基于片段的药物发现(F
BDD)已成为小分子药物发现工作中广泛使用的工具。检测片段弱结合的最常用
生物物理方法之一是核磁共振(NMR)光谱。特别地,已经显示了使用基于19 F NMR的方法进行的F
BDD与使用传统磁化转移和/或二维方法的1 H NMR相比具有多个优点。在这里,我们通过详细介绍通过19识别第二个位点的片段,展示了基于19 F的片段筛选的效用和功能与
天冬氨酸蛋白酶β-分泌酶(
BACE-1)的特定口袋结合的F NMR筛选。此第二个位点片段的鉴定允许采用片段连接方法,该方法最终产生了一种分子,其分子效力提高了360倍以上,同时保持了合理的
配体效率,并获得了优于
组织蛋白酶D(CatD)的选择性。分子的X射线晶体学研究表明,连接的片段表现出与从靶向筛选方法,空间核磁共振数据和分子模型预测的结合模式一致的结合模式。