[4-15N]-3',5'-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxycytidine | 400796-48-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: [4-15N]-3',5'-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxycytidine
• 英文别名: [4-15NH2]-3',5'-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxycytidine；4-(15N)azanyl-1-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]oxolan-2-yl]pyrimidin-2-one
• CAS: 400796-48-7
• 化学式: C₂₁H₄₁N₃O₄Si₂
• 分子量: 456.739
• InChiKey: CKWHPVGBUBYJIT-XHJZLTMCSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.53
• 重原子数：
  30
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.81
• 拓扑面积：
  86.4
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  [4-15N]-3',5'-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxycytidine 在 1,3-二氯-5,5-二甲基海因 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 0.17h， 以93%的产率得到1-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]oxolan-2-yl]-4-(chloro(15N)amino)pyrimidin-2-one
  参考文献：
  名称：

  Introduction of 3′-Terminal Nucleosides Having a Silyl-Type Linker into Polymer Supports without Base Protection

  摘要：

  New 3'-terminal deoxyribonucleoside-loading reagents having a silyl-type linker were developed. They were effectively introduced into polymer supports under the conditions of Huisgen [3 + 2] cycloaddition without base protection. Moreover, four unmodified DNA oligomers d[TACCTAAATCCAX] (X = T, A, C, and A) and a base-labile modified DNA 12mer d[A*C*T*C*C*GT*C*T*A*C*G] 16 (A* = 6-N-acetyl-8-aza-7-deaza-2'-deoxyadenosine, C* = 4-N-acetyl-2'-deoxyctydine, T* = 2-thio-T) were successfully synthesized by cleavage of the silyl-type linker using Bu4NF under neutral conditions in our N-unprotected phosphoramidite method. In this paper, we also report a new reaction of chlorination of cytosine base using 1,3-dichloro-5,5-dimethylhydantoin.

  DOI：

  10.1021/jo9000965
• 作为产物：
  描述：

  1-[3,5-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-2-deoxy-β-D-ribofuranosyl]-4-(1H-tetrazol-1-yl)pyrimidin-2(1H)-one 在 氢氧化钾 、 ¹⁵N-ammonium chloride 、 三乙胺 作用下， 以 水 、 乙腈 为溶剂， 反应 24.0h， 生成 [4-15N]-3',5'-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxycytidine
  参考文献：
  名称：

  4-N-氨基甲酰脱氧胞苷衍生物的构象研究以及包含这些修饰碱基的寡聚脱氧核糖核苷酸的合成和杂交特性

  摘要：

  合成了在 4-氨基上用各种 N-取代的氨基甲酰基基团修饰的脱氧胞苷衍生物。详细的 1H NMR 研究表明，3',5'-O-二甲硅烷基化 N-氨基甲酰基脱氧胞苷衍生物 11 作为一种在 MeOD 中的 N3 原子和羰基氧原子之间具有分子内氢键的物种存在，但在加入 CDCl3 后，具有分子间氢键的同型二聚体物种的数量逐渐增加。还合成了掺入各种 4-N-氨基甲酰基脱氧胞苷衍生物的寡脱氧核糖核苷酸。这些修饰的寡脱氧核苷酸可以与互补链杂交，而不会干扰 DNA 双链体的结构，因此改变氨基甲酰基的方向，使得稳定的沃森-克里克碱基对可以与相反位点的鸟嘌呤碱基形成。应当指出的是，这些修饰的胞嘧啶碱基的碱基识别能力（G对T、C和A）可以令人满意地保留。这些结果表明，4-N-氨基甲酰基可用作各种功能残基和寡核苷酸之间接头的骨架结构。(© Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, 69451

  DOI：

  10.1002/ejoc.200501006

文献信息

• A New Method for the Synthesis of Oligodeoxyribonucleotides Containing 4-<i>N</i>-Alkoxycarbonyldeoxycytidine Derivatives and Their Hybridization Properties
  作者：Akio Kobori、Kenichi Miyata、Masatoshi Ushioda、Kohji Seio、Mitsuo Sekine

  DOI：10.1021/jo010813l

  日期：2002.1.1

  experiments apparently showed that incorporation of 4-N-alkoxycarbonyldeoxycytidines into DNA strands resulted in higher hybridization affinity with the complementary DNA strands than that of 4-N-acyldeoxycytidines. In addition, comparable T(m) studies using oligodeoxyribonucleotides incorporating acyl (RC(O)-) groups and alkoxyacyl (RO(CH(2))(n)C(O)-) groups having the same chain length show that the

