5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N⁶-methyl-2'-O-[[(triisopropylsilyl)oxy]methyl]adenosine | 661471-87-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N⁶-methyl-2'-O-[[(triisopropylsilyl)oxy]methyl]adenosine
• 英文别名: (2R,3R,4R,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-[6-(methylamino)purin-9-yl]-4-[tri(propan-2-yl)silyloxymethoxy]oxolan-3-ol
• CAS: 661471-87-0
• 化学式: C₄₂H₅₅N₅O₇Si
• 分子量: 770.014
• InChiKey: NNZQYXISTWPVCG-LSZAAVILSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  7.69
• 重原子数：
  55
• 可旋转键数：
  17
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.45
• 拓扑面积：
  131
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  11

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-氰乙基N,N-二异丙基氯亚磷酰胺 、 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N⁶-methyl-2'-O-[[(triisopropylsilyl)oxy]methyl]adenosine 在 二甲基十二/十四烷基叔胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 以75 %的产率得到5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N⁶-methyl-2'-O-[[(triisopropylsilyl)oxy]methyl]adenosine 3'-(2-cyanoethyl diisopropylphosphoramidite)
  参考文献：
  名称：

  N6-甲基腺苷的原子突变揭示了人类 m6A 阅读器和擦除器蛋白的独特识别模式

  摘要：

  N 6 -甲基腺苷 (m 6 A) 是细胞 RNA 中重要的修饰核苷，与多种细胞过程相关，并与疾病有关。与 m 6 A 动态安装和去除相关的酶是药物研究中重点研究的目标，这需要详细了解蛋白质对 m 6 A 的识别模式。在这里，我们利用 m 6 A 的原子诱变系统地研究了两种人类 m 6 A 去甲基化酶 FTO 和 ALKBH5 的机制以及 YTH 阅读器蛋白 YTHDF2/DC1/DC2 的结合模式。原子诱变是指通过化学合成引入的原子特异性变化，例如用碳原子取代氮。通过固相合成制备含有位点特异性掺入的1-脱氮-、3-脱氮-和7-脱氮-m 6 A核苷的合成RNA寡核苷酸，并评估它们的RNA结合和重组蛋白的去甲基化。我们发现底物识别和转化存在明显差异，并揭示了酶活性的结构偏好。这项工作中引入的 deaza m 6 A 类似物将成为 m 6 A 研究中其他蛋白质的有用探针。

  DOI：

  10.1021/jacs.4c00626
• 作为产物：
  描述：

  2’,3’,5’-三乙酰肌苷 在 (chloromethylene)dimethyl iminium chloride 、 二叔丁基二氯化锡 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 吡啶 、 乙醇 、 氯仿 、 水 、 1,2-二氯乙烷 为溶剂， 反应 32.0h， 生成 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N⁶-methyl-2'-O-[[(triisopropylsilyl)oxy]methyl]adenosine
  参考文献：
  名称：

  甲基化核糖核苷（ m 1 G ， m 2 G ， m 2 2 G ， m 1 I ， m 3 U ， m 4 C ， m 6 ）2'- O -[（三异丙基甲硅烷基）氧基]甲 基亚 磷 酰胺的合成 A ， m 6 2 A ）用于自动 RNA 固相合成

  摘要：

   描述了八种甲基化核糖核苷亚磷酰胺的直接合成。这些构建块允许天然存在的核苷1-甲基鸟（掺入 米 1 ģ ）， Ñ 2 -methylguanosine（ 米 2 ģ ）， Ñ 2， Ñ 2 -dimethylguanosine（ 米 2 2 G ^ ），1- methylinosine（ 米 1 I ），3-甲基尿苷（ m 3 U ）， N 4-甲基胞苷（ m 4 C ）， N 6-甲基腺苷（ m 6 A ）和 N 6， N 6-二甲基腺苷（ m 6 2 A ）通过自动 RNA 固相合成形成寡核糖核苷酸 。在所有情况下，构件的核糖2'-羟基均被最近引入的[（三异丙基甲硅烷基）氧基]甲基（ TOM ）掩盖 。

  DOI：

  10.1007/s00706-003-0592-1

文献信息

• Synthesis of 2′-O-[(Triisopropylsilyl)oxy]methyl (= tom)-Protected Ribonucleoside Phosphoramidites Containing Various Nucleobase Analogues
  作者：Sébastien Porcher、Stefan Pitsch

  DOI：10.1002/hlca.200590209

  日期：2005.10

  new and shorter synthetic strategies, and sometimes introduced other nucleobase-protecting groups. The 2′-O-tom, 5′-O-(dimethoxytrityl)-protected ribonucleosides N2-acetylisocytidine 5, O2-(diphenylcarbamoyl)-N6-isobutyrylisoguanosine 8, N6-isobutyryl-N2-(methoxyacetyl)purine-2,6-diamine ribonucleoside (= N8-isobutyryl-2-[(methoxyacetyl)amino]adenosine) 11, 5-methyluridine 13, and 5,6-dihydrouridine 15

