2,2'-anhydro-1-[2'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-β-D-arabinofuranosyl-5-methyluridine] | 817623-11-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 2,2'-anhydro-1-[2'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-β-D-arabinofuranosyl-5-methyluridine]
• 英文别名: 5'-DMTr-2,2'-anhydrothymidine；(2R,4R,5R,6S)-4-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-hydroxy-11-methyl-3,7-dioxa-1,9-diazatricyclo[6.4.0.02,6]dodeca-8,11-dien-10-one
• CAS: 817623-11-3
• 化学式: C₃₁H₃₀N₂O₇
• 分子量: 542.588
• InChiKey: BQEQCEZNLIKSSH-CITHKVLSSA-N

物化性质

• 沸点：
  692.9±65.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.33±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.5
• 重原子数：
  40
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.29
• 拓扑面积：
  99
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  7

制备方法与用途

5'-DTR-2,2'-脱水硫脒是一种嘌呤核苷类似物，具有广泛抗肿瘤活性，特别针对惰性淋巴系统恶性肿瘤。其抗癌机制主要通过抑制DNA合成和诱导细胞凋亡来实现。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2,2'-anhydro-1-[2'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-β-D-arabinofuranosyl-5-methyluridine] 在 15-冠醚-5 、 红铝 作用下， 以 乙二醇二甲醚 、 甲苯 为溶剂， 反应 21.0h， 以35%的产率得到保护胸苷
  参考文献：
  名称：

  Synthesis of beta-L-2'-deoxy nucleosides

  摘要：

  提供了一种改进的2'-改性核苷和2'-脱氧核苷的制备工艺，例如，β-L-2'-脱氧胸苷（LdT）。特别是，改进的工艺针对的是2'-脱氧核苷的合成，该合成可能使用不同的起始材料，但都通过氯糖中间体或通过2,2'-脱水-1-呋喃糖核苷中间体进行。当使用2,2'-脱水-1-呋喃糖碱基中间体时，会采用还原剂（如Red-Al）和隔离剂（如15-冠-5醚），它们能引起分子内位移反应，并形成所需核苷产品的高收率。本发明的一种替代工艺使用2,2'-脱水-1-呋喃糖碱基中间体而不使用隔离剂，也能以高收率获得2'-脱氧核苷。根据本发明制成的化合物可以作为制备其他核苷类似物的中间体，或者可以直接用作抗病毒和/或抗肿瘤剂。

  公开号：

  US20050059632A1
• 作为产物：
  描述：

  5-甲基尿甙 在 吡啶 、 碳酸二苯酯 、 碳酸氢钠 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 1.5h， 生成 2,2'-anhydro-1-[2'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-β-D-arabinofuranosyl-5-methyluridine]
  参考文献：
  名称：

  2'-Se-胸苷亚磷酰胺的合成及其掺入寡核苷酸以进行晶体结构研究。

  摘要：

  [反应：见正文]为了研究硒衍生化的核酸晶体学，我们报道了2'-甲基硒代胸苷亚磷酰胺的首次合成，并通过固相合成将其掺入DNA和RNA中，偶联产率超过99％。d（GT（Se）GTACAC）2晶体结构也使用Se相定为1.40 A分辨率，揭示了这种Se衍生化不会引起明显的结构扰动，这与我们的UV熔融研究一致。另外，我们观察到硒的修饰在很大程度上促进了结晶。

  DOI：

  10.1021/ol062937w

文献信息

• Compounds and oligomeric compounds comprising novel nucleobases
  申请人：——

  公开号：US20040033973A1

  公开（公告）日：2004-02-19

  The present invention relates to nucleoside compositions comprising novel nucleobases and oligomeric compounds comprising at least one such nucleoside. These oligomeric compounds typically have enhanced binding affinity properties compared to oligomeric compounds without the modification. The oligomeric compounds are useful, for example, for investigative and therapeutic purposes.

  本发明涉及包含新型核碱基的核苷酸组合物以及包含至少一种此类核苷酸的寡聚合物化合物。这些寡聚合物化合物通常具有比没有这种修饰的寡聚合物化合物更强的结合亲和性能。这些寡聚合物化合物可用于调查和治疗等用途。
• OLIGONUCLEOTIDE LIGATION
  申请人：Brown Tom

  公开号：US20130231473A1

  公开（公告）日：2013-09-05

  A method for joining oligonucleotides. The method includes joining together one or more oligonucleotides by reacting an alkyne group lined to an oligonucleotide with an azide group linked to an oligonucleotide to form a triazole linkage. The alkyne group is a strained alkyne group. The method can include ligating together ends of one or more oligonucleotides or cross-linking strands of an oligonucleotide duplex. The methods described allow oligonucleotide strands to be ligated together without the need for a ligase enzyme.

