6-azide-6-deoxy-β-L-galactopyranos-1-yl-guanosine 5'-diphosphate | 912921-33-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷酸
• 英文名称: 6-azide-6-deoxy-β-L-galactopyranos-1-yl-guanosine 5'-diphosphate
• 英文别名: GDP-FAz；guanosine 5'-diphospho-6-azido-β-L-fucopyranoside；GDP-(6-azido)fucose；[[(2R,3S,4R,5R)-5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl] [(2R,3S,4R,5S,6S)-6-(azidomethyl)-3,4,5-trihydroxyoxan-2-yl] hydrogen phosphate
• CAS: 912921-33-6
• 化学式: C₁₆H₂₄N₈O₁₅P₂
• 分子量: 630.359
• InChiKey: JSVKWEUGLMCUGG-JGQUBWHWSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -5.2
• 重原子数：
  41
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.69
• 拓扑面积：
  322
• 氢给体数：
  9
• 氢受体数：
  19

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  6-azide-6-deoxy-β-L-galactopyranos-1-yl-guanosine 5'-diphosphate 在 palladium 10% on activated carbon 、 氢气 、 O-(1H-benzotriazol-1-yl)-N,N,N',N'-tetramethyluronium hexafluorophosphate 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 3.25h， 生成
  参考文献：
  名称：

  化学酶合成GDP-L-岩藻糖衍生物作为有效和选择性α-1,3-岩藻糖基转移酶抑制剂

  摘要：

  岩藻糖基转移酶（FucTs）通常催化糖基化的最终步骤，对许多生物过程至关重要。高水平的特定FucT活性通常与各种癌症有关。在这里，我们报告了一种化学合成方法的发展，该方法用于合成鸟苷二磷酸β- L-岩藻糖（GDP-Fuc）衍生物的文库，然后原位筛选对细菌和人α-1,3-FucTs的抑制活性。从最初的筛选中鉴定出掺入了适当的疏水部分的几种化合物。将它们分别合成，纯化并详细表征其抑制动力学。化合物5的K i对人类FucT-VI具有29 nM的选择性，比幽门螺杆菌FucT（K i = 7.8μM）和人类FucT-V（K i = 0.31μM）分别高269和11倍。

  DOI：

  10.1002/adsc.201100940
• 作为产物：
  描述：

  在 水 、 三乙胺 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 反应 24.0h， 生成 6-azide-6-deoxy-β-L-galactopyranos-1-yl-guanosine 5'-diphosphate
  参考文献：
  名称：

  通过使用α1,3-岩藻糖基转移酶标记带有荧光标记的GDP-岩藻糖的糖蛋白

  摘要：

  启发性蛋白质：α1,3-岩藻糖基转移酶催化L-岩藻糖从活化的GDP-β- L-岩藻糖转移到不同的受体分子。通过应用环Sal方法，我们合成了三种荧光标记的GDP-岩藻糖衍生物（均含有FAM，FITC或ATTO残基），并用它们标记了糖蛋白胎球蛋白，去唾液酸胎蛋白和gp130。

  DOI：

  10.1002/cbic.201500275

文献信息

• An Efficient Approach to the Discovery of Potent Inhibitors against Glycosyltransferases
  作者：Kensaku Hosoguchi、Takahiro Maeda、Jun-ichi Furukawa、Yasuro Shinohara、Hiroshi Hinou、Mitsuaki Sekiguchi、Hiroko Togame、Hiroshi Takemoto、Hirosato Kondo、Shin-Ichiro Nishimura

  DOI：10.1021/jm100612r

  日期：2010.8.12

  nucleotide was identified to be the first highly specific inhibitor for rat recombinant α2,3-(N)-sialyltransferase (α2,3ST, IC50 = 8.2 μM), while this compound was proved to become a favorable substrate for rat recombinant α2,6-(N)-sialyltransferase (α2,6ST, Km = 125 μM). Versatility of this strategy was demonstrated by identification of two selective inhibitors for human recombinant α1,3-fucosyltransferase

  我们描述了一种标准化的方法，用于通过高通量定量MALDI-TOFMS筛选集中的化合物库来搜索糖基转移酶的有效和选择性抑制剂，该化合物由所需的叠氮基糖核苷酸与各种炔烃进行1,3-偶极环加成而构建。将具有稳定同位素的氨氧基官能化试剂与寡糖缀合，以提供糖肽作为具有增强的离子敏感性的受体底物。新底物的电离效能增强，可在糖基供体底物存在的情况下，基于MALDI-TOFMS进行酶促糖基化的简便分析和定量分析。一种非天然的合成糖核苷酸被确定为大鼠重组α2,3-（N）-唾液酸转移酶（α2,3ST，IC的第一个高度特异性抑制剂50 = 8.2μM），而该化合物被证明是大鼠重组α2,6-（N）-唾液酸转移酶（α2,6ST，K m = 125μM）的有利底物。鉴定两种重组人重组α1,3-岩藻糖基转移酶V（α1,3-FucT，K i = 293 nM）和α1,6-岩藻糖基转移酶VIII（α1,6-FucT，K i
• High-Throughput Screening for Inhibitors of Sialyl- and Fucosyltransferases
  作者：Cory D. Rillahan、Steven J. Brown、Amy C. Register、Hugh Rosen、James C. Paulson

  DOI：10.1002/anie.201105065

  日期：2011.12.23

  Sweet screens: A high‐throughput screening platform for identification of inhibitors of sialyl‐ and fucosyltransferases based on fluorescence polarization (FP) has been developed. An analogue of the natural donor substrate carrying a fluorescent label (green star) is transferred to a glycoprotein acceptor, which results in robust FP (see picture). The screening of 16 000 compounds against different

