5'-O-(di-tert-butyl)phosphate-2'-deoxythymidine

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 5'-O-(di-tert-butyl)phosphate-2'-deoxythymidine
• 英文别名: 5′-O-(di-tert-butyl)phosphoryl-2′-deoxythymidine；1-[(2R,4S,5R)-5-[[bis[(2-methylpropan-2-yl)oxy]-oxidophosphaniumyl]oxymethyl]-4-hydroxyoxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• 化学式: C₁₈H₃₁N₂O₈P
• 分子量: 434.427
• InChiKey: KUMULQVDASSEPT-BFHYXJOUSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.2
• 重原子数：
  29
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.78
• 拓扑面积：
  130
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-(di-tert-butyl)phosphate-2'-deoxythymidine 、 2-氰乙基N,N-二异丙基氯亚磷酰胺 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 0.25h， 以86%的产率得到5'-O-(di-tert-butyl)phosphate-3'-O-(N,N-diisopropylamino-O-cyanoethyl) phosphoramidite-2-deoxythymidine
  参考文献：
  名称：

  焦磷酸键连接寡核苷酸的合成

  摘要：

  在本文中，我们重新审视了通过焦磷酸盐互连的寡核苷酸的合成方法，该方法依赖于磷酸二酰胺酐的反应性。我们发现这种由 Ahmadibeni 和 Parang (2007) 先前发表的方法在我们手中是不可复制的。我们通过我们独立开发的方法成功合成了三个焦磷酸互连的胸苷寡核苷酸，与他们文章中要求保护的结构相同。对新合成产品的光谱数据的评估使人们对 Ahmadibeni-Parang 方法的可行性产生了怀疑。因此，我们相信在这里报告了通过焦磷酸键互连的 DNA 寡聚体的首次成功合成。

  DOI：

  10.1002/ejoc.201500911
• 作为产物：
  描述：

  N,N-二异丙基亚磷酰胺二叔丁酯 在 吡啶 、 叔丁基过氧化氢 、 吡啶盐酸盐 作用下， 以 吡啶 、 正壬烷 为溶剂， 反应 16.5h， 生成 5'-O-(di-tert-butyl)phosphate-2'-deoxythymidine
  参考文献：
  名称：

  焦磷酸键连接寡核苷酸的合成

  摘要：

  在本文中，我们重新审视了通过焦磷酸盐互连的寡核苷酸的合成方法，该方法依赖于磷酸二酰胺酐的反应性。我们发现这种由 Ahmadibeni 和 Parang (2007) 先前发表的方法在我们手中是不可复制的。我们通过我们独立开发的方法成功合成了三个焦磷酸互连的胸苷寡核苷酸，与他们文章中要求保护的结构相同。对新合成产品的光谱数据的评估使人们对 Ahmadibeni-Parang 方法的可行性产生了怀疑。因此，我们相信在这里报告了通过焦磷酸键互连的 DNA 寡聚体的首次成功合成。

  DOI：

  10.1002/ejoc.201500911

文献信息

• Heterogeneous Pyrophosphate‐Linked DNA–Oligonucleotides: Aversion to DNA but Affinity for RNA
  作者：Brooke A. Anderson、Ramanarayanan Krishnamurthy

  DOI：10.1002/chem.201800538

  日期：2018.5.7

  Pyrophosphate linkages are important in extant biology and are hypothesized to have played a role in prebiotic chemistry and in the origination of oligonucleotides. Inspired by pyrophosphate as backbones of primordial oligomers, DNA oligomers with varying amounts of pyrophosphate inserts (ppDNA) were synthesized and investigated for their base‐pairing properties. As expected, pyrophosphate inserts

  焦磷酸盐键在现存的生物学中很重要，据推测在益生元化学和寡核苷酸的产生中起了作用。受焦磷酸盐作为原始寡聚体骨架的启发，合成了具有不同焦磷酸插入量（ppDNA）的DNA寡聚体，并对其碱基配对性质进行了研究。不出所料，焦磷酸插入主链会破坏ppDNA-DNA双链体的热稳定性。相反，ppDNA-RNA双链体表现出显着的双链体稳定性，即使有焦磷酸盐键的积累也是如此。与之相比，这似乎是由于具有八键重复单元的双螺旋的直径增加，以及碱基对轴相对于RNA（A形式）的主链的倾斜度更高的结果。以DNA（B形式）表示。