Molecular docking identifies the binding of 3-chloropyridine moieties specifically to the S1 pocket of SARS-CoV Mpro
作者:Chunying Niu、Jiang Yin、Jianmin Zhang、John C. Vederas、Michael N.G. James
DOI:10.1016/j.bmc.2007.09.034
日期:2008.1
in complex with these synthetic inhibitors, molecular docking tools have been employed to study possible interactions between these inhibitors and SARS-CoV M(pro). The docking results suggest two major modes for the initial binding of these inhibitors to the active site of SARS-CoV M(pro). They also establish a structural basis for the 'core design' of these inhibitors by showing that the 3-chloropyridine
严重急性呼吸系统综合症 (SARS) 冠状病毒 SARS-CoV M(pro) 的 3C 样主要蛋白酶被广泛认为是开发抗 SARS 治疗的主要药物靶点。基于先前筛选的先导化合物的化学结构,我们设计并合成了许多非肽基抑制剂,其中一些对 SARS-CoV M(pro) 的抑制活性显着提高,IC(50) 值约 60 nM。在没有与这些合成抑制剂复合的 SARS-CoV M(pro) 晶体结构的情况下,分子对接工具已被用于研究这些抑制剂与 SARS-CoV M(pro) 之间可能的相互作用。对接结果表明这些抑制剂与 SARS-CoV M(pro) 活性位点的初始结合有两种主要模式。他们还通过表明所有现有抑制剂共有的 3-氯吡啶功能倾向于聚集在 S1 特异性口袋中,从而为这些抑制剂的“核心设计”建立了结构基础。此外,S4 口袋内在的灵活性允许容纳苯环等庞大的基团,这表明可以进一步利用这种结构可塑性来