2'-O-(aminooxymethyl)cytidine | 1369323-51-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 2'-O-(aminooxymethyl)cytidine
• 英文别名: 4-amino-1-[(2R,3R,4R,5R)-3-(aminooxymethoxy)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]pyrimidin-2-one
• CAS: 1369323-51-2
• 化学式: C₁₀H₁₆N₄O₆
• 分子量: 288.26
• InChiKey: ZJCWVTOLDOBZIO-ZOQUXTDFSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -2.4
• 重原子数：
  20
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.6
• 拓扑面积：
  153
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2'-O-(aminooxymethyl)cytidine 在 盐酸 、 四丁基氟化铵 、 sodium hydroxide 作用下， 以 甲醇 、 水 、 二甲基亚砜 为溶剂， 反应 3.0h， 生成 胞苷
  参考文献：
  名称：

  核糖核苷作为丙氧基氨基氧甲基的2'-羟基功能的保护及其通过分子内脱羧过程的2'-O-脱保护

  摘要：

  2'- O-氨基氧基甲基核糖核苷与丙酮酸乙酯反应，可在皂化后提供2'- O-亚氨基氧基甲基丙酸酯衍生物。通过定量的四烷基铵盐介导的脱羰基消除，在二甲亚砜（DMSO）中产生了2'-羟基保护基团的裂解，从而产生了所有2'- O-去保护的核糖核苷。

  DOI：

  10.1002/ejoc.201601308
• 作为产物：
  描述：

  N4-phenoxyacetyl-3’,5’-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-2’-O-(phthalimidooxymethyl)cytidine 在 甲醇 、 氟化铵 作用下， 反应 16.0h， 生成 2'-O-(aminooxymethyl)cytidine
  参考文献：
  名称：

  固相合成RNA序列中核糖核苷2'-羟基保护基的2-氰基-2-2,2-二甲基乙胺基-N-氧甲基

  摘要：

  2-氰基-2-甲基丙醛与2'- O-氨氧基甲基核糖核苷的反应可产生稳定且可逆的2' - O-（2-氰基-2-2,2-二甲基乙胺-N-氧甲基）核糖核苷。在对核碱基进行N-保护，5'-二甲氧基三苯甲基化和3'-磷酸化之后，得到的2'-保护的核糖核苷亚磷酰胺单体被用于三个嵌合RNA序列的固相合成，每个序列的嘌呤/嘧啶比率不同。在5‐苄硫基‐1 H存在下进行亚磷酰胺单体的活化时-四唑，在180 s内平均获得99％的耦合效率。RNA链装配完成后，在标准碱性条件下进行核苷酸碱基和磷酸盐保护基的去除以及从固相支持物中释放序列，而2' - O-（2-氰基-2，通过用氟化四正丁基铵（0.5  m）处理可实现2-二甲基乙胺基-N-氧甲基）保护基（不释放RNA烷基化副产物）在干燥的DMSO中于55°C下放置24–48 h。通过聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE），酶水解和基质辅助激光解吸/电离（MALDI）质谱对完全

  DOI：

  10.1002/chem.201204235

文献信息

• [EN] 2'-O-AMINOOXYMETHYL NUCLEOSIDE DERIVATIVES FOR USE IN THE SYNTHESIS AND MODIFICATION OF NUCLEOSIDES, NUCLEOTIDES AND OLIGONUCLEOTIDES<br/>[FR] DÉRIVÉS DE 2'-O-AMINOOXYMÉTHYL NUCLÉOSIDE POUR L'UTILISATION DANS LA SYNTHÈSE ET LA MODIFICATION DE NUCLÉOSIDES, NUCLÉOTIDES ET OLIGONUCLÉOTIDES
  申请人：US HEALTH

  公开号：WO2012138530A1

  公开（公告）日：2012-10-11

  Disclosed are O-protected compounds of the formula (I):wherein B is an optionally protected nucleobase, and R1-R3 are as described herein, a method of preparing such compounds, and a method of preparing oligonucleotides such as RNA starting from such compounds. The O-protected compounds have one or more advantages, for example, the 2'-O-protected compound is stable during the various reaction steps involved in oligonucleotide synthesis; the protecting group can be easily removed after the synthesis of the oligonucleotide, for example, by reaction with tetrabutylammonium fluoride; and/or the O-protected groups do not generate DNA/RNA alkylating side products, which have been reported during removal of 2'-O-(2-cyanoethyl)oxymethyl or 2'-O-[2-(4-tolylsulfonyl)ethoxymethyl groups under similar conditions.

