O-dimethoxytrityl-1,6-hexanediol | 142685-32-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: O-dimethoxytrityl-1,6-hexanediol
• 英文别名: 6-(4,4′-dimethoxytriphenylmethyloxy)hexan-1-ol；O-(4,4'-dimethoxytrityl)-1,6-hexanediol；mono-DMT-1,6-hexanediol；6-[Bis-(4-methoxy-phenyl)-phenyl-methoxy]-hexan-1-ol；6-[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]hexan-1-ol
• CAS: 142685-32-3
• 化学式: C₂₇H₃₂O₄
• 分子量: 420.549
• InChiKey: JOOJDEBZNKYPSX-UHFFFAOYSA-N

物化性质

• 沸点：
  548.3±50.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.096±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.4
• 重原子数：
  31
• 可旋转键数：
  12
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.33
• 拓扑面积：
  47.9
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  O-dimethoxytrityl-1,6-hexanediol 在 吡啶 、 咪唑 、 4-二甲氨基吡啶 、 sodium hypochlorite 、 2,2,6,6-四甲基哌啶氧化物 、 potassium tert-butylate 、 碳酸氢钠 、 potassium bromide 作用下， 以 二氯甲烷 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 2.5h， 生成 [4-Acetyloxy-10-[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]-1-hydroxydecan-5-yl] acetate
  参考文献：
  名称：

  COMPOSITIONS AND METHODS FOR CHEMICAL CLEAVAGE AND DEPROTECTION OF SURFACE-BOUND OLIGONUCLEOTIDES

  摘要：

  本公开的实施例涉及用于多核苷酸测序模板制备的方法。具体而言，本公开涉及通过过渡金属络合物（例如钯络合物或镍络合物）裂解固定在固体支持物上的双链多核苷酸的一条或多条第一链，以便为测序做准备。进一步公开涉及通过Na2S2O4裂解固定在含有偶氮苯联结剂的固体支持物上的双链多核苷酸的一条或多条第二链来线性化团簇化的多核苷酸。还公开了含有3'磷酸酯基团阻断基团的核苷酸和寡核苷酸，以及使用氟化试剂去除这些基团的方法。

  公开号：

  US20190352327A1
• 作为产物：
  描述：

  1,6-己二醇 、 4,4'-双甲氧基三苯甲基氯 以 四氢呋喃 、 吡啶 为溶剂， 反应 6.0h， 以58%的产率得到O-dimethoxytrityl-1,6-hexanediol
  参考文献：
  名称：

  链熵击败氢键，将二醇磷酸盐展开并穿入 Cyanostar 大环内，形成 [3] 拟轮烷

  摘要：

  取代磷酸盐的识别支撑着许多过程，包括 DNA 结合、对映选择性催化和最近的模板引导的轮烷合成。然而，除了 ATP 和一些商业底物之外，人们对取代基如何影响有机磷酸酯识别知之甚少。在这里，我们研究了醇取代基及其对氰星大环化合物识别的影响。有机磷酸酯被不同链长的醇、二丙醇、二己醇和磷酸二癸醇二取代，每种都使用模块化固相合成获得。基于已知的氰星π堆积二聚体对磷酸盐的尺寸选择性结合，预计会出现线状[3]拟轮烷。虽然有丁基取代基，但拟轮烷的形成受到末端羟基和阴离子磷酸盐单元之间竞争性 OH·O –氢键的破坏。晶体学还表明形成了反向折叠的丙醇构象，从而形成了八元环和栖息的氰星组装体。受伴随环形成而建立的熵罚的启发，我们通过将取代基的大小扩展到己醇和癸醇来恢复[3]拟轮烷。链熵克服了热函有利的 OH·O –接触，有利于氰星内部二己醇和二癸醇磷酸盐无缝、高保真螺纹所需的随机螺旋构象。这些研究强调了磷酸盐取

  DOI：

  10.1021/acs.joc.0c02887

文献信息

• SYSTEM FOR DELIVERING THERAPEUTIC AGENTS INTO LIVING CELLS AND CELLS NUCLEI
  申请人：DELIVERSIR LTD.

  公开号：US20160039850A1

  公开（公告）日：2016-02-11

  The present invention relates to a novel delivery system for delivering therapeutic agents into living cells, and more particularly, to novel chemical moieties that are designed capable of targeting and/or penetrating cells or other targets of interest and further capable of binding therapeutic agents to be delivered to these cells, and to delivery systems containing same.

