9-[2'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-C-ethynyl-β-D-arabinofuranosyl]-N⁶-(phenoxyacetyl)adenine | 205500-36-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 9-[2'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-C-ethynyl-β-D-arabinofuranosyl]-N⁶-(phenoxyacetyl)adenine
• 英文别名: N-[9-[(2R,3S,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-3-ethynyl-4-hydroxyoxolan-2-yl]purin-6-yl]-2-phenoxyacetamide
• CAS: 205500-36-3
• 化学式: C₄₁H₃₇N₅O₇
• 分子量: 711.774
• InChiKey: RTSZMLXGHWAWOW-JZNRVBBJSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.38
• 重原子数：
  53.0
• 可旋转键数：
  13.0
• 环数：
  7.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.22
• 拓扑面积：
  139.08
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  11.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-氰乙基N,N-二异丙基氯亚磷酰胺 、 9-[2'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-C-ethynyl-β-D-arabinofuranosyl]-N⁶-(phenoxyacetyl)adenine 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 1.0h， 以80%的产率得到9-[2'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-C-ethynyl-β-D-arabinofuranosyl]-N⁶-(phenoxyacetyl)adenine 3'-(2-cyanoethyl diisopropylphosphoramidite)
  参考文献：
  名称：

  2'-乙炔基-DNA：合成和配对特性

  摘要：

  2-Ethynyl-DNA 被开发为潜在的 DNA 选择性寡核苷酸类似物。2'-阿拉伯-乙炔基修饰核苷的合成是从适当保护的 2'-酮核苷开始，通过添加锂（三甲基甲硅烷基）乙炔化物，然后还原叔醇来实现的。经过一系列保护基团操作，获得了适用于固相合成的亚磷酰胺结构单元。当使用快速脱保护方案时，从这些构件合成寡核苷酸是成功的。2'-阿拉伯-乙炔基修饰的寡核苷酸的配对特性可总结如下：1）嘧啶核苷的2'-阿拉伯-乙炔基修饰导致双链体与DNA以及RNA的强烈不稳定。可能的原因是乙炔基在空间上影响糖苷键周围的扭转偏好，导致不适合形成双链体的构象。2) 如果在嘌呤核苷中引入修饰，则观察不到这种影响。配对特性没有或仅轻微改变，并且在某些情况下（脱氧腺苷均聚物），观察到与 DNA 互补链的配对稳定化和与 RNA 互补链的去稳定化。3）在交替的脱氧胞苷-脱氧鸟苷序列的寡核苷酸中，2'-阿拉伯-乙炔基脱氧鸟苷的掺

  DOI：

  10.1002/1522-2675(200201)85:1<224::aid-hlca224>3.0.co;2-l
• 作为产物：
  描述：

  Oxalic acid (2R,3S,3aR,9aR)-2-(6-benzoylamino-purin-9-yl)-5,5,7,7-tetraisopropyl-3-trimethylsilanylethynyl-tetrahydro-1,4,6,8-tetraoxa-5,7-disila-cyclopentacycloocten-3-yl ester methyl ester 在 偶氮二异丁腈 、 四丁基氟化铵 、 三正丁基氢锡 、 triethyloxonium fluoroborate 作用下， 以 四氢呋喃 、 吡啶 、 二氯甲烷 、 溶剂黄146 、 甲苯 为溶剂， 反应 31.0h， 生成 9-[2'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-C-ethynyl-β-D-arabinofuranosyl]-N⁶-(phenoxyacetyl)adenine
  参考文献：
  名称：

  2'-乙炔基-DNA：合成和配对特性

  摘要：

  2-Ethynyl-DNA 被开发为潜在的 DNA 选择性寡核苷酸类似物。2'-阿拉伯-乙炔基修饰核苷的合成是从适当保护的 2'-酮核苷开始，通过添加锂（三甲基甲硅烷基）乙炔化物，然后还原叔醇来实现的。经过一系列保护基团操作，获得了适用于固相合成的亚磷酰胺结构单元。当使用快速脱保护方案时，从这些构件合成寡核苷酸是成功的。2'-阿拉伯-乙炔基修饰的寡核苷酸的配对特性可总结如下：1）嘧啶核苷的2'-阿拉伯-乙炔基修饰导致双链体与DNA以及RNA的强烈不稳定。可能的原因是乙炔基在空间上影响糖苷键周围的扭转偏好，导致不适合形成双链体的构象。2) 如果在嘌呤核苷中引入修饰，则观察不到这种影响。配对特性没有或仅轻微改变，并且在某些情况下（脱氧腺苷均聚物），观察到与 DNA 互补链的配对稳定化和与 RNA 互补链的去稳定化。3）在交替的脱氧胞苷-脱氧鸟苷序列的寡核苷酸中，2'-阿拉伯-乙炔基脱氧鸟苷的掺

  DOI：

  10.1002/1522-2675(200201)85:1<224::aid-hlca224>3.0.co;2-l

文献信息

• 2′-Deoxy-2′(S)-ethinyl oligonucleotides: A modification which selectively stabilizes oligoadenylate pairing to DNA complements
  作者：Rolf Buff、Jürg Hunziker

  DOI：10.1016/s0960-894x(98)00060-2

  日期：1998.3

  Oligonucleotides consisting of 2'-deoxy-2'(S)-ethinyl-thymidine, -uridine, and -adenosine have been prepared. Whereas the modified pyrimidine oligonucleotides uniformly lead to weaker pairing affinity with DNA and RNA complements, the corresponding adenine oligonucleotides show enhanced thermal stability in duplexes with complementary DNA and decreased stability with RNA. (C) 1998 Elsevier Science Ltd. All rights reserved.
• 2′-Deoxy-2′(<i>S</i>)-ethynyl Oligonucleotides: Synthesis and Pairing Properties
  作者：Rolf Buff、Jürg Hunziker

  DOI：10.1080/07328319908044725

  日期：1999.6