[(2S,3R,5S)-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-N-[hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]phosphonamidic acid

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: [(2S,3R,5S)-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-N-[hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]phosphonamidic acid
• 化学式: C₉H₁₆N₃O₁₃P₃
• 分子量: 467.16
• InChiKey: XZLLMTSKYYYJLH-CHKWXVPMSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -5.7
• 重原子数：
  28
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.56
• 拓扑面积：
  242
• 氢给体数：
  7
• 氢受体数：
  14

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  [(2S,3R,5S)-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-N-[hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]phosphonamidic acid 在 Mason-Pfizer monkey retrovirus dUTPase 、 重氧水 作用下， 以 重水 为溶剂， 反应 96.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  通过不同中间体的 X 射线晶体快照、31P-NMR 光谱和反应路径建模揭示了 dUTPase 中 α-磷酸盐攻击的催化机制

  摘要：

  磷酸核苷化合物的酶促合成和水解在信号转导、DNA 合成和代谢等各种生物途径中起着关键作用。尽管对这些过程进行了广泛的研究，但许多关于化学途径和原子运动的关键问题仍然对许多酶促反应开放。在这里，我们使用 Mason-Pfizer 猴逆转录病毒 dUTPase，研究了 dUTPase 催化的 dUTP（一种不正确的 DNA 构建块）的水解，以高分辨率详细阐述了机制细节。结合 dUTPase 催化反应的质谱分析和量子力学/分子力学 (QM/MM) 模拟，我们表明亲核攻击发生在 α-磷酸盐位点。Phosphorus-31 NMR 光谱 ( 31P-NMR) 分析证实了攻击位点，并显示了 dUTPase 切割 dUTP 类似物 α,β-imido-dUTP 的能力，其中包含通常被认为是不可水解的亚氨基键。我们展示了许多不同 dUTPase 和核苷磷酸复合物的 X 射线晶体结构，它们报告了化学反应沿反

  DOI：

  10.1093/nar/gkt756

文献信息

• Catalytic mechanism of α-phosphate attack in dUTPase is revealed by X-ray crystallographic snapshots of distinct intermediates, 31P-NMR spectroscopy and reaction path modelling
  作者：Orsolya Barabás、Veronika Németh、Andrea Bodor、András Perczel、Edina Rosta、Zoltán Kele、Imre Zagyva、Zoltán Szabadka、Vince I. Grolmusz、Matthias Wilmanns、Beáta G. Vértessy

  DOI：10.1093/nar/gkt756

  日期：2013.12

  non-hydrolyzable. We present numerous X-ray crystal structures of distinct dUTPase and nucleoside phosphate complexes, which report on the progress of the chemical reaction along the reaction coordinate. The presently used combination of diverse structural methods reveals details of the nucleophilic attack and identifies a novel enzyme–product complex structure.

  磷酸核苷化合物的酶促合成和水解在信号转导、DNA 合成和代谢等各种生物途径中起着关键作用。尽管对这些过程进行了广泛的研究，但许多关于化学途径和原子运动的关键问题仍然对许多酶促反应开放。在这里，我们使用 Mason-Pfizer 猴逆转录病毒 dUTPase，研究了 dUTPase 催化的 dUTP（一种不正确的 DNA 构建块）的水解，以高分辨率详细阐述了机制细节。结合 dUTPase 催化反应的质谱分析和量子力学/分子力学 (QM/MM) 模拟，我们表明亲核攻击发生在 α-磷酸盐位点。Phosphorus-31 NMR 光谱 ( 31P-NMR) 分析证实了攻击位点，并显示了 dUTPase 切割 dUTP 类似物 α,β-imido-dUTP 的能力，其中包含通常被认为是不可水解的亚氨基键。我们展示了许多不同 dUTPase 和核苷磷酸复合物的 X 射线晶体结构，它们报告了化学反应沿反