4-N-carbamoyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxycytidine 3'-O-(2-cyanoethyl)-N,N-diisopropylphosphoramidite

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 4-N-carbamoyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxycytidine 3'-O-(2-cyanoethyl)-N,N-diisopropylphosphoramidite
• 英文别名: [1-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-[2-cyanoethoxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxyoxolan-2-yl]-2-oxopyrimidin-4-yl]urea
• 化学式: C₄₀H₄₉N₆O₈P
• 分子量: 772.838
• InChiKey: GEOAXEVAWDEOIA-UWUXBXRFSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.6
• 重原子数：
  55
• 可旋转键数：
  18
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.4
• 拓扑面积：
  170
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  2'-脱氧胞苷盐酸盐 在 吡啶 、 四氮唑 、 氨 、 二异丙胺 作用下， 以 吡啶 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 15.0h， 生成 4-N-carbamoyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxycytidine 3'-O-(2-cyanoethyl)-N,N-diisopropylphosphoramidite
  参考文献：
  名称：

  4-N-氨基甲酰脱氧胞苷衍生物的构象研究以及包含这些修饰碱基的寡聚脱氧核糖核苷酸的合成和杂交特性

  摘要：

  合成了在 4-氨基上用各种 N-取代的氨基甲酰基基团修饰的脱氧胞苷衍生物。详细的 1H NMR 研究表明，3',5'-O-二甲硅烷基化 N-氨基甲酰基脱氧胞苷衍生物 11 作为一种在 MeOD 中的 N3 原子和羰基氧原子之间具有分子内氢键的物种存在，但在加入 CDCl3 后，具有分子间氢键的同型二聚体物种的数量逐渐增加。还合成了掺入各种 4-N-氨基甲酰基脱氧胞苷衍生物的寡脱氧核糖核苷酸。这些修饰的寡脱氧核苷酸可以与互补链杂交，而不会干扰 DNA 双链体的结构，因此改变氨基甲酰基的方向，使得稳定的沃森-克里克碱基对可以与相反位点的鸟嘌呤碱基形成。应当指出的是，这些修饰的胞嘧啶碱基的碱基识别能力（G对T、C和A）可以令人满意地保留。这些结果表明，4-N-氨基甲酰基可用作各种功能残基和寡核苷酸之间接头的骨架结构。(© Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, 69451

  DOI：

  10.1002/ejoc.200501006

文献信息

• The Design and Synthesis of<i>N</i>⁴-Anthraniloyl-2′-dC, the Improved Syntheses of<i>N</i>⁴-Carbamoyl-and<i>N⁴-</i>Ureidocarbamoyl-2′-dC, Incorporation into Oligonucleotides and Triplex Formation Testing
  作者：Nancy Guzzo-Pernell、Geoff W Tregear、Jim Haralambidis、John M Lawlor

  DOI：10.1080/07328319808004232

  日期：1998.7

  Three modified nucleosides were designed with the aim of achieving triplet formation with the CG base pair of duplex DNA. Direct anthraniloylation of 2'-deoxycytidine, using isatoic anhydride afforded the novel N-4-anthraniloyl-2'-deoxycyridine. Much improved preparations of N-4-carbamoyl-2'-deoxycytidine and of N-4-ureidocarbonyl-2'-deoxycytidine were accomplished. The modified nucleosides were incorporated into oligonucleotides. Thermal denaturation studies and gel mobility shift analysis suggest that these nucleosides do not form base triplets with any of the four base pairs of DNA.
• Conformational Studies of 4-N-Carbamoyldeoxycytidine Derivatives and Synthesis and Hybridization Properties of Oligodeoxyribonucleotides Incorporating these Modified Bases
  作者：Kenichi Miyata、Akio Kobori、Ryuji Tamamushi、Akihiro Ohkubo、Haruhiko Taguchi、Kohji Seio、Mitsuo Sekine

  DOI：10.1002/ejoc.200501006

  日期：2006.8

  stable Watson–Crick base pair can be formed with the guanine base at the opposite site. It should be noted that the base recognition ability (G against T, C and A) of these modified cytosine bases can be preserved satisfactorily. These results suggest that the 4-N-carbamoyl group is useful as a backbone structure of the linker between various functional residues and oligonucleotides. (© Wiley-VCH Verlag

  合成了在 4-氨基上用各种 N-取代的氨基甲酰基基团修饰的脱氧胞苷衍生物。详细的 1H NMR 研究表明，3',5'-O-二甲硅烷基化 N-氨基甲酰基脱氧胞苷衍生物 11 作为一种在 MeOD 中的 N3 原子和羰基氧原子之间具有分子内氢键的物种存在，但在加入 CDCl3 后，具有分子间氢键的同型二聚体物种的数量逐渐增加。还合成了掺入各种 4-N-氨基甲酰基脱氧胞苷衍生物的寡脱氧核糖核苷酸。这些修饰的寡脱氧核苷酸可以与互补链杂交，而不会干扰 DNA 双链体的结构，因此改变氨基甲酰基的方向，使得稳定的沃森-克里克碱基对可以与相反位点的鸟嘌呤碱基形成。应当指出的是，这些修饰的胞嘧啶碱基的碱基识别能力（G对T、C和A）可以令人满意地保留。这些结果表明，4-N-氨基甲酰基可用作各种功能残基和寡核苷酸之间接头的骨架结构。(© Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, 69451