5-ethynylfluorescein | 918152-36-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 苯并吡喃
• 英文名称: 5-ethynylfluorescein
• 英文别名: 5-Ethynyl-2-(6-hydroxy-3-oxo-3H-xanthen-9-YL)benzoic acid；5-ethynyl-2-(3-hydroxy-6-oxoxanthen-9-yl)benzoic acid
• CAS: 918152-36-0
• 化学式: C₂₂H₁₂O₅
• 分子量: 356.334
• InChiKey: UISCAMZMLDHHBC-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.7
• 重原子数：
  27
• 可旋转键数：
  3
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.0
• 拓扑面积：
  83.8
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-ethynylfluorescein 在 copper(l) iodide 、 四(三苯基膦)钯 、 potassium carbonate 、 三乙胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 48.0h， 生成 5-[4-(6-Amino-3-imino-3H-xanthen-9-yl)-phenylethynyl]-2-(6-hydroxy-3-oxo-3H-xanthen-9-yl)-benzoic acid 5-tert-butoxycarbonyl-pentyl ester
  参考文献：
  名称：

  用于在一项实验中标记多个生物分子的荧光、通过键合能量转移盒

  摘要：

  已经设计并合成了基于与罗丹明样受体电子偶联的荧光素供体成分的键合能量转移盒。它们在 488 nm 处强烈吸收（Ar 激光发射）并有效地将能量转移到发射强烈的受体组件。此外，与荧光素相比，盒式磁带对光漂白更稳定，因此与荧光素本身相比，它们可能更适合单分子检测方法。这些研究构成了在高通量测序和其他生物技术应用中改进链终止 DNA 检测的基础。

  DOI：

  10.1021/ja037193l
• 作为产物：
  描述：

  5-iodofluorescein diacetate 在 copper(l) iodide 、 四(三苯基膦)钯 、 potassium carbonate 、 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 为溶剂， 反应 25.0h， 生成 5-ethynylfluorescein
  参考文献：
  名称：

  用于在一项实验中标记多个生物分子的荧光、通过键合能量转移盒

  摘要：

  已经设计并合成了基于与罗丹明样受体电子偶联的荧光素供体成分的键合能量转移盒。它们在 488 nm 处强烈吸收（Ar 激光发射）并有效地将能量转移到发射强烈的受体组件。此外，与荧光素相比，盒式磁带对光漂白更稳定，因此与荧光素本身相比，它们可能更适合单分子检测方法。这些研究构成了在高通量测序和其他生物技术应用中改进链终止 DNA 检测的基础。

  DOI：

  10.1021/ja037193l

文献信息

• Rigid tetrazine fluorophore conjugates with fluorogenic properties in the inverse electron demand Diels–Alder reaction
  作者：Achim Wieczorek、Tiago Buckup、Richard Wombacher

  DOI：10.1039/c4ob00245h

  日期：——

  1,2,4,5-Tetrazine fluorophore derivatives with structurally rigid molecular designs were synthesized using Sonogashira and Stille cross-coupling as well as copper-catalyzed azide–alkyne cycloaddition. The synthesized bichromophoric systems exhibit low fluorescence quantum yields due to quenching by the tetrazine. The extent of fluorescence quenching observed for those systems was shown to depend on the distance between the fluorophore and the tetrazine. The decreased fluorescence is “turned on” by conversion of the tetrazine in the inverse electron demand Diels–Alder cycloaddition. Time resolved spectroscopy indicated resonance energy transfer between BODIPY and the tetrazine as the underlying quenching mechanism. The synthesized conjugates were successfully applied in protein labeling experiments.

  合成了具有结构刚性分子设计的1,2,4,5-四唑荧光团衍生物，采用了Sonogashira和Stille交叉耦合以及铜催化的叠氮-炔烃环加成反应。这些合成的双荧光团系统因受四唑的猝灭而表现出较低的荧光量子产率。观察到的荧光猝灭程度显示出与荧光团和四唑之间的距离有关。通过反向电子需求Diels-Alder环加成反应，荧光的降低被“开启”。时间分辨光谱学表明，BODIPY与四唑之间发生了共振能量转移，这是猝灭机制的基础。合成的共轭物已成功应用于蛋白质标记实验中。
• Rigid, Conjugated, Fluoresceinated Thymidine Triphosphates: Syntheses and Polymerase Mediated Incorporation into DNA Analogues
  作者：Lars H. Thoresen、Guan-Sheng Jiao、Wade C. Haaland、Michael L. Metzker、Kevin Burgess

  DOI：10.1002/chem.200304944

  日期：2003.10.6

  increases with length, so does the intensity of the fluorescein emission. A gel assay was used to gauge relative incorporation efficiencies of compounds 1-3, dTTP, ddTTP, and 6-TAMRA-ddTTP. Throughout, the thermostable polymerase TaqFS was used, as it is the one most widely applied in high throughput DNA sequencing. This assay showed that only compounds 3 were incorporated efficiently; these have the longest

