献：
  名称：

  An Efficient Method for the Synthesis of [4–¹⁵N]Cytidine, 2′-Deoxy[4–¹⁵N]Cytidine, [6–¹⁵N]adenosine, and 2′-Deoxy [6–¹⁵N]adenosine Derivatives

  摘要：

  Nucleophilic substitution reactions of 4-azolyl-1-beta-D-ribofuranosyl-pyrimidin-2(1H)-one and 6-azolyl-9-beta-D-ribofuranosyl-9H-purine derivatives, which were converted from uridine and inosine, with [N-15]phthalimide in the presence of triethylamine or DBU gave N-4-phthaloyl[4-N-15]cytidine and N-6-phthaloyl[6-N-15]- adenosine derivatives, respectively, in high yields. Similar reactions of those azolyl derivatives with succinimide afforded N-4-succinylcytidine and N-6-succinyladenosine derivatives in high yields. The corresponding 2'-deoxyribonucleosides were also synthesized efficiently through the same procedure.

  DOI：

  10.1080/07328319608002421

文献信息

• Unprecedented C-Selective Interstrand Cross-Linking through <i>in Situ</i> Oxidation of Furan-Modified Oligodeoxynucleotides
  作者：Marieke Op de Beeck、Annemieke Madder

  DOI：10.1021/ja1048169

  日期：2011.2.2

  causing resistance to certain anti-cancer drugs. The mechanism of these cross-link repair processes has not yet been fully revealed. One of the obstacles in this study is the lack of sufficient amounts of well-defined, stable, cross-linked duplexes to study the pathways of cross-link repair enzymes. Our group has developed a cross-link strategy where a furan moiety is incorporated into oligodeoxynucleotides

  形成链间交联的化学试剂已在癌症治疗中使用了很长时间。它们共价连接两条 DNA 链，从而阻止转录。然而，交联修复酶可以恢复转录过程，导致对某些抗癌药物的耐药性。这些交联修复过程的机制尚未完全揭示。本研究的障碍之一是缺乏足够数量的明确、稳定、交联的双链体来研究交联修复酶的途径。我们的小组开发了一种交联策略，其中呋喃部分被整合到寡脱氧核苷酸 (ODN) 中。这些呋喃修饰的核酸可以在用 N-溴代琥珀酰亚胺选择性呋喃氧化后形成链间交联。我们在此报告了通过酰氨基或脲基接头在尿苷的 2'-位掺入呋喃部分。所得修饰的 ODN 显示出前所未有的选择性，可向与修饰残基相对的胞苷交联，形成一个特定的交联双链体，可以高产率分离。此外，形成的交联双链体的结构可以明确表征。
• Solventless Protocol for Efficient Bis-<i>N</i>-Boc Protection of Adenosine, Cytidine, and Guanosine Derivatives
  作者：Siddharth A. Sikchi、Philip G. Hultin

  DOI：10.1021/jo060430t

  日期：2006.8.1

  A solvent-free reaction employing a simple low-energy ball mill apparatus converts the amino groups of adenosine, 2-deoxyadenosine, cytidine, 2-deoxycytidine, guanosine, and 2-deoxyguanosine as well as some of their ribosyl O-protected derivatives to the corresponding bis-N-Boc carbamates. In the case of guanosine compounds, the carbonyl group of the base moiety was also blocked as its O-Boc enol carbonate

  使用简单的低能球磨仪进行的无溶剂反应将腺苷，2-脱氧腺苷，胞嘧啶核苷，2-脱氧胞苷，鸟苷和2-脱氧鸟苷的氨基以及它们的一些核糖基O保护的衍生物转化为相应的bis- N -Boc氨基甲酸酯。在鸟苷化合物的情况下，该碱基部分的羰基也被封闭为其O- Boc烯醇碳酸酯。使用瞬态原位O硅烷化的这种方法的一种变体允许制备bis- N-Boc核苷，其中糖羟基不受保护。除鸟苷化合物外，球磨反应迅速，方便且产率很高。这种高效的方法使用适合进一步合成操作的碱稳定且酸不稳定的基团保护这些核苷的氨基。
• Synthesis of Phosphoramidite Monomers Equipped with Complementary Bases for Solid-Phase DNA Oligomerization
  作者：Sonia Romero-Pérez、Isabel López-Martín、Manuel C. Martos-Maldonado、Álvaro Somoza、David González-Rodríguez

  DOI：10.1021/acs.orglett.9b03801

  日期：2020.1.3

  bear complementary nucleobases at the edges (guanine-2'-deoxycytidine and 2-aminoadenine-2'-deoxyuridine) and that are conveniently protected and activated for solid-phase automated DNA synthesis. We report the optimized synthetic routes leading to the four nucleobase derivatives involved, their cross-coupling reactions into dinucleobase-containing monomers, and their oligomerization in the DNA synthesizer

  我们描述了两个单体的制备，该单体在边缘带有互补的碱基（鸟嘌呤2'-脱氧胞苷和2-氨基腺嘌呤-2'-脱氧尿苷），并且可以方便地保护和活化以进行固相自动DNA合成。我们报告了优化的合成途径，导致涉及的四个核碱基衍生物，它们交叉偶联反应成含二核碱基的单体，以及它们在DNA合成仪中的低聚。
• Correction to “Silver Nanoassemblies Constructed from Boranephosphonate DNA”
  作者：Subhadeep Roy、Magdalena Olesiak、Shiying Shang、Marvin H. Caruthers

  DOI：10.1021/jacs.7b08409

  日期：2017.9.27

  The following correction is required for the DNA sequences used to prepare the A-tile as used in these arrays. On page S22 of the Supporting Information, a typographical error within the sequences of DNA oligomers A4 and A5 used for the construction of the DNA arrays led to an insertion of an extra base pair in the A-tile. These were typographical errors and were not present in the DNAs used to construct

  用于制备这些阵列中使用的 A-tile 的 DNA 序列需要进行以下更正。在支持信息的第 S22 页上，用于构建 DNA 阵列的 DNA 寡聚体 A4 和 A5 序列中的印刷错误导致在 A-tile 中插入了一个额外的碱基对。这些是印刷错误，并且不存在于用于构建阵列的 DNA 中。正确的顺序这里给出并且在校正的支持信息：A1：GATGGCGACATCCTGCCGCTATGATTACACAGCCTGAGCATTGACAC A2：GTAGCGCCGTTAGTGGATGTC A3：TGTAGTATCGTGGCTGTGTAATCATAGCGGCACCAACTGGCA A4：GACTGCGTGTCAATGCTCACCGATCAACCAG A5：CTGACGCTGGTTGATCGGACGATACTACATGCCAGTTGGACTAACGG菌素B1a：CAGTGACCGCATCGGACAGCAGC-T
• Blue fluorescent deoxycytidine analogues: convergent synthesis, solid-state and electronic structure, and solvatochromism
  作者：David W. Dodd、Kalen N. Swanick、Jacquelyn T. Price、Allison L. Brazeau、M. J. Ferguson、Nathan D. Jones、Robert H. E. Hudson

  DOI：10.1039/b919921g

  日期：——

  We report the synthesis and photospectroscopic characterisation of intrinsically fluorescent triazole-appended cytidines. Fluorescence was found to be highly dependent on solvent conditions. X-Ray crystallographic data show the proton of the exocyclic amine of the nucleobase and the triazole N3 engaged in a H-bond.

  我们报告了本征荧光三唑添加胞嘧啶的合成和光谱特征。研究发现，荧光高度依赖于溶剂条件。X 射线晶体学数据显示，核碱基外环胺的质子与三唑 N3 之间存在 H 键。