  通过使用ZnBr（2）作为脱三苯甲基化剂，在具有新型苄氧基（二异丙基）甲硅烷基接头的聚苯乙烯型ArgoPore树脂上合成了掺入4-N-烷氧基羰基脱氧胞苷衍生物的寡脱氧核糖核苷酸。可以通过5'-O-DMTr-胸苷与二异丙基硅烷二基二三氟甲磺酸酯和含有羟基的ArgoPore树脂的连续原位反应，将第一个3'-末端胸苷与树脂连接。通过在中性条件下用TBAF处理，使用这种新的硅烷二基型接头可使DNA链从树脂中释放出来。T（m）实验显然表明，将4-N-烷氧基羰基脱氧胞苷掺入DNA链中比与4-N-酰基脱氧胞苷具有更高的与互补DNA链的杂交亲和力。此外，使用掺入酰基（RC（O）-）和链长相同的烷氧基（RO（CH（2））（n）C（O）-）的寡脱氧核糖核苷酸进行的可比T（m）研究表明，后者倾向于表现出T（m）值比前者高。结果表明4-N-烷氧基羰基脱氧胞苷不仅可以与脱氧鸟苷而且可以与脱氧腺苷形成碱基对。基于从头
• Introduction of 3′-Terminal Nucleosides Having a Silyl-Type Linker into Polymer Supports without Base Protection
  作者：Akihiro Ohkubo、Yasuhiro Noma、Katsufumi Aoki、Hirosuke Tsunoda、Kohji Seio、Mitsuo Sekine

  DOI：10.1021/jo9000965

  日期：2009.4.3

  New 3'-terminal deoxyribonucleoside-loading reagents having a silyl-type linker were developed. They were effectively introduced into polymer supports under the conditions of Huisgen [3 + 2] cycloaddition without base protection. Moreover, four unmodified DNA oligomers d[TACCTAAATCCAX] (X = T, A, C, and A) and a base-labile modified DNA 12mer d[A*C*T*C*C*GT*C*T*A*C*G] 16 (A* = 6-N-acetyl-8-aza-7-deaza-2'-deoxyadenosine, C* = 4-N-acetyl-2'-deoxyctydine, T* = 2-thio-T) were successfully synthesized by cleavage of the silyl-type linker using Bu4NF under neutral conditions in our N-unprotected phosphoramidite method. In this paper, we also report a new reaction of chlorination of cytosine base using 1,3-dichloro-5,5-dimethylhydantoin.
• Conformational Studies of 4-N-Carbamoyldeoxycytidine Derivatives and Synthesis and Hybridization Properties of Oligodeoxyribonucleotides Incorporating these Modified Bases
  作者：Kenichi Miyata、Akio Kobori、Ryuji Tamamushi、Akihiro Ohkubo、Haruhiko Taguchi、Kohji Seio、Mitsuo Sekine

  DOI：10.1002/ejoc.200501006

  日期：2006.8

  stable Watson–Crick base pair can be formed with the guanine base at the opposite site. It should be noted that the base recognition ability (G against T, C and A) of these modified cytosine bases can be preserved satisfactorily. These results suggest that the 4-N-carbamoyl group is useful as a backbone structure of the linker between various functional residues and oligonucleotides. (© Wiley-VCH Verlag

  合成了在 4-氨基上用各种 N-取代的氨基甲酰基基团修饰的脱氧胞苷衍生物。详细的 1H NMR 研究表明，3',5'-O-二甲硅烷基化 N-氨基甲酰基脱氧胞苷衍生物 11 作为一种在 MeOD 中的 N3 原子和羰基氧原子之间具有分子内氢键的物种存在，但在加入 CDCl3 后，具有分子间氢键的同型二聚体物种的数量逐渐增加。还合成了掺入各种 4-N-氨基甲酰基脱氧胞苷衍生物的寡脱氧核糖核苷酸。这些修饰的寡脱氧核苷酸可以与互补链杂交，而不会干扰 DNA 双链体的结构，因此改变氨基甲酰基的方向，使得稳定的沃森-克里克碱基对可以与相反位点的鸟嘌呤碱基形成。应当指出的是，这些修饰的胞嘧啶碱基的碱基识别能力（G对T、C和A）可以令人满意地保留。这些结果表明，4-N-氨基甲酰基可用作各种功能残基和寡核苷酸之间接头的骨架结构。(© Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, 69451