  一种连接寡核苷酸的方法。该方法包括通过将连接到寡核苷酸的炔基与连接到寡核苷酸的叠氮基反应以形成三唑键来连接一个或多个寡核苷酸。炔基是一种受应力的炔基。该方法可以包括连接一个或多个寡核苷酸的末端或交联寡核苷酸双链的链。所描述的方法允许寡核苷酸链在无需连接酶的情况下连接在一起。
• New Telluride-Mediated Elimination for Novel Synthesis of 2′,3′-Didehydro-2′,3′-dideoxynucleosides
  作者：Jia Sheng、Abdalla E. A. Hassan、Zhen Huang

  DOI：10.1021/jo7025806

  日期：2008.5.1

  Several 2′,3′-dideoxynucleosides (ddNs) and 2′,3′-didehydro-2′,3′-dideoxynucleosides (d4Ns) are FDA-approved anti-HIV drugs. Via conveniently synthesized 2,2′-anhydronucleosides, we have developed a novel synthesis of d4Ns by discovering and applying a new telluride-mediated elimination reaction. Our experiment results show that after substitution of 2,2′-anhydronucleosides with a telluride monoanion

  几种2'，3'-双脱氧核苷（ddNs）和2'，3'-双脱氢-2'，3'-双脱氧核苷（d4Ns）是FDA批准的抗HIV药物。通过方便地合成的2,2'-脱水核苷，我们通过发现和应用新的碲化物介导的消除反应，开发了一种新颖的d4Ns合成方法。我们的实验结果表明，在将2,2'-脱水核苷替换为碲化物单阴离子后，形成了碲化物中间体，其消除导致形成烯烃产物（d4Ns）。我们的机理研究表明，碲化物辅助反应包括两个步骤：取代（或添加）和消除。通过使用二甲基二碲化物（0.1当量）作为试剂，通过碲化物介导的消除反应，可以合成d4Ns，产率高达90％。
• Sugar Conformational Effects on the Photochemistry of Thymidylyl(3‘-5‘)thymidine
  作者：Tomasz Ostrowski、Jean-Claude Maurizot、Marie-Thérèse Adeline、Jean-Louis Fourrey、Pascale Clivio

  DOI：10.1021/jo030086p

  日期：2003.8.1

  The synthesis and conformational analysis of 2'-O,5-dimethyluridylyl(3'-5')-2'-O,5-dimethyluridine (1a), the analogue of thymidylyl(3'-5')thymidine (TpT; 1b) in which a methoxy group replaces each 2'-alpha-hydrogen atom, are described. In comparison with TpT, such modification increases the population of the C3'-endo conformer of the sugar ring puckering at the 5'- and 3'-ends from 30 to 75% and from

  2'-O，5-二甲基尿嘧啶（3'-5'）-2'-O，5-二甲基尿苷（1a）（胸苷基（3'-5'）胸苷的类似物（TpT; 1b）的合成和构象分析描述了其中甲氧基取代每个2'-α-氢原子的）。与TpT相比，这种修饰使在5'-和3'-端起皱的糖环的C3'-内构象异构体的数量分别增加了30％至75％和37％至66％。1a和TpT在254 nm处的光解在质量上是可比较的（形成顺式-顺式环丁烷嘧啶二聚体和（6-4）光产物），尽管在1a情况下明显更快。这些结果可以通过修饰的二核苷酸采用碱基堆积构象几何形状的趋势增加的趋势来解释，该构象几何形状类似于TpT的构象几何形状。
• Synthesis of the First Tellurium-Derivatized Oligonucleotides for Structural and Functional Studies
  作者：Jia Sheng、Abdalla E. A. Hassan、Zhen Huang

  DOI：10.1002/chem.200900774

  日期：2009.10.5

  We report here the first synthesis of Te‐nucleoside phosphoramidites and Te‐modified oligonucleotides. We protected the 2′‐tellurium functionality by alkylation and found that the Te functionality is compatible with solid‐phase synthesis and that the Te oligonucleotides are stable during deprotection and purification. In addition, the redox properties of the Te functionalities have been explored. We

  我们在这里报告了Te-核苷亚磷酰胺和Te-修饰的寡核苷酸的首次合成。我们通过烷基化保护了2'-碲官能团，发现Te官能团与固相合成兼容，并且Te寡核苷酸在脱保护和纯化过程中是稳定的。另外，已经探索了Te官能团的氧化还原性质。我们发现碲化物和碲氧化物的DNA可通过氧化还原反应互换。在升高的温度下，当存在2'-TePh功能时，也可以通过氧化或还原的方式对Te-DNA进行位点特异性片段化，而在2'-TeMe的存在下可以观察到核碱基的消除。此外，已经研究了用Te官能团衍生的DNA双链体的稳定性。