  报道了旨在有效制备多种2'- O -[（三异丙基甲硅烷基）氧基]甲基（＝ tom）保护的含有修饰的核碱基的核糖核苷亚磷酰胺结构单元的研究的第一结果。所有这里提出的核苷已经掺入到RNA序列通过其他几组，采用2'- ö -tbdms-或2'- ø -汤姆保护的亚磷酰胺结构单元（TBDMS =（叔丁基）二甲基甲硅烷）。现在，我们优化了现有反应，开发了一些新的和较短的合成策略，有时还引入了其他核碱基保护基团。2'- ø -汤姆，5'- ø - （二甲氧基三苯甲基）保护的核糖核苷Ñ2-乙酰基异胞苷5，O 2-（二苯基氨基甲酰基）-N 6-异丁酰基异鸟苷8，N 6-异丁酰基-N 2-（甲氧基乙酰基）嘌呤-2,6-二胺核糖核苷（=  N 8-异丁酰基-2-[（甲氧基乙酰基）氨基]腺苷）11，5-甲基尿苷13，和5,6-二氢尿苷15通过首先引入核碱基保护基团和二甲氧基三苯甲基，分别，接着2'-制备ø -汤姆基（方案1）。另一个呈现2'-
• The Synthesis of 2?- O -[(Triisopropylsilyl)oxy] methyl ( TOM ) Phosphoramidites of Methylated Ribonucleosides ( m 1 G , m 2 G , m 2 2 G , m 1 I , m 3 U , m 4 C , m 6 A , m 6 2 A ) for Use in Automated RNA Solid-Phase Synthesis
  作者：Claudia H�bartner、Christoph Kreutz、Elke Flecker、Elke Ottenschl�ger、Werner Pils、Karl Grubmayr、Ronald Micura

  DOI：10.1007/s00706-003-0592-1

  日期：2003.5.1

   The straightforward synthesis of eight methylated ribonucleoside phosphoramidites is described. These building blocks allow for incorporation of the naturally occuring nucleosides 1-methylguanosine ( m 1 G ), N 2-methylguanosine ( m 2 G ), N 2, N 2-dimethylguanosine ( m 2 2 G ), 1-methylinosine ( m 1 I ), 3-methyluridine ( m 3 U ), N 4-methylcytidine ( m 4 C ), N 6-methyladenosine ( m 6 A ), and N

   描述了八种甲基化核糖核苷亚磷酰胺的直接合成。这些构建块允许天然存在的核苷1-甲基鸟（掺入 米 1 ģ ）， Ñ 2 -methylguanosine（ 米 2 ģ ）， Ñ 2， Ñ 2 -dimethylguanosine（ 米 2 2 G ^ ），1- methylinosine（ 米 1 I ），3-甲基尿苷（ m 3 U ）， N 4-甲基胞苷（ m 4 C ）， N 6-甲基腺苷（ m 6 A ）和 N 6， N 6-二甲基腺苷（ m 6 2 A ）通过自动 RNA 固相合成形成寡核糖核苷酸 。在所有情况下，构件的核糖2'-羟基均被最近引入的[（三异丙基甲硅烷基）氧基]甲基（ TOM ）掩盖 。
• Atomic Mutagenesis of <i>N</i>⁶-Methyladenosine Reveals Distinct Recognition Modes by Human m⁶A Reader and Eraser Proteins
  作者：Florian Seitz、Tina Jungnickel、Nicole Kleiber、Jens Kretschmer、Julia Dietzsch、Juliane Adelmann、Katherine E. Bohnsack、Markus T. Bohnsack、Claudia Höbartner

  DOI：10.1021/jacs.4c00626

  日期：2024.3.20

  atom-specific changes that are introduced by chemical synthesis, such as the replacement of nitrogen by carbon atoms. Synthetic RNA oligonucleotides containing site-specifically incorporated 1-deaza-, 3-deaza-, and 7-deaza-m6A nucleosides were prepared by solid-phase synthesis and their RNA binding and demethylation by recombinant proteins were evaluated. We found distinct differences in substrate recognition

  N 6 -甲基腺苷 (m 6 A) 是细胞 RNA 中重要的修饰核苷，与多种细胞过程相关，并与疾病有关。与 m 6 A 动态安装和去除相关的酶是药物研究中重点研究的目标，这需要详细了解蛋白质对 m 6 A 的识别模式。在这里，我们利用 m 6 A 的原子诱变系统地研究了两种人类 m 6 A 去甲基化酶 FTO 和 ALKBH5 的机制以及 YTH 阅读器蛋白 YTHDF2/DC1/DC2 的结合模式。原子诱变是指通过化学合成引入的原子特异性变化，例如用碳原子取代氮。通过固相合成制备含有位点特异性掺入的1-脱氮-、3-脱氮-和7-脱氮-m 6 A核苷的合成RNA寡核苷酸，并评估它们的RNA结合和重组蛋白的去甲基化。我们发现底物识别和转化存在明显差异，并揭示了酶活性的结构偏好。这项工作中引入的 deaza m 6 A 类似物将成为 m 6 A 研究中其他蛋白质的有用探针。