5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N⁶-methyladenosine | 588698-71-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N⁶-methyladenosine
• 英文别名: 5'-O-[Bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methyl]-N-methyladenosine；(2R,3S,4R,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-[6-(methylamino)purin-9-yl]oxolane-3,4-diol
• CAS: 588698-71-9
• 化学式: C₃₂H₃₃N₅O₆
• 分子量: 583.644
• InChiKey: IZDYKXRGTUZUAG-QWOIFIOOSA-N

物化性质

• 沸点：
  809.1±75.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.36±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.4
• 重原子数：
  43
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.28
• 拓扑面积：
  133
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N⁶-methyladenosine 在 silver nitrate 、 三乙胺 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 8.0h， 生成 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3'-O-[(2-cyanoethoxy)(N,N-diisopropylamino)phosphino]-2'-O-(t-butyldimethylsilyl)-N⁶-methyladenosine
  参考文献：
  名称：

  RNA 编辑腺苷脱氨酶的底物类似物：机理研究和抑制剂设计

  摘要：

  ADAR 是作用于 RNA 的腺苷脱氨酶，负责发生在真核 mRNA 中的 RNA 编辑反应，包括谷氨酸和血清素受体的 mRNA。已经确定了能够编辑生物相关 RNA 底物的 ADAR。此外，在几种情况下，RNA 编辑反应对基因产物功能的影响是已知的。然而，我们对 ADAR 催化的 RNA 腺苷脱氨基的化学机制的理解滞后。通过研究 ADAR2 天然存在的底物的类似物，我们推断出该酶的活性位点和反应机制的特征。各种 RNA 底物中腺苷处的 8-Aza 取代加速了 ADAR2 在这些位点的脱氨基速率（2.8-17 倍）。这种“氮杂效应”的程度 取决于反应核苷酸的 RNA 结构背景。RNA 中的 N(6)-甲基腺苷是 ADAR2 的缓慢底物（比率是腺苷的 2%），没有观察到 N(6)-乙基腺苷的产物，表明离去基团的大小有限。RNA 中的 2,6-二氨基嘌呤核糖核苷不是 ADAR 的底物，与催化核苷类似反应的腺苷脱氨酶

  DOI：

  10.1021/ja029742d
• 作为产物：
  描述：

  2’,3’,5’-三乙酰肌苷 在 (chloromethylene)dimethyl iminium chloride 作用下， 以 吡啶 、 乙醇 、 氯仿 、 水 为溶剂， 反应 16.0h， 生成 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N⁶-methyladenosine
  参考文献：
  名称：

  甲基化核糖核苷（ m 1 G ， m 2 G ， m 2 2 G ， m 1 I ， m 3 U ， m 4 C ， m 6 ）2'- O -[（三异丙基甲硅烷基）氧基]甲 基亚 磷 酰胺的合成 A ， m 6 2 A ）用于自动 RNA 固相合成

  摘要：

   描述了八种甲基化核糖核苷亚磷酰胺的直接合成。这些构建块允许天然存在的核苷1-甲基鸟（掺入 米 1 ģ ）， Ñ 2 -methylguanosine（ 米 2 ģ ）， Ñ 2， Ñ 2 -dimethylguanosine（ 米 2 2 G ^ ），1- methylinosine（ 米 1 I ），3-甲基尿苷（ m 3 U ）， N 4-甲基胞苷（ m 4 C ）， N 6-甲基腺苷（ m 6 A ）和 N 6， N 6-二甲基腺苷（ m 6 2 A ）通过自动 RNA 固相合成形成寡核糖核苷酸 。在所有情况下，构件的核糖2'-羟基均被最近引入的[（三异丙基甲硅烷基）氧基]甲基（ TOM ）掩盖 。

  DOI：

  10.1007/s00706-003-0592-1

文献信息

• Improved Synthesis of Phosphoramidite-Protected N6-Methyladenosine via BOP-Mediated SNAr Reaction
  作者：Shifali Shishodia、Christopher J. Schofield

  DOI：10.3390/molecules26010147

  日期：——

  N6-methyladenosine(m6A) is the most abundant modification in mRNA. Studies on proteins that introduce and bind m6A require the efficient synthesis of oligonucleotides containing m6A. We report an improved five-step synthesis of the m6A phosphoramidite starting from inosine, utilising a 1-H-benzotriazol-1-yloxytris(dimethylamino)phosphoniumhexafluorophosphate (BOP)-mediated SNAr reaction in the key

  N6-甲基腺苷 (m6A) 是 mRNA 中最丰富的修饰。对引入和结合 m6A 的蛋白质的研究需要有效合成含有 m6A 的寡核苷酸。我们报告了从肌苷开始的 m6A 亚磷酰胺的改进的五步合成，在关键步骤中利用 1-H-苯并三唑-1-基氧基三（二甲氨基）鏻六氟磷酸盐（BOP）介导的 SNAr 反应。与报道的路线相比，该路线的总产量显着增加，并且可用于合成其他腺苷衍生物的亚磷酰胺，例如乙醇腺苷，一种由重要的抗癌药物卡莫司汀形成的 DNA 加合物的 RNA 类似物。
• Atomic Mutagenesis of <i>N</i>⁶-Methyladenosine Reveals Distinct Recognition Modes by Human m⁶A Reader and Eraser Proteins
  作者：Florian Seitz、Tina Jungnickel、Nicole Kleiber、Jens Kretschmer、Julia Dietzsch、Juliane Adelmann、Katherine E. Bohnsack、Markus T. Bohnsack、Claudia Höbartner

