β-5',3'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-2'-deoxy-5-azacytidine | 117399-71-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 三嗪类
• 英文名称: β-5',3'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-2'-deoxy-5-azacytidine
• 英文别名: 1-[(6aR,8R,9aS)-2,2,4,4-tetra(propan-2-yl)-6a,8,9,9a-tetrahydro-6H-furo[3,2-f][1,3,5,2,4]trioxadisilocin-8-yl]-4-amino-1,3,5-triazin-2-one
• CAS: 117399-71-0
• 化学式: C₂₀H₃₈N₄O₅Si₂
• 分子量: 470.717
• InChiKey: NLVUBVAXWDGZTH-RCCFBDPRSA-N

物化性质

• 沸点：
  475.5±55.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.23±0.1 g/cm3(Predicted)
• 溶解度：
  可溶于DMSO、DMF、甲醇

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.46
• 重原子数：
  31
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.85
• 拓扑面积：
  108
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  β-5',3'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-2'-deoxy-5-azacytidine 在 sodium tetrahydroborate 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 1.0h， 以78%的产率得到3-[(6aR,8R,9aS)-2,2,4,4-tetra(propan-2-yl)-6a,8,9,9a-tetrahydro-6H-furo[3,2-f][1,3,5,2,4]trioxadisilocin-8-yl]-6-amino-1,4-dihydro-1,3,5-triazin-2-one
  参考文献：
  名称：

  Synthesis of a phosphoramidite of 2′-deoxy-5,6-dihydro-5-azacytidine. Its potential application in the synthesis of DNA containing dihydro-5-aza-and 5-azacytosine bases.

  摘要：

  DOI：

  10.1016/s0040-4039(00)82037-7
• 作为产物：
  描述：

  1-[(6aR,8R,9R,9aR)-9-phenoxycarbothioyloxy-2,2,4,4-tetra(propan-2-yl)-6a,8,9,9a-tetrahydro-6H-furo[3,2-f][1,3,5,2,4]trioxadisilocin-8-yl]-4-amino-1,3,5-triazin-2-one 在 偶氮二异丁腈 、 三正丁基氢锡 作用下， 以 甲苯 为溶剂， 以98 %的产率得到β-5',3'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-2'-deoxy-5-azacytidine
  参考文献：
  名称：

  通过金 (I) 催化糖基 (Z)-Ynenoates 的 N-糖基化合成核苷和脱氧核苷

  摘要：

  核苷类似物广泛用作抗癌和抗病毒药物。在这里，我们开发了一种高效的金（I）催化的N-糖基化方法，用于以糖基（Z）-炔酸作为供体合成各种类型的核苷和脱氧核苷。31 个嘧啶核苷和 8 个嘌呤核苷的合成证明了N-糖基化方法的广泛范围。值得注意的是，金（I）催化的吡喃糖基（Z ）-炔酸酯与嘌呤的N-糖基化被发现对于吡喃糖基N9嘌呤核苷的区域选择性合成非常有效。基于催化N-糖基化方法，方便合成两种5'-脱氧核苷药物（卡培他滨和加西他滨）、四种2'-脱氧核苷药物（氟尿苷、三氟尿苷、地西他滨和克拉屈滨）、四种3',5'-双脱氧核苷类似物，并集体获得了4个2',5'-双脱氧核苷类似物。

  DOI：

  10.1021/acs.orglett.2c03964

文献信息

• 2′-Deoxyriboguanylurea, the primary breakdown product of 5-aza-2′-deoxyribocytidine, is a mutagen, an epimutagen, an inhibitor of DNA methyltransferases and an inducer of 5-azacytidine-type fragile sites
  作者：Katarzyna Lamparska、Jarrod Clark、Gail Babilonia、Victoria Bedell、Wesley Yip、Steven S. Smith

