Computer Modelling and Synthesis of Deoxy and Monohydroxy Analogues of a Ribitylaminouracil Bacterial Metabolite that Potently Activates Human T Cells
作者:Geraldine J. M. Ler、Weijun Xu、Jeffrey Y. W. Mak、Ligong Liu、Paul V. Bernhardt、David P. Fairlie
DOI:10.1002/chem.201903732
日期:2019.12.5
5-(2-Oxopropylideneamino)-6-d-ribitylaminouracil (5-OP-RU) is a natural product formed during bacterial synthesis of vitamin B2. It potently activates mucosal associated invariant T (MAIT) cells and has immunomodulatory, inflammatory, and anticancer properties. This highly polar and unstable compound forms a remarkably stable Schiff base with a lysine residue in major histocompatibility complex class I-related
5-(2-氧代丙基亚氨基氨基)-6-d-核糖基氨基尿嘧啶(5-OP-RU)是在细菌合成维生素B2的过程中形成的天然产物。它有效激活粘膜相关的不变T(MAIT)细胞,并具有免疫调节,炎症和抗癌特性。这种高度极性和不稳定的化合物在抗原呈递细胞中表达的主要组织相容性复合物I类相关蛋白(MR1)中与赖氨酸残基形成非常稳定的席夫碱。受5-OP-RU的核糖基部分与MAIT细胞上的MR1和T细胞受体(TCR)结合的重要性启发,在计算机上去除了每个OH。DFT计算和MD模拟显示,C3'-OH与尿嘧啶N1H之间存在非常稳定的氢键,这极大地限制了每个核糖基-OH的柔韧性和位置,可能会影响它们与MR1和TCR的交互。通过使用脱氧策略和动力学控制的亚胺形成,合成了4-OP-RU的四个单脱氧核糖基和四个单羟基烷基类似物,作为探测T细胞活化机制的新工具。