  DOI：10.1021/jacs.4c00626

  日期：2024.3.20

  atom-specific changes that are introduced by chemical synthesis, such as the replacement of nitrogen by carbon atoms. Synthetic RNA oligonucleotides containing site-specifically incorporated 1-deaza-, 3-deaza-, and 7-deaza-m6A nucleosides were prepared by solid-phase synthesis and their RNA binding and demethylation by recombinant proteins were evaluated. We found distinct differences in substrate recognition

  N 6 -甲基腺苷 (m 6 A) 是细胞 RNA 中重要的修饰核苷，与多种细胞过程相关，并与疾病有关。与 m 6 A 动态安装和去除相关的酶是药物研究中重点研究的目标，这需要详细了解蛋白质对 m 6 A 的识别模式。在这里，我们利用 m 6 A 的原子诱变系统地研究了两种人类 m 6 A 去甲基化酶 FTO 和 ALKBH5 的机制以及 YTH 阅读器蛋白 YTHDF2/DC1/DC2 的结合模式。原子诱变是指通过化学合成引入的原子特异性变化，例如用碳原子取代氮。通过固相合成制备含有位点特异性掺入的1-脱氮-、3-脱氮-和7-脱氮-m 6 A核苷的合成RNA寡核苷酸，并评估它们的RNA结合和重组蛋白的去甲基化。我们发现底物识别和转化存在明显差异，并揭示了酶活性的结构偏好。这项工作中引入的 deaza m 6 A 类似物将成为 m 6 A 研究中其他蛋白质的有用探针。
• The Synthesis of 2?- O -[(Triisopropylsilyl)oxy] methyl ( TOM ) Phosphoramidites of Methylated Ribonucleosides ( m 1 G , m 2 G , m 2 2 G , m 1 I , m 3 U , m 4 C , m 6 A , m 6 2 A ) for Use in Automated RNA Solid-Phase Synthesis
  作者：Claudia H�bartner、Christoph Kreutz、Elke Flecker、Elke Ottenschl�ger、Werner Pils、Karl Grubmayr、Ronald Micura

  DOI：10.1007/s00706-003-0592-1

  日期：2003.5.1

   The straightforward synthesis of eight methylated ribonucleoside phosphoramidites is described. These building blocks allow for incorporation of the naturally occuring nucleosides 1-methylguanosine ( m 1 G ), N 2-methylguanosine ( m 2 G ), N 2, N 2-dimethylguanosine ( m 2 2 G ), 1-methylinosine ( m 1 I ), 3-methyluridine ( m 3 U ), N 4-methylcytidine ( m 4 C ), N 6-methyladenosine ( m 6 A ), and N

   描述了八种甲基化核糖核苷亚磷酰胺的直接合成。这些构建块允许天然存在的核苷1-甲基鸟（掺入 米 1 ģ ）， Ñ 2 -methylguanosine（ 米 2 ģ ）， Ñ 2， Ñ 2 -dimethylguanosine（ 米 2 2 G ^ ），1- methylinosine（ 米 1 I ），3-甲基尿苷（ m 3 U ）， N 4-甲基胞苷（ m 4 C ）， N 6-甲基腺苷（ m 6 A ）和 N 6， N 6-二甲基腺苷（ m 6 2 A ）通过自动 RNA 固相合成形成寡核糖核苷酸 。在所有情况下，构件的核糖2'-羟基均被最近引入的[（三异丙基甲硅烷基）氧基]甲基（ TOM ）掩盖 。
• Substrate Analogues for an RNA-Editing Adenosine Deaminase:  Mechanistic Investigation and Inhibitor Design
  作者：Eduardo A. Véliz、LaHoma M. Easterwood、Peter A. Beal

  DOI：10.1021/ja029742d

  日期：2003.9.1

  ADARs are adenosine deaminases that act on RNA and are responsible for RNA-editing reactions that occur in eukaryotic mRNAs, including the mRNAs of glutamate and serotonin receptors. ADARs capable of editing biologically relevant RNA substrates have been identified. In addition, the consequence of the RNA-editing reaction on the function of the gene product is known in several cases. However, our understanding

  ADAR 是作用于 RNA 的腺苷脱氨酶，负责发生在真核 mRNA 中的 RNA 编辑反应，包括谷氨酸和血清素受体的 mRNA。已经确定了能够编辑生物相关 RNA 底物的 ADAR。此外，在几种情况下，RNA 编辑反应对基因产物功能的影响是已知的。然而，我们对 ADAR 催化的 RNA 腺苷脱氨基的化学机制的理解滞后。通过研究 ADAR2 天然存在的底物的类似物，我们推断出该酶的活性位点和反应机制的特征。各种 RNA 底物中腺苷处的 8-Aza 取代加速了 ADAR2 在这些位点的脱氨基速率（2.8-17 倍）。这种“氮杂效应”的程度 取决于反应核苷酸的 RNA 结构背景。RNA 中的 N(6)-甲基腺苷是 ADAR2 的缓慢底物（比率是腺苷的 2%），没有观察到 N(6)-乙基腺苷的产物，表明离去基团的大小有限。RNA 中的 2,6-二氨基嘌呤核糖核苷不是 ADAR 的底物，与催化核苷类似反应的腺苷脱氨酶