1-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenyl-methoxy]methyl]-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-tetrahydrofuran-2-yl]pyrimidine-2,4-dione | 113051-53-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 1-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenyl-methoxy]methyl]-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-tetrahydrofuran-2-yl]pyrimidine-2,4-dione
• 英文别名: TBDMS(-3)[DMT(-5)]2-deoxy-D-eryPenf(b)-uracil-1-yl；1-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxyoxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 113051-53-9
• 化学式: C₃₆H₄₄N₂O₇Si
• 分子量: 644.84
• InChiKey: UBMSPODFAYFUQQ-RKKDRKJOSA-N

物化性质

• 熔点：
  89-90.5 °C
• 密度：
  1.21±0.1 g/cm3(Temp: 20 °C; Press: 760 Torr)(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.24
• 重原子数：
  46
• 可旋转键数：
  12
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.39
• 拓扑面积：
  95.6
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenyl-methoxy]methyl]-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-tetrahydrofuran-2-yl]pyrimidine-2,4-dione 在 吡啶 、 溶剂黄146 、 二甲基亚砜 、 N,N'-二环己基碳二亚胺 、 三氟乙酸 作用下， 以 二甲基亚砜 为溶剂， 生成 (2S,3S,5R)-3-[(tert-butyl-dimethylsilyl)oxy]-5-(2,4-dioxo-3H-pyrimidin-1-yl)oxolane-2-carbaldehyde
  参考文献：
  名称：

  Synthesis of 4′-cyanothymidine and analogs as potent inhibitors of HIV.

  摘要：

  4'-Cyanothymidine inhibits HIV in A301 (Alex) cells with an IC50 of 0.002-mu-M. The uridine and cytidine analogs show similar potencies.

  DOI：

  10.1016/s0040-4039(00)77667-2
• 作为产物：
  描述：

  2-脱氧尿苷 在 吡啶 、 咪唑 、 4-二甲氨基吡啶 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 12.0h， 生成 1-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenyl-methoxy]methyl]-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-tetrahydrofuran-2-yl]pyrimidine-2,4-dione
  参考文献：
  名称：

  Intermolecular 'cross-torque': the N4-cytosine propargyl residue is rotated to the 'CH'-edge as a result of Watson-Crick interaction

  摘要：

  炔丙基是极具吸引力的标记官能团，因为它们可以进行 CuAAC 介导的生物连接。它们的大小比甲基小得多，后者在天然核苷酸修饰中很常见。为了了解在什么情况下含丙炔的寡去氧核苷酸能保持碱基配对，我们重点研究了胞苷的外环胺。连接到外环 N4 的残基可能会偏离或朝向 Watson-Crick 面，从而导致碱基配对特性发生巨大变化。ROESY-NMR 实验表明，在脱氧胞苷和 5-甲基脱氧胞苷的衍生物中，N4-丙炔基残基统一朝向沃森-克里克面。然而，在寡脱氧核苷酸中，紫外线熔解表明 N4-丙炔基脱氧胞苷会发生标准碱基配对。这意味着由于沃森-克里克面上的碱基配对，丙炔分子向'CH'边旋转。在含有相应的 5-甲基脱氧胞苷衍生物的寡核苷酸中，熔化温度的急剧下降表明 Watson-Crick 碱基配对受到了影响。这归因于丙炔基与 5-甲基基团的立体冲突，它阻止了向'CH'边的反向旋转，从而阻碍了 Watson-Crick 几何结构。我们的研究结果表明，如果'CH'边上不存在立体阻碍，对立的核酸链倾向于机械旋转单个 N4-取代基，为沃森-克里克碱基配对让路。

  DOI：

  10.1093/nar/gkv285

文献信息

• SUBSTITUTED NUCLEOSIDES, NUCLEOTIDES AND ANALOGS THEREOF
  申请人：ALIOS BIOPHARMA, INC.

  公开号：US20150366888A1

  公开（公告）日：2015-12-24

  Disclosed herein are nucleosides, nucleotides and nucleotide analogs, methods of synthesizing the same and methods of treating diseases and/or conditions such as a Coronaviridae virus, a Togaviridae virus, a Hepeviridae virus and/or a Bunyaviridae virus infection with one or more nucleosides, nucleotides and nucleotide analogs.

  本文披露了核苷、核苷酸和核苷酸类似物，其合成方法以及利用一个或多个核苷、核苷酸和核苷酸类似物治疗冠状病毒科病毒、托加病毒科病毒、肝炎病毒科病毒和/或布尼亚病毒科病毒感染的方法。
• Synthesis and Characterization of DNA Duplexes Containing an N⁴C−Ethyl−N⁴C Interstrand Cross-Link
  作者：David M. Noll、Anne M. Noronha、Paul S. Miller

  DOI：10.1021/ja003340t

  日期：2001.4.1

  Short DNA duplexes containing an N(4)C-ethyl-N(4)C interstrand cross-link, C-C, were synthesized on controlled pore glass supports. Duplexes having two, three, or four A/T base pairs on either side of the C-C cross-link and terminating with a C(4) overhang at their 5'-ends were prepared. The cross-link was introduced using a convertible nucleoside approach. Thus, an oligonucleotide terminating at its

