4,4’-(pentane-1,5-diylbis(azanediyl))dibenzimidamide | 124076-63-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氮化合物
• 英文名称: 4,4’-(pentane-1,5-diylbis(azanediyl))dibenzimidamide
• 英文别名: 1,5-bis(benzamidine-4-amino)pentane；4,4'-(1,5-Pentanediyldiimino)bis-benzenecarboximidamide；4-[5-(4-carbamimidoylanilino)pentylamino]benzenecarboximidamide
• CAS: 124076-63-7
• 化学式: C₁₉H₂₆N₆
• 分子量: 338.456
• InChiKey: VSJMHEKEUIXCLJ-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.6
• 重原子数：
  25
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.26
• 拓扑面积：
  124
• 氢给体数：
  6
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  1,5-二氨基戊烷 在 盐酸 、 氨 、 三乙胺 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 乙醇 、 二甲基亚砜 为溶剂， 反应 132.0h， 生成 4,4’-(pentane-1,5-diylbis(azanediyl))dibenzimidamide
  参考文献：
  名称：

  使用小分子调节剂靶向潜伏膜蛋白1的跨膜结构域5

  摘要：

  蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）在活细胞中起关键作用，并代表了药物发现和生命科学界的有希望的目标。然而，鉴于已知的结构信息较少，并且与可溶性蛋白相比，已探索的配体发现方法也较少，因此横向跨膜PPI很难成为小分子抑制剂开发的目标。在这项研究中，戊tam衍生物破坏了爱泼斯坦-巴尔病毒（EBV）潜伏膜蛋白1（LMP-1）的跨膜结构域5（TMD-5）的相互作用，从而遏制了EBV感染的关键步骤。五甲idine衍生物2具有7个原子的二酰胺连接基的化合物具有最佳活性，而切换连接基中的酰胺区域化学影响膜的通透性并消除了抗TMD-5活性。进行分子动力学模拟以了解戊tam衍生物与TMD-5之间的相互作用，并使观察到的构效关系合理化。这项研究明确表明，在设计靶向TMDs PPI的小分子时，应将小分子与脂质的相互作用与与蛋白质靶标的相互作用一起考虑。总之，这项研究为针对跨膜PPI的小分子的合理设计提供了概念验证。

  DOI：

  10.1016/j.ejmech.2021.113210

文献信息

• Analogs of 1,5-bis(4-amidinophenoxy)pentane (pentamidine) in the treatment of experimental Pneumocystis carinii pneumonia
  作者：Richard R. Tidwell、Susan Kilgore Jones、J. Dieter Geratz、Kwasi A. Ohemeng、Michael Cory、James Edwin Hall

  DOI：10.1021/jm00166a026

  日期：1990.4

  A series of 33 analogues of the anti-Pneumocystis carinii drug 1,5-bis(4-amidinophenoxy)pentane (pentamidine) was synthesized for screening against a rat model of P. carinii pneumonia (PCP). Twenty-five of the compounds showed efficacy against PCP when compared to a saline-treated control group. Two compounds, 1,4-bis(4-amidinophenoxy)butane (butamidine, 6) and 1,3-bis(4-amidino-2-methoxyphenoxy)propane (DAMP, 16), were statistically more effective than the parent drug in treating PCP in the rat model of infection. In addition to their activity against PCP, the compounds were also evaluated for antitrypsin activity, ability to inhibit thymidylate synthetase, affinity for DNA, and toxicity. No correlation was observed between the tested molecular interactions of the diamidines and their effectiveness against PCP.
• Targeting the transmembrane domain 5 of latent membrane protein 1 using small molecule modulators
  作者：Bo Zhang、Yibo Wang、Cong Lin、Hongyuan Li、Xiaojie Wang、Yinghua Peng、Konstantin S. Mineev、Andrew J. Wilson、Hongshuang Wang、Xiaohui Wang

  DOI：10.1016/j.ejmech.2021.113210

  日期：2021.3

  structure-activity relationships. This study explicitly demonstrated that the interaction of small molecule with lipid should be considered alongside interaction with the protein target when designing small molecules targeting the PPIs of TMDs. In all, this study provides proof of concept for the rational design of small molecules targeting transmembrane PPIs.

  蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）在活细胞中起关键作用，并代表了药物发现和生命科学界的有希望的目标。然而，鉴于已知的结构信息较少，并且与可溶性蛋白相比，已探索的配体发现方法也较少，因此横向跨膜PPI很难成为小分子抑制剂开发的目标。在这项研究中，戊tam衍生物破坏了爱泼斯坦-巴尔病毒（EBV）潜伏膜蛋白1（LMP-1）的跨膜结构域5（TMD-5）的相互作用，从而遏制了EBV感染的关键步骤。五甲idine衍生物2具有7个原子的二酰胺连接基的化合物具有最佳活性，而切换连接基中的酰胺区域化学影响膜的通透性并消除了抗TMD-5活性。进行分子动力学模拟以了解戊tam衍生物与TMD-5之间的相互作用，并使观察到的构效关系合理化。这项研究明确表明，在设计靶向TMDs PPI的小分子时，应将小分子与脂质的相互作用与与蛋白质靶标的相互作用一起考虑。总之，这项研究为针对跨膜PPI的小分子的合理设计提供了概念验证。