3'-amino-5'-(4,4'-dimethoxytrityl)-3'-deoxythymidine

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 3'-amino-5'-(4,4'-dimethoxytrityl)-3'-deoxythymidine
• 英文别名: 3'-amino-3'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidine；3'-amino-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3'-deoxythymidine；3'-Amino-3'-deoxy-5'-o-dmt-thymidine；1-[(2R,4S,5S)-4-amino-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• 化学式: C₃₁H₃₃N₃O₆
• 分子量: 543.62
• InChiKey: RVVIWKLSTHKWIL-UPRLRBBYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.6
• 重原子数：
  40
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.29
• 拓扑面积：
  112
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3'-amino-5'-(4,4'-dimethoxytrityl)-3'-deoxythymidine 在 叔丁基过氧化氢 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 反应 9.0h， 生成 (3'-amino-3'-deoxythymidylyl)-(3'->5')-thymidine
  参考文献：
  名称：

  Synthesis of 2‘,3‘-Dideoxyribonucleoside-3‘-N-(2-oxo-1,3,2-oxathiaphospholanes) and Their Reactions with 5‘-OH Nucleosides and Fluoride Ion

  摘要：

  DOI：

  10.1021/jo982240r
• 作为产物：
  描述：

  齐多夫定 在 palladium on activated charcoal 吡啶 、 ammonium formate 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 反应 20.5h， 生成 3'-amino-5'-(4,4'-dimethoxytrityl)-3'-deoxythymidine
  参考文献：
  名称：

  [3'-氨基-3'-脱氧胸苷衍生物的高效合成]。

  摘要：

  提出了在甲酸催化剂上使用甲酸铵作为氢源将3'-叠氮基3'-脱氧胸苷及其5'-保护的衍生物还原为3'-氨基胸苷衍生物的有效方法。

  DOI：

  10.1007/s11171-005-0018-4

文献信息

• Probing the Binding Requirements of Modified Nucleosides with the DNA Nuclease SNM1A
  作者：Eva-Maria Dürr、Joanna F. McGouran

  DOI：10.3390/molecules26020320

  日期：——

  only a limited number of inhibitors have been reported to date. Herein, we report the synthesis and evaluation of a family of malonate-based modified nucleosides to investigate the optimal positioning of metal-binding groups in nucleoside-derived inhibitors for SNM1A. These compounds include ester, carboxylate and hydroxamic acid malonate derivatives which were installed in the 5′-position or 3′-position

  SNM1A 是一种涉及 DNA 链间交联修复的核酸酶，因此，它的抑制作用对于克服对化学治疗性交联剂的抗性很重要。然而，SNM1A活性位点中金属离子的数量和身份仍未得到证实，迄今为止报道的抑制剂数量有限。在此，我们报告了基于丙二酸的修饰核苷家族的合成和评估，以研究金属结合基团在核苷衍生的 SNM1A 抑制剂中的最佳定位。这些化合物包括酯、羧酸酯和异羟肟酸丙二酸酯衍生物，它们安装在胸苷的 5'-位或 3'-位或作为两个核苷之间的连接。作为重组 SNM1A 抑制剂的评估表明，所测试的 12 种化合物中有 9 种在 1 mM 浓度下具有抑制作用。最有效的化合物在 5'-位含有异羟肟酸丙二酸酯基团。总体而言，我们的研究促进了对 SNM1A 核苷衍生抑制剂要求的理解，并表明在金属螯合剂（如异羟肟酸丙二酸酯）附近含有带负电荷基团的基团是抑制剂设计中很有前景的结构。
• Squaryl Group as a New Mimic of Phosphate Group in Modified Oligodeoxynucleotides:  Synthesis and Properties of New Oligodeoxynucleotide Analogues Containing an Internucleotidic Squaryldiamide Linkage
  作者：Kousuke Sato、Kohji Seio、Mitsuo Sekine

  DOI：10.1021/ja027131f

  日期：2002.10.1

  a unique property, namely, that the squaryl group of TsqT is influenced by Mg2+ concentration. The ab initio calculations of TsqT showed a highly polarized structure resembling that of a phosphate group. This dimer structural motif was finally incorporated into oligodeoxynucleotides by use of the phosphoramidite approach. The hybridization affinity of these modified oligodeoxynucleotides for the complementary

  本文描述了一种新型修饰寡脱氧核苷酸的合成和性质，该寡核苷酸含有中性但高度极化的方酸基，作为磷酸基团的新型模拟物。通过用 3'-氨基-5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)-3'-两步取代方酸二乙酯，以几乎定量的产率合成了具有方酸二酰胺键的修饰胸苷二聚体衍生物 (TsqT)脱氧胸苷和 5'-氨基-5'-脱氧胸苷。TsqT 的 CD 和 UV 研究表明该二聚体具有与 TpT 基本相似的结构。TsqT 的 NMR 研究显示出一个独特的性质，即 TsqT 的方酸基受 Mg2+ 浓度的影响。TsqT 的 ab initio 计算显示出类似于磷酸基团的高度极化结构。通过使用亚磷酰胺方法，这种二聚体结构基序最终被整合到寡脱氧核苷酸中。通过使用 Tm 实验详细研究了这些修饰的寡脱氧核苷酸对互补和错配的寡脱氧核苷酸的杂交亲和力。因此，结果证明，在 5'-d(CGCATsqTAGCC)-3'/5'-d(GGCTAATGCG)-3'
• Synthesis and Properties of New Nucleotide Analogues Possessing Squaramide Moieties as New Phosphate Isosters
  作者：Kohji Seio、Takuhei Miyashita、Kousuke Sato、Mitsuo Sekine