  描述了一组独特的能量转移染料标记的三磷酸核苷化合物1-3的合成。只有在将染料偶联至核碱基之前进行了三磷酸化反应，才能成功制备这些化合物，而反之则没有。将化合物制备为2'-脱氧（a）和2'，3'-二脱氧-（b）形式。它们具有连接核碱基和羟吨蒽酮部分的逐渐更长的刚性共轭接头。亲本核苷12-14的UV光谱表明，随着接头长度的增加，供体在320-330nm区域的吸收也增加，但是最大值的红移相对较小。相同化合物的荧光光谱表明，在320-330 nm范围内的辐射导致荧光素的主要发射。当在320 nm处辐照连接子时，观察到的唯一显着发射峰对应于520 nm处分子的羟基黄酮部分；这对应于200 nm的有效斯托克斯位移。随着接头在320-330 nm处的吸收随长度增加，荧光素发射的强度也随之增加。凝胶测定法用于测定化合物1-3，dTTP，ddTTP和6-TAMRA-ddTTP的相对掺入效率。在整个过程中，使
• Two-Step Protein Labeling Utilizing Lipoic Acid Ligase and Sonogashira Cross-Coupling
  作者：Sebastian Hauke、Marcel Best、Tobias T. Schmidt、Mathis Baalmann、André Krause、Richard Wombacher

  DOI：10.1021/bc500349h

  日期：2014.9.17

  Labeling proteins in their natural settings with fluorescent proteins or protein tags often leads to problems. Despite the high specificity, these methods influence the natural functions due to the rather large size of the proteins used. Here we present a two-step labeling procedure for the attachment of various fluorescent probes to a small peptide sequence (13 amino acids) using enzyme-mediated peptide

  用荧光蛋白或蛋白标签在其自然环境中标记蛋白经常会导致问题。尽管具有很高的特异性，但由于所用蛋白质的尺寸较大，这些方法仍会影响自然功能。在这里，我们提出了一个两步的标记程序，使用酶介导的肽标记结合钯催化的Sonogashira交叉偶联，将各种荧光探针连接到一个小的肽序列（13个氨基酸）。我们从一个小文库中鉴定了对碘苯衍生物，该文库可以通过大肠杆菌硫辛酸连接酶A（LplA）共价连接至特定13个氨基酸肽序列中的赖氨酸残基。p的衍生碘代苯基随后在肽以及蛋白质水平上用作生物正交过渡金属催化的Sonogashira交叉偶联与炔基官能化的荧光团的偶联。我们的两步标记策略将酶介导标记的高选择性与钯催化的Sonogashira交叉偶联的化学选择性结合在一起。
• Water-Soluble Through-Bond Energy Transfer Cassettes for Intracellular Imaging
  作者：Rakeshwar Bandichhor、Anca D. Petrescu、Aude Vespa、Ann B. Kier、Friedhelm Schroeder、Kevin Burgess

  DOI：10.1021/ja063784a

  日期：2006.8.1

  into the nucleus (as expected) and, most significantly, it could be visualized more effectively by irradiating at the donor (fluorescein-like) part of the cassette, than the acceptor (rhodamine-like) part. Overall, this study demonstrates that cassettes of this kind can label a protein without significantly perturbing its function or secondary structure and they can be visualized effectively via irradiation

  设计了一种特殊的水溶性荧光探针 1。这包括一个基于荧光素的组件，用于在 488 nm 处收集辐射，以及一个基于罗丹明的部分，旨在以明显更长的波长发射它。该盒用于标记一种称为 ACBP 的说明性蛋白质。已有证据支持 ACBP-1 以与未标记蛋白质相似的结合常数结合其天然配体并保留其二级结构 (CD) 的断言。使用 Chariot 肽将 ACBP-1 导入细胞。共聚焦图像证明一些 ACBP-1 定位在细胞核中（如预期的那样），最重要的是，通过照射盒的供体（荧光素样）部分，它可以比受体（罗丹明样）更有效地可视化部分。全面的，
• Cyanine‐ and Rhodamine‐Derived Alkynes for the Selective Targeting of Cancerous Mitochondria through Radical Thiol‐Yne Coupling in Live Cells
  作者：Johannes Köckenberger、Insa Klemt、Caroline Sauer、Anton Arkhypov、Viktor Reshetnikov、Andriy Mokhir、Markus R. Heinrich

  DOI：10.1002/chem.202301340

  日期：2023.8.10

  Despite their long history and their synthetic potential underlined by various recent advances, radical thiol‐yne coupling reactions have so far only rarely been exploited for the functionalization of biomolecules, and no examples yet exist for their application in live cells ‐ although natural thiols show widespread occurrence therein. By taking advantage of the particular cellular conditions of mitochondria in cancer cells, we have demonstrated that radical thiol‐yne coupling represents a powerful reaction principle for the selective targeting of these organelles. Within our studies, fluorescently labeled reactive alkyne probes were investigated, for which the fluorescent moiety was chosen to enable both mitochondria accumulation as well as highly sensitive detection. After preliminary studies under cell‐free conditions, the most promising alkyne‐dye conjugates were evaluated in various cellular experiments comprising analysis by flow cytometry and microscopy. All in all, these results pave the way for improved future therapeutic strategies relying on live‐cell compatibility and selectivity among cellular compartments.

  摘要尽管自由基硫醇-炔偶联反应具有悠久的历史，而且最近取得的各种进展也凸显了其合成潜力，但迄今为止，自由基硫醇-炔偶联反应还很少被用于生物大分子的功能化，而且还没有在活细胞中应用的实例--尽管天然硫醇在活细胞中广泛存在。通过利用癌细胞线粒体的特殊细胞条件，我们证明了自由基硫醇-炔偶联是选择性靶向这些细胞器的强大反应原理。在我们的研究中，对荧光标记的活性炔探针进行了研究，荧光分子的选择是为了既能在线粒体中积累，又能进行高灵敏度的检测。在无细胞条件下进行初步研究后，在各种细胞实验中对最有前景的炔烃-染料共轭物进行了评估，包括流式细胞仪和显微镜分析。总之，这些结果为改进未来的治疗策略铺平了道路，这些治疗策略依赖于活细胞兼容性和细胞间的选择性。