1-[(2R,3R,4R,5R)-4-Allyl-5-[bis-(4-methoxy-phenyl)-phenyl-methoxymethyl]-3-(tert-butyl-dimethyl-silanyloxy)-4-hydroxy-tetrahydro-furan-2-yl]-5-methyl-1H-pyrimidine-2,4-dione | 200119-06-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 1-[(2R,3R,4R,5R)-4-Allyl-5-[bis-(4-methoxy-phenyl)-phenyl-methoxymethyl]-3-(tert-butyl-dimethyl-silanyloxy)-4-hydroxy-tetrahydro-furan-2-yl]-5-methyl-1H-pyrimidine-2,4-dione
• 英文别名: 1-[(2R,3R,4R,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-3-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-4-hydroxy-4-prop-2-enyloxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 200119-06-8
• 化学式: C₄₀H₅₀N₂O₈Si
• 分子量: 714.931
• InChiKey: SOWCEFMQXSKOFM-NDZWSBILSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.47
• 重原子数：
  51
• 可旋转键数：
  14
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.4
• 拓扑面积：
  116
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-cyanoethyl N,N'-diisopropylphosphoramidochloridite 、 1-[(2R,3R,4R,5R)-4-Allyl-5-[bis-(4-methoxy-phenyl)-phenyl-methoxymethyl]-3-(tert-butyl-dimethyl-silanyloxy)-4-hydroxy-tetrahydro-furan-2-yl]-5-methyl-1H-pyrimidine-2,4-dione 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 24.0h， 以78%的产率得到1-{3-C-allyl-2-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3-O-[2-cyanoethoxy(diisopropylamino)phosphino]-5-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-β-D-ribofuranosyl}thymine
  参考文献：
  名称：

  Synthesis and hybridization properties of β- and α-oligodeoxynucleotides containing β- and α-1-(3-C-allyl-2-deoxy-D-erythro-pentofuranosyl)thymine and α-1-[3-C-(3-aminopropyl)-2-deoxy-D-erythro-pentofuranosyl]thymine

  摘要：

  本研究描述了δ-和δ-1-(3-C-烯丙基-2-脱氧-D-赤式戊呋喃糖基)胸腺嘧啶的聚合合成及其与δ-和δ-寡脱氧核苷酸（ODNs）的结合。对修饰的 ODN 与互补的单链 DNA 和 RNA 之间形成的双链体的热稳定性进行了评估。在所有情况下都能形成稳定的双链，但与相应的δ-ODN 参考双链相比，含有δ-3â²-C-烯丙基胸苷的δ-ODN 对 DNA 和 RNA 的热稳定性略有降低，而含有δ-3â²-C-烯丙基胸苷的δ-ODN 的热稳定性则显著提高。使用含有一个δ-1-[3-C-（3-氨基丙基）-2-脱氧-D-赤式戊呋喃糖基]胸腺嘧啶单体的δ-ODN，还能获得对 DNA 和 RNA 都更稳定的双链体。

  DOI：

  10.1039/a703173d
• 作为产物：
  描述：

  1-(3-C-allyl-3,5-di-O-benzyl-β-D-ribo-pentofuranosyl)thymine 在 吡啶 、 咪唑 、 三氯化硼 作用下， 以 正己烷 、 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 93.5h， 生成 1-[(2R,3R,4R,5R)-4-Allyl-5-[bis-(4-methoxy-phenyl)-phenyl-methoxymethyl]-3-(tert-butyl-dimethyl-silanyloxy)-4-hydroxy-tetrahydro-furan-2-yl]-5-methyl-1H-pyrimidine-2,4-dione
  参考文献：
  名称：

  Synthesis and hybridization properties of β- and α-oligodeoxynucleotides containing β- and α-1-(3-C-allyl-2-deoxy-D-erythro-pentofuranosyl)thymine and α-1-[3-C-(3-aminopropyl)-2-deoxy-D-erythro-pentofuranosyl]thymine

  摘要：

  本研究描述了δ-和δ-1-(3-C-烯丙基-2-脱氧-D-赤式戊呋喃糖基)胸腺嘧啶的聚合合成及其与δ-和δ-寡脱氧核苷酸（ODNs）的结合。对修饰的 ODN 与互补的单链 DNA 和 RNA 之间形成的双链体的热稳定性进行了评估。在所有情况下都能形成稳定的双链，但与相应的δ-ODN 参考双链相比，含有δ-3â²-C-烯丙基胸苷的δ-ODN 对 DNA 和 RNA 的热稳定性略有降低，而含有δ-3â²-C-烯丙基胸苷的δ-ODN 的热稳定性则显著提高。使用含有一个δ-1-[3-C-（3-氨基丙基）-2-脱氧-D-赤式戊呋喃糖基]胸腺嘧啶单体的δ-ODN，还能获得对 DNA 和 RNA 都更稳定的双链体。

  DOI：

  10.1039/a703173d

文献信息

• Synthesis and hybridization properties of β- and α-oligodeoxynucleotides containing β- and α-1-(3-C-allyl-2-deoxy-D-erythro-pentofuranosyl)thymine and α-1-[3-C-(3-aminopropyl)-2-deoxy-D-erythro-pentofuranosyl]thymine
  作者：Pia N. Jørgensen、Ulrik S. Sørensen、Henrik M. Pfundheller、Carl E. Olsen、Jesper Wengel

  DOI：10.1039/a703173d

  日期：——

  Convergent synthesis of β- and α-1-(3-C-allyl-2-deoxy-D-erythro-pentofuranosyl)thymine and their incorporation into β- and α-oligodeoxynucleotides (ODNs) is described. The thermal stabilities of duplexes formed between modified ODNs and complementary single-stranded DNA and RNA have been evaluated. In all cases stable duplexes are formed, but whereas β-ODNs containing β-3′-C-allylthymidine show moderately lowered thermal stability towards both DNA and RNA, α-ODNs containing α-3′-C-allylthymidine show significantly increased thermal stabilities compared with the corresponding β-ODN reference duplexes. Even more stable duplexes towards both DNA and RNA have been obtained using an α-ODN containing one α-1-[3-C-(3-aminopropyl)-2-deoxy-D-erythro-pentofuranosyl]thymine monomer.

  本研究描述了δ-和δ-1-(3-C-烯丙基-2-脱氧-D-赤式戊呋喃糖基)胸腺嘧啶的聚合合成及其与δ-和δ-寡脱氧核苷酸（ODNs）的结合。对修饰的 ODN 与互补的单链 DNA 和 RNA 之间形成的双链体的热稳定性进行了评估。在所有情况下都能形成稳定的双链，但与相应的δ-ODN 参考双链相比，含有δ-3â²-C-烯丙基胸苷的δ-ODN 对 DNA 和 RNA 的热稳定性略有降低，而含有δ-3â²-C-烯丙基胸苷的δ-ODN 的热稳定性则显著提高。使用含有一个δ-1-[3-C-（3-氨基丙基）-2-脱氧-D-赤式戊呋喃糖基]胸腺嘧啶单体的δ-ODN，还能获得对 DNA 和 RNA 都更稳定的双链体。