  本发明涉及一种新型递送系统，用于将治疗剂递送到活细胞中，更具体地说，涉及设计用于靶向和/或穿透细胞或其他感兴趣目标的新型化学基团，进一步能够将治疗剂结合到这些细胞中以进行递送，并涉及含有相同化学基团的递送系统。
• Method for pairwise sequencing of target polynucleotides
  申请人：Illumina Cambridge Limited

  公开号：US09267173B2

  公开（公告）日：2016-02-23

  The invention relates to methods for pairwise sequencing of a double-stranded polynucleotide template, which methods result in the sequential determination of nucleotide sequences in two distinct and separate regions of the polynucleotide template. Using the methods of the invention it is possible to obtain two linked or paired reads of sequence information from each double-stranded template on a clustered array, rather than just a single sequencing read from one strand of the template.

  该发明涉及一种双链多核苷酸模板的成对测序方法，该方法导致在多核苷酸模板的两个不同和独立区域中顺序确定核苷酸序列。利用该发明的方法，可以从聚集阵列上的每个双链模板获得两个连接或成对的序列信息读取，而不仅仅是从模板的一条链上获得单个测序读取。
• Development of a 3′-amino linker with high conjugation activity and its application to conveniently cross-link blunt ends of a duplex
  作者：Keiko Kowata、Naoshi Kojima、Yasuo Komatsu

  DOI：10.1016/j.bmc.2016.03.039

  日期：2016.5

  The 2-aminoethyl carbamate linker (ssH linker) exhibits high activity in modifying the 5'-termini of oligonucleotides; however, the ssH linker is not appropriate for 3'-terminal modification because it undergoes intramolecular trans-acylation under heat-aqueous ammonia conditions. We developed an N-(2-aminoethyl)carbamate linker (revH linker), in which the carbamate is oriented in the reverse direction

  氨基甲酸2-氨基乙基酯接头（ssH接头）在修饰寡核苷酸的5'-末端上表现出高活性；但是，ssH接头不适合3'-末端修饰，因为它在氨水条件下会发生分子内反式酰化反应。我们开发了一种N-（2-氨基乙基）氨基甲酸酯连接基（revH连接基），其中氨基甲酸酯的排列方向相对于氨基甲酸2-氨基乙基酯相反。revH接头对热碱条件具有耐受性，并在与外源分子结合时保持其高反应性。在具有双功能分子的互补双链末端，将3'-revH接头与5'-ssH接头有效连接，从而产生合成的环状结构。通过三链2'-O-甲基RNA的化学连接制备了抗microRNA寡核苷酸（AMO），具有两个烷基环的AMO对miRNA功能表现出高抑制活性。revH接头不仅可用于寡核苷酸的3'末端修饰，而且可与5'-ssH接头结合使用，扩大了应用范围。
• Preparation of Templates for Nucleic Acid Sequencing
  申请人：Illumina Cambridge Limited

  公开号：US20150343410A1

  公开（公告）日：2015-12-03

  The invention relates to methods of generating templates for a nucleic acid sequencing reaction which comprise: providing at least one double-stranded nucleic acid molecule, wherein both strands of the double-stranded nucleic acid molecule are attached to a solid support at the 5′ end, cleaving one or both strands of the double-stranded nucleic acid molecule, and subjecting the cleaved strand(s) to denaturing conditions to remove the portion of the cleaved strand(s) not attached to the solid support, thereby generating a partially or substantially single-stranded template for a nucleic acid sequencing reaction.

  这项发明涉及用于生成核酸测序反应模板的方法，包括：提供至少一种双链核酸分子，其中双链核酸分子的两条链均连接在固体支持物上的5'端，裂解双链核酸分子的一条或两条链，并将裂解的链置于变性条件下，以去除未连接到固体支持物的裂解链部分，从而生成用于核酸测序反应的部分或基本上单链模板。
• Solid support for synthesis of 3'-tailed oligonucleotides
  申请人：MicroProbe Corporation

  公开号：US05419966A1

  公开（公告）日：1995-05-30

  A solid support for oligonucleotide synthesis has the structure ##STR1## where CPG represents a controlled pore glass matrix, the wavy line represents a carbon chain covalently linking the NH group with the controlled pore glass matrix, X is 2,2'-dimethoxytrityl or H, and R is alkyl, aryl, arylalkyl, heteroalkyl, or heteroaryl. The dimethoxytrityl group is removed from the solid support by treatment with acid, and the oligonucleotide is built, step-by-step in a conventional synthesizer after attachment of the 3' end of the first oligonucleotide unit to the hydroxyl function connected to the R group.

  寡核苷酸合成的固体支持物具有以下结构：##STR1## 其中CPG代表受控孔玻璃基质，波浪线代表将NH基与受控孔玻璃基质共价连接的碳链，X为2,2'-二甲氧基三苯甲基或H，R为烷基，芳基，芳基烷基，杂原子烷基或杂原子芳基。通过酸处理从固体支持物中去除二甲氧基三苯甲基基团，并在将第一个寡核苷酸单元的3'端连接到连接到R基团的羟基功能后，在传统合成器中逐步构建寡核苷酸。