  Sweet Screens：开发了一种基于荧光偏振 (FP) 鉴定唾液酸和岩藻糖基转移酶抑制剂的高通量筛选平台。带有荧光标记（绿星）的天然供体底物的类似物被转移到糖蛋白受体上，从而产生强大的 FP（见图）。针对不同糖基转移酶筛选 16 000 种化合物已确定了各种有趣的抑制剂。
• FRET-Based Direct and Continuous Monitoring of Human Fucosyltransferases Activity: An Efficient synthesis of Versatile GDP-L-Fucose Derivatives from Abundantd-Galactose
  作者：Takahiro Maeda、Shin-Ichiro Nishimura

  DOI：10.1002/chem.200700760

  日期：2008.1.7

  acceptor substrate, sialyl-alpha2,3-LacNAc derivative (2) allowed us to carry out highly sensitive, direct, and continuous in vitro monitoring of the generation of sialyl Lewis X (SLe x), which is catalyzed by human alpha-1,3-fucosyltransferase VI (FUT-VI). A kinetic analysis revealed that compound 1 was an excellent donor substrate (KM=0.94 microM and Vmax=0.14 microM min(-1)) for detecting human FUT-VI

  我们已经开发了一种简便且通用的协议，用于通过使用荧光能量共振转移（FRET）连续监测人岩藻糖基转移酶的活性，并探索了其在抑制剂筛选测定中的可行性。具有荧光探针的便捷糖核苷酸6-脱氧-6-N-（2-萘-2-基乙酰胺）-β-L-吡喃半乳糖-1-基鸟苷5'-二磷酸二钠盐（1），由天然丰富的D-吡喃半乳糖通过关键中间体6-叠氮化物-1,2,3,4-四-O-苯甲酰基-6-脱氧-β-L-吡喃半乳糖有效地合成（10）。结果表明，糖基供体1和丹磺化受体底物唾液酸-α2,3-LacNAc衍生物（2）的联合使用使我们能够对唾液酸化路易斯的产生进行高度敏感，直接和连续的体外监测X（SLe x），它由人α-1,3-岩藻糖基转移酶VI（FUT-VI）催化。动力学分析表明，化合物1是检测人FUT-VI活性的优良供体底物（KM = 0.94 microM和Vmax = 0.14 microM min（-1））。据我们所
• Direct Visualization of Live Zebrafish Glycans via Single‐Step Metabolic Labeling with Fluorophore‐Tagged Nucleotide Sugars
  作者：Senlian Hong、Pankaj Sahai‐Hernandez、Digantkumar Gopaldas Chapla、Kelley W. Moremen、David Traver、Peng Wu

  DOI：10.1002/anie.201907410

  日期：2019.10

  endogenous glycosyltransferases, we developed a single‐step fluorescent glycan labeling strategy by using fluorophore‐tagged analogues of the nucleotide sugars. Injecting fluorophore‐tagged sialic acid and fucose into the yolk of zebrafish embryos at the one‐cell stage enables systematic imaging of sialylation and fucosylation in live zebrafish embryos at distinct developmental stages. From these studies,

  细胞表面聚糖的动态周转涉及无数的生物事件，使该过程成为体内分子成像的有吸引力的目标。代谢聚糖标记与生物正交化学相结合，为活体生物体中聚糖的可视化铺平了道路。然而，需要两步标记序列，这会受到成像探针组织穿透困难的影响。在这里，通过探索内源糖基转移酶的底物混杂性，我们通过使用荧光团标记的核苷酸糖类似物开发了单步荧光聚糖标记策略。在单细胞阶段将荧光团标记的唾液酸和岩藻糖注射到斑马鱼胚胎的卵黄中，可以对不同发育阶段的活体斑马鱼胚胎的唾液酸化和岩藻糖基化进行系统成像。从这些研究中，我们深入了解了唾液酸化和岩藻糖化聚糖在斑马鱼造血中的作用。
• [EN] SITE-SPECIFIC ANTIBODY CONJUGATES AND THE METHODS FOR PREPARATION OF THE SAME<br/>[FR] CONJUGUÉS D'ANTICORPS SPÉCIFIQUES À UN SITE ET LEURS PROCÉDÉS DE PRÉPARATION
  申请人：GLYCO THERAPY BIOTECHNOLOGY CO LTD

  公开号：WO2022037665A1

  公开（公告）日：2022-02-24

  The present disclosure provides a site-specific protein conjugate and the method for preparation of the same. The protein conjugate comprising a protein and an oligosaccharide, wherein said oligosaccharide comprises (I) wherein: said GlcNAc is directly or indirectly linked to an amino acid of said protein; said Gal is a galactose; said (Fuc) is a fucose, b is 0 or 1; said Fuc* comprises a fucose or a fucose derivative linked to a molecule of interest (MOI), said protein comprises an antigen binding fragment and/or a Fc fragment.

  本公开提供了一种特定于位点的蛋白质共轭物及其制备方法。所述蛋白质共轭物包括蛋白质和寡糖，其中所述寡糖包括（I），其中：所述GlcNAc直接或间接连接到所述蛋白质的氨基酸上；所述Gal是半乳糖；所述（Fuc）是岩藻糖，b为0或1；所述Fuc*包括与感兴趣分子（MOI）连接的岩藻糖或岩藻糖衍生物，所述蛋白质包括抗原结合片段和/或Fc片段。