  DOI：10.1002/ejoc.200500520

  日期：2005.12

  condensation of 5′- or 3′-aminonucleosides with dimethyl squarate, whilst the selective removal of the methyl group was effectively accomplished by treatment with sodium bromide. In addition, we also synthesized 3′,5′-cyclic nucleotide analogues from the 3′,5′-diazidonucleoside derivatives. NMR analysis revealed that their ribose puckering was of an N-type form, identical to that in cAMP and cGMP. Because

  合成了结合独特方酸酰胺结构的 2'-脱氧核苷酸和核糖核苷酸的新类似物。由于该部分的强酸性（pKa = 2.3），这些核苷酸类似物以单阴离子形式存在，在生理条件下可以被视为5'-核苷酸的电子等排体。核苷酸类似物的合成是通过 5'-或 3'-氨基核苷与方酸二甲酯的缩合来实现的，而甲基的选择性去除则是通过用溴化钠处理来有效实现的。此外，我们还从 3',5'-二叠氮核苷衍生物合成了 3',5'-环核苷酸类似物。核磁共振分析表明，它们的核糖起皱是一种 N 型形式，与 cAMP 和 cGMP 中的相同。由于独特的结构、电子、和方酸酰胺型核苷酸类似物的构象特性，这些类似物作为潜在的生物活性化合物，如抗病毒和抗癌剂，应该是非常有趣的。(© Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, 69451 Weinheim, Germany, 2005)
• Synthesis and evaluation of squaramide and thiosquaramide inhibitors of the DNA repair enzyme SNM1A
  作者：Mark Berney、William Doherty、Werner Theodor Jauslin、Manav T Manoj、Eva-Maria Dürr、Joanna Francelle McGouran

  DOI：10.1016/j.bmc.2021.116369

  日期：2021.9

  of developing SNM1A inhibitors, but the full potential of this enzyme as a drug target has yet to be explored. Herein, the synthesis of a family of squaramide- and thiosquaramide-bearing nucleoside derivatives and their evaluation as SNM1A inhibitors is reported. A gel electrophoresis assay was used to identify nucleoside derivatives bearing an N-hydroxysquaramide or squaric acid moiety at the 3’-position

  SNM1A 是一种锌依赖性核酸酶，参与从 DNA 中去除链间交联损伤。抑制链间交联修复酶如 SNM1A 是提高交联化疗药物疗效的有前途的策略。最初的研究已经证明了开发 SNM1A 抑制剂的可行性，但这种酶作为药物靶点的全部潜力还有待探索。在此，报道了带有方酸酰胺和硫代方酰胺的核苷衍生物家族的合成及其作为 SNM1A 抑制剂的评价。凝胶电泳分析用于鉴定在 3'-位带有N-羟基方酸酰胺或方酸部分的核苷衍生物，以及带有 5'-硫代方酸酰胺的胸苷衍生物，作为候选 SNM1A 抑制剂。定量IC50测定表明，带有 5'-硫代方酸酰胺的胸苷衍生物是最有效的抑制剂，其次是带有 3'-方酸的胸苷衍生物。进行紫外-可见滴定以评估（硫代）方酸酰胺与锌离子的结合，从而使抑制效力的顺序合理化。研究了活性抑制剂的膜渗透性，其中几种化合物显示出未来体内应用的前景。
• Synthesis and biophysical properties of carbamate-locked nucleic acid (LNA) oligonucleotides with potential antisense applications
  作者：Cameron Thorpe、Sven Epple、Benjamin Woods、Afaf H. El-Sagheer、Tom Brown

  DOI：10.1039/c9ob00691e

  日期：——

  to their DNA backbones are essential to inhibit degradation in vivo, but they can reduce binding affinity to RNA targets. To address this problem we have combined the enzymatic resistance of carbamate (CBM) DNA backbone analogues with the thermodynamic stability conferred by locked nucleic acid sugars (LNA). Using a dinucleotide phosphoramidite strategy and automated solid phase synthesis, we have

  反义寡核苷酸 (ASO) 正在成为治疗难治疾病的重要药物。对其 DNA 骨架的修饰对于抑制体内降解至关重要，但它们会降低与 RNA 靶标的结合亲和力。为了解决这个问题，我们将氨基甲酸酯 (CBM) DNA 骨架类似物的酶抗性与锁核酸糖 (LNA) 赋予的热力学稳定性相结合。使用二核苷酸亚磷酰胺策略和自动固相合成，我们合成了一组用多个 LNA-CBM 单元修饰的寡核苷酸。LNA 糖恢复与 RNA 目标的结合亲和力，在这方面，LNA 相对于 CBM 连接的位置很重要。含有氨基甲酸酯的寡核苷酸侧翼位于其 5' 和 3' LNA 的 -sides 与 RNA 形成稳定的双链体，与 DNA 形成不稳定的双链体，这对于反义应用来说是理想的。与单独的 LNA 或 CBM 骨架相比，氨基甲酸酯-LNA 修饰的寡核苷酸在蛇毒和胎牛血清的存在下也表现出更高的稳定性。