  揭示了公式（I）中的O-保护化合物：其中B是可选择保护的核碱基，R1-R3如本文所述，一种制备这种化合物的方法，以及一种从这种化合物开始制备寡核苷酸（如RNA）的方法。这些O-保护化合物具有一个或多个优点，例如，2'-O-保护化合物在寡核苷酸合成中涉及的各种反应步骤中是稳定的；保护基在寡核苷酸合成后可以轻松去除，例如，通过与四丁基氟化铵反应；和/或O-保护基在类似条件下去除2'-O-(2-氰乙基)氧甲基或2'-O-[2-(4-甲苯磺酰基)乙氧甲基基团时不会产生已报道的DNA/RNA烷基化副产物。
• Permanent or reversible conjugation of 2′-O- or 5′-O-aminooxymethylated nucleosides with functional groups as a convenient and efficient approach to the modification of RNA and DNA sequences
  作者：Jacek Cieślak、Andrzej Grajkowski、Cristina Ausín、Alexei Gapeev、Serge L. Beaucage

  DOI：10.1093/nar/gkr896

  日期：2012.3

  demonstrated by the single or double incorporation of a reversible pyrenylated uridine 2′-conjugate into an RNA sequence, the conjugation of 2′-O-aminooxymethyl ribonucleosides with aldehydes, including those generated from their acetals, provides reversible 2′-O-protected ribonucleosides for potential applications in the solid-phase synthesis of native RNA sequences. The synthesis of a chimeric polyuridylic

  2'- O-氨基氧基甲基核糖核苷是通过在甲醇中用NH 4 F处理而从它们的3',5'-二甲硅烷基化的2'- O-邻苯二甲酰亚胺氧基甲基衍生物制备的。这些新型核糖核苷与 1-芘甲醛的反应导致以 69-82% 的产率有效形成稳定且可逆的核糖核苷 2'-缀合物。实际上，将这些缀合物暴露于 THF 中的0.5 M 四正丁基氟化铵 (TBAF) 会导致它们的亚氨基醚功能裂解，从而产生天然核糖核苷以及无害的腈副产物。相反，5-cholesten-3-one 或丹磺酰氯与 2'- O 的反应-氨基氧甲基尿苷提供永久性尿苷 2'-结合物，在用 TBAF 处理后基本保持完整。或者，5'- O-氨基氧基甲基胸苷通过其3'- O-乙酰丙酰基-5'- O-邻苯二甲酰亚胺氧基甲基前体的肼解制备。5'- O-氨基氧甲基胸苷的芘基化和 5'-偶联物对 TBAF 的敏感性进一步证明了这种核苷在永久性或可逆性修饰 DNA 序列方面的有用性。尽管
• 2'-O-AMINOOXYMETHYL NUCLEOSIDE DERIVATIVES FOR USE IN THE SYNTHESIS AND MODIFICATION OF NUCLEOSIDES, NUCLEOTIDES AND OLIGONUCLEOTIDES
  申请人：Beaucage Serge L.

  公开号：US20140051846A1

  公开（公告）日：2014-02-20

  Disclosed are O-protected compounds of the formula (I): wherein B is an optionally protected nucleobase, and R 1 -R 3 are as described herein, a method of preparing such compounds, and a method of preparing oligonucleotides such as RNA starting from such compounds. The O-protected compounds have one or more advantages, for example, the 2′-O-protected compound is stable during the various reaction steps involved in oligonucleotide synthesis; the protecting group can be easily removed after the synthesis of the oligonucleotide, for example, by reaction with tetrabutylammonium fluoride; and/or the O-protected groups do not generate DNA/RNA alkylating side products, which have been reported during removal of 2′-O-(2-cyanoethyl)oxymethyl or 2′-O-[2-(4-tolylsulfonyl)ethoxymethyl groups under similar conditions.

  本发明公开了式(I)的O-保护化合物，其中B是可选的保护核苷碱，R1-R3如本文所述，一种制备这种化合物的方法，以及一种从这种化合物开始制备寡核苷酸如RNA的方法。O-保护化合物具有一个或多个优点，例如，2'-O-保护化合物在寡核苷酸合成中涉及的各种反应步骤中是稳定的；保护基可以在寡核苷酸合成之后很容易地去除，例如通过与四丁基铵氟化物反应；和/或O-保护基不会产生DNA/RNA烷基化的副产物，这在类似条件下去除2'-O-(2-氰基乙基)氧甲基或2'-O-[2-(4-甲苯磺酰基)乙氧甲基基团时已经报道过。
• US9284343B2
  申请人：——

  公开号：US9284343B2

  公开（公告）日：2016-03-15
• Protection of the 2′-Hydroxy Function of Ribonucleosides as an Iminooxymethyl Propanoate and Its 2′-<i>O</i>-Deprotection through an Intramolecular Decarboxylative Elimination Process
  作者：Jacek Cieślak、Andrzej Grajkowski、Cristina Ausín、Serge L. Beaucage

  DOI：10.1002/ejoc.201601308

  日期：2016.12

  nucleosides react with ethyl pyruvate to provide 2′‐O‐iminooxymethyl propanoate derivatives after saponification. Cleavage of the 2′‐hydroxy protecting group to give native ribonucleosides is demonstrated through a quantitative tetraalkylammonium‐salt‐mediated decarbonylative elimination, in dimethyl sulfoxide (DMSO) to produce all four 2′‐O‐deprotected ribonucleosides.

  2'- O-氨基氧基甲基核糖核苷与丙酮酸乙酯反应，可在皂化后提供2'- O-亚氨基氧基甲基丙酸酯衍生物。通过定量的四烷基铵盐介导的脱羰基消除，在二甲亚砜（DMSO）中产生了2'-羟基保护基团的裂解，从而产生了所有2'- O-去保护的核糖核苷。