  包含 N(4)C-乙基-N(4)C 链间交联、CC 的短 DNA 双链体在受控孔玻璃支持物上合成。准备了在 CC 交联两侧具有两个、三个或四个 A/T 碱基对并在其 5' 末端以 C(4) 悬垂终止的双工。使用可转换核苷方法引入交联。因此，首先在载体上制备了在其 5'-末端带有 O(4)-triazoyl-2'-deoxyuridine 的寡核苷酸。与载体结合的低聚物的三唑基团被 5'-二甲氧基三苯甲基-3'-O-叔丁基二甲基甲硅烷基-N(4)-(2-氨基乙基)脱氧胞苷的氨基乙基基团取代以产生交联。二甲氧基三苯甲基被去除，双链体的上下链从两个5'端延伸 -使用受保护的核苷 3'-亚磷酰胺交联的羟基。然后除去所得部分双链体的叔丁基二甲基甲硅烷基，并使用受保护的核苷5'-亚磷酰胺从所得交联的3'-羟基沿3'-方向延伸链。交联的双链体通过 HPLC 纯化，并通过酶消化和 MALDI-TOF 质谱法表征。在
• Photo-cleavable nucleotides for primer free enzyme mediated DNA synthesis
  作者：Anu Stella Mathews、Haikang Yang、Carlo Montemagno

  DOI：10.1039/c6ob01371f

  日期：——

  The synthesis, characterization and potential application of eight 3′-O modified 2′-deoxyribonucleoside triphosphates (dNTPs) are discussed. These nucleotide analogues are modified by capping the 3′-OH with a photolabile protecting group which can temporarily cease DNA strand growth and can smoothly reinitiate the growth by the photodecomposition of the protecting group and setting the 3′-OH of dNTPs

  讨论了八种3' - O修饰的2'-脱氧核糖核苷三磷酸酯（dNTPs）的合成，表征和潜在应用。这些核苷酸类似物是通过用光不稳定的保护基团封端3'-OH来修饰的，该基团可以暂时停止DNA链的生长，并可以通过光分解保护基团使dNTP的3'-OH顺畅地重新开始生长，并使其自由繁殖。3' - O-（2-硝基苄基）-2'-脱氧核糖核苷三磷酸酯（NBNB -dNTPs）和3' - O-（4,5-二甲氧基-2-硝基苄基）-2'-脱氧核糖核苷三磷酸酯（DMNB- dNTPs进行了详细讨论，并使用NMR进行了结构确认。使用LCMS和1对紫外线裂解研究进行监测和定量1 H NMR谱图。使用不依赖引物的末端脱氧核苷酸转移酶（TdT）酶，将合成的核苷酸用于终止和重新启动无模板DNA合成。在一步到位的过程中使用这种对光不稳定的核苷酸即可启动DNA合成，这是一种新颖的策略，可精确组装dNTP，并具有增强现有技术的潜力。
• Synthesis, structure and imaging of oligodeoxyribonucleotides with tellurium-nucleobase derivatization
  作者：Jia Sheng、Abdalla E. A. Hassan、Wen Zhang、Jianfeng Zhou、Bingqian Xu、Alexei S. Soares、Zhen Huang

  DOI：10.1093/nar/gkq1288

  日期：2011.5

  We report here the first synthesis of 5-phenyl–telluride–thymidine derivatives and the Te-phosphoramidite. We also report here the synthesis, structure and STM current-imaging studies of DNA oligonucleotides containing the nucleobases (thymine) derivatized with 5-phenyl-telluride functionality (5-Te). Our results show that the 5-Te-DNA is stable, and that the Te-DNA duplex has the thermo-stability similar to the corresponding native duplex. The crystal structure indicates that the 5-Te-DNA duplex structure is virtually identical to the native one, and that the Te-modified T and native A interact similarly to the native T and A pair. Furthermore, while the corresponding native showed weak signals, the DNA duplex modified with electron-rich tellurium functionality showed strong topographic and current peaks by STM imaging, suggesting a potential strategy to directly image DNA without structural perturbation.

  我们在此报告了 5-苯基碲化物胸苷衍生物和 Te-亚磷酰胺的首次合成。我们还在此报告了含有 5-苯基碲化物官能团 (5-Te) 衍生的核碱基 (胸腺嘧啶) 的 DNA 寡核苷酸的合成、结构和 STM 电流成像研究。我们的结果表明 5-Te-DNA 是稳定的，并且 Te-DNA 双链体具有与相应的天然双链体相似的热稳定性。晶体结构表明 5-Te-DNA 双链体结构实际上与天然双链体结构相同，并且 Te 修饰的 T 和天然 A 相互作用与天然 T 和 A 对类似。此外，虽然相应的天然信号显示出微弱的信号，但用富电子碲功能修饰的 DNA 双链体通过 STM 成像显示出很强的形貌和电流峰，这表明了一种在没有结构扰动的情况下直接对 DNA 进行成像的潜在策略。
• Synthesis and Evaluation of Neutral Phosphate Triester Backbone-Modified siRNAs
  作者：Kouta Tsubaki、Matthew L. Hammill、Andrew J. Varley、Mitsuru Kitamura、Tatsuo Okauchi、Jean-Paul Desaulniers

  DOI：10.1021/acsmedchemlett.0c00232

  日期：2020.7.9

  triesters were phosphytilated to generate phosphoramidites for solid-phase oligonucleotide synthesis. Neutral phenylethyl phosphate-modified short-interfering RNAs (siRNAs) were synthesized and evaluated for their gene-silencing ability, siRNA strand selection, and resistance to nucleases. These backbone-modified phosphate triester siRNAs offer many improvements compared to natural unmodified siRNAs.

  通过三（2,2,2-三氟乙基）磷酸酯的酯交换反应合成了两个不对称的磷酸二核苷酸三酯。使受保护的三酯磷酸化以产生亚磷酰胺以用于固相寡核苷酸合成。合成了中性磷酸苯乙基酯修饰的短干扰RNA（siRNA），并对其基因沉默能力，siRNA链选择和对核酸酶的抗性进行了评估。与未经修饰的天然siRNA相比，这些主链修饰的磷酸三酯siRNA提供了许多改进。