(S)-(1-(pyrimidin-4-yl)pyrrolidin-2-yl)methanamine

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氮化合物
• 英文名称: (S)-(1-(pyrimidin-4-yl)pyrrolidin-2-yl)methanamine
• 英文别名: [(2S)-1-pyrimidin-4-ylpyrrolidin-2-yl]methanamine
• 化学式: C₉H₁₄N₄
• 分子量: 178.237
• InChiKey: PTBQLEXOAPCFRM-QMMMGPOBSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.3
• 重原子数：
  13
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.56
• 拓扑面积：
  55
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (S)-(1-(pyrimidin-4-yl)pyrrolidin-2-yl)methanamine 、 间硝基苯甲酸 在 N,N-二异丙基乙胺 、 N-[(dimethylamino)-3-oxo-1H-1,2,3-triazolo[4,5-b]pyridin-1-yl-methylene]-N-methylmethanaminium hexafluorophosphate 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 以40 %的产率得到(S)-3-nitro-N-((1-(pyrimidin-4-yl)pyrrolidin-2-yl)methyl)benzamide
  参考文献：
  名称：

  Identification of novel class inhibitors of NSD3 methyltransferase showing a unique, bivalent binding mode in the SET domain

  摘要：

  摘要NSD3/WHSC1L1赖氨酸甲基转移酶以SAM为辅助因子，通过组蛋白H3K36的二或三甲基化促进靶基因的转录。NSD3 的基因改变（如扩增和功能增益突变）是包括鳞状细胞肺癌和乳腺癌在内的多种癌症的致癌驱动因素。NSD3 是癌症的一个重要治疗靶点，但目前报道的以催化 SET 结构域为靶点的 NSD3 抑制剂非常罕见，而且活性很低。在此，我们通过虚拟文库筛选和随后的药物化学优化，发现了一类新型的 NSD3 抑制剂。我们的对接分析和下拉结果表明，最有效的类似物 13i 显示出独特的二价结合模式，同时与 SET 结构域内的 SAM 结合位点和 BT3 结合位点相互作用。我们发现 13i 在体外抑制 NSD3 活性的 IC50 = 287 μM，抑制高表达 NSD3 的 JIMT1 乳腺癌细胞增殖的 GI50 = 36.5 μM。此外，13i 还能以剂量依赖的方式下调 H3K36me2/3 的水平。我们的研究为设计高亲和力的 NSD3 抑制剂提供了启示。此外，由于预测13i的丙烯酰胺基团位于BT3结合位点的Cys1265附近，进一步的优化将导致新型不可逆NSD3抑制剂的发现。

  DOI：

  10.1111/cbdd.14249
• 作为产物：
  描述：

  在 盐酸 作用下， 以 1,4-二氧六环 为溶剂， 以57 %的产率得到(S)-(1-(pyrimidin-4-yl)pyrrolidin-2-yl)methanamine
  参考文献：
  名称：

  Identification of novel class inhibitors of NSD3 methyltransferase showing a unique, bivalent binding mode in the SET domain

  摘要：

  摘要NSD3/WHSC1L1赖氨酸甲基转移酶以SAM为辅助因子，通过组蛋白H3K36的二或三甲基化促进靶基因的转录。NSD3 的基因改变（如扩增和功能增益突变）是包括鳞状细胞肺癌和乳腺癌在内的多种癌症的致癌驱动因素。NSD3 是癌症的一个重要治疗靶点，但目前报道的以催化 SET 结构域为靶点的 NSD3 抑制剂非常罕见，而且活性很低。在此，我们通过虚拟文库筛选和随后的药物化学优化，发现了一类新型的 NSD3 抑制剂。我们的对接分析和下拉结果表明，最有效的类似物 13i 显示出独特的二价结合模式，同时与 SET 结构域内的 SAM 结合位点和 BT3 结合位点相互作用。我们发现 13i 在体外抑制 NSD3 活性的 IC50 = 287 μM，抑制高表达 NSD3 的 JIMT1 乳腺癌细胞增殖的 GI50 = 36.5 μM。此外，13i 还能以剂量依赖的方式下调 H3K36me2/3 的水平。我们的研究为设计高亲和力的 NSD3 抑制剂提供了启示。此外，由于预测13i的丙烯酰胺基团位于BT3结合位点的Cys1265附近，进一步的优化将导致新型不可逆NSD3抑制剂的发现。

  DOI：

  10.1111/cbdd.14249