assays, respectively. Although the tightest binding ligand 1d (Ka = 2.42 × 107 M−1) has similar affinities for sequence diverse polynucleotides, competition binding studies with methylated phage DNA and known major and minor groove binding small molecules suggest that the tether moiety linking the naphthalene chromophores may occupy the major groove of DNA.
为了探索
阿奇霉素B发色团作为开发主要-沟结合小分子的平台的实用性,我们制备了一系列含有二胺,三胺和
碳水化合物连接基的3-甲氧基-5-
甲基萘衍
生物。所有的双-和三-
阿奇霉素衍
生物都是嵌入剂,它们分别对小牛胸腺DNA表现出亚微摩尔结合亲和力,分别通过粘度测量和荧光嵌入剂置换(FID)分析得以揭示。尽管最紧密的结合
配体1d(K a = 2.42×10 7 M -1)对序列多样的多核苷酸具有相似的亲和力,与甲基化噬菌体DNA的竞争结合研究以及已知的主要和次要沟纹结合小分子表明,连接
萘发色团的系链部分可能占据了DNA的主要沟纹。