  DOI：10.1093/nar/gks706

  日期：2012.10

  5-Aza-2′-deoxycytidine (5azaC-dR) has been employed as an inhibitor of DNA methylation, a chemotherapeutic agent, a clastogen, a mutagen, an inducer of fragile sites and a carcinogen. However, its effects are difficult to quantify because it rapidly breaks down in aqueous solution to the stable compound 2′-deoxyriboguanylurea (GuaUre-dR). Here, we used a phosphoramidite that permits the introduction of GuaUre-dR at defined positions in synthetic oligodeoxynucleotides to demonstrate that it is a potent inhibitor of human DNA methyltransferase 1 (hDNMT1) and the bacterial DNA methyltransferase (M. Eco RII) and that it is a mutagen that can form productive base pairs with either Guanine or Cytosine. Pure GuaUre-dR was found to be an effective demethylating agent and was able to induce 5azaC-dR type fragile sites FRA1J and FRA9E in human cells. Moreover, we report that demethylation associated with C:G → G:C transversion and C:G → T:A transition mutations was observed in human cells exposed to pure GuaUre-dR. The data suggest that most of the effects attributed to 5azaC-dR are exhibited by its stable primary breakdown product.

  5-阿扎-2′-脱氧胞苷（5azaC-dR）被用作DNA甲基化的抑制剂、化疗药物、致裂剂、诱变剂、脆弱位点的诱导剂和致癌物。然而，由于其在水溶液中迅速分解为稳定的化合物2′-脱氧核糖鸟苷脲（GuaUre-dR），因此其效应难以量化。在这里，我们使用了一种磷酰胺，使得可以在合成寡脱氧核苷酸中特定位置引入GuaUre-dR，以证明其是人类DNA甲基转移酶1（hDNMT1）和细菌DNA甲基转移酶（M. Eco RII）的强效抑制剂，并且它是一种诱变剂，可以与鸟嘌呤或胞嘧啶形成有效的碱基对。纯GuaUre-dR被发现是一种有效的去甲基化剂，能够在人体细胞中诱导5azaC-dR类型的脆弱位点FRA1J和FRA9E。此外，我们报告在暴露于纯GuaUre-dR的人类细胞中观察到与C:G → G:C反转和C:G → T:A转移突变相关的去甲基化。数据表明，归因于5azaC-dR的大部分效应实际上是其稳定的主要分解产物所体现的。
• GODDARD, AMANDA J.;MARQUEZ, VICTOR E., TETRAHEDRON LETT., 29,(1988) N 15, 1767-1770
  作者：GODDARD, AMANDA J.、MARQUEZ, VICTOR E.

  DOI：——

  日期：——
• Synthesis of a phosphoramidite of 2′-deoxy-5,6-dihydro-5-azacytidine. Its potential application in the synthesis of DNA containing dihydro-5-aza-and 5-azacytosine bases.
  作者：Amanda J. Goddard、Victor E. Marquez

  DOI：10.1016/s0040-4039(00)82037-7

  日期：1988.1
• Synthesis of Nucleosides and Deoxynucleosides via Gold(I)-Catalyzed <i>N</i>-Glycosylation of Glycosyl (<i>Z</i>)-Ynenoates
  作者：Rongkun Liu、Yan Chen、Jibin Zheng、Lvfeng Zhang、Tong Xu、Peng Xu、You Yang

  DOI：10.1021/acs.orglett.2c03964

  日期：2022.12.30

  with purines was found to be very effective for regioselective synthesis of pyranosyl N9 purine nucleosides. Based on the catalytic N-glycosylation approach, convenient synthesis of two 5′-deoxynucleosides drugs (capecitabine and galocitabine), four 2′-deoxynucleoside drugs (floxuridine, trifluridine, decitabine and cladribine), four 3′,5′-dideoxynucleoside analogues, and four 2′,5′-dideoxynucleoside

  核苷类似物广泛用作抗癌和抗病毒药物。在这里，我们开发了一种高效的金（I）催化的N-糖基化方法，用于以糖基（Z）-炔酸作为供体合成各种类型的核苷和脱氧核苷。31 个嘧啶核苷和 8 个嘌呤核苷的合成证明了N-糖基化方法的广泛范围。值得注意的是，金（I）催化的吡喃糖基（Z ）-炔酸酯与嘌呤的N-糖基化被发现对于吡喃糖基N9嘌呤核苷的区域选择性合成非常有效。基于催化N-糖基化方法，方便合成两种5'-脱氧核苷药物（卡培他滨和加西他滨）、四种2'-脱氧核苷药物（氟尿苷、三氟尿苷、地西他滨和克拉屈滨）、四种3',5'-双脱氧核苷类似物，并集体获得了4个2',5'-双脱氧核苷类似物。