pG^3'p^5'U

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - （3'->5'）-二核苷酸和类似物
• 英文名称: pG^3'p^5'U
• 英文别名: P-rGuo-P-rUrd；[(2R,3S,4R,5R)-5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-4-hydroxy-2-(phosphonooxymethyl)oxolan-3-yl] [(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate
• 化学式: C₁₉H₂₅N₇O₁₆P₂
• 分子量: 669.392
• InChiKey: XXMBTOFPUNNKKX-VMIOUTBZSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -6.5
• 重原子数：
  44
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.53
• 拓扑面积：
  336
• 氢给体数：
  9
• 氢受体数：
  18

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  在 盐酸 作用下， 反应 48.0h， 生成 pG^3'p^5'U
  参考文献：
  名称：

  mRNA 的化学合成研究。一、N2-三苯甲基鸟苷衍生物的合成与性质及其在pGpUpU合成中的应用

  摘要：

  将三苯甲基 (Tr)、4-甲氧基三苯甲基 (MMTr) 和 4,4'-二甲氧基三苯甲基 (DMTr) 基团引入 2',3',5'-三-O-乙酰鸟苷的 2-氨基中。相应的三苯甲基氯在吡啶中以高产率提供 N2-三苯甲基化鸟苷衍生物。类似地，合成了 N6-三苯甲基化的腺苷衍生物。描述了三种三苯甲基在酸性条件下的稳定性。发现MMTr和Tr基团适合在寡核苷酸合成中保护鸟苷的2-氨基。合成了适当保护的 N2-三苯甲基鸟苷 5-二硫代磷酸酯衍生物并将其用于 pGpUpU 的合成。

  DOI：

  10.1246/bcsj.55.2949

文献信息

• Sequence- and Regioselectivity in the Montmorillonite-Catalyzed Synthesis of RNA
  作者：Shin Miyakawa、James P. Ferris

  DOI：10.1021/ja034328e

  日期：2003.7.1

  nucleotides (pN) with activated monomers (ImpN), the sequence- and regioselectivity was Pu(3')Py > Pu(3')Pu = Pu(2')Py > Pu(2')Pu. The 5'-pyrimidine initiated dimers formed less efficiently than the 5'-purine initiated dimers. Trimer formation was investigated by the synthesis of 8 dimers (pNpN) and measuring the yields of trimers formed in the reaction of each dimer with a mixture of equal molar amounts

  通过检查蒙脱石催化的 RNA 二聚体和三聚体形成中的序列和区域选择性，研究了催化在从活化单体形成有限数量的 RNA 中的可能作用。A 的反应性与 G 的相似，C 的反应性与 U 相当。但嘌呤核苷酸的反应性与嘧啶的反应性不同。在核苷酸 (pN) 与活化单体 (ImpN) 的反应中，序列和区域选择性为 Pu(3')Py > Pu(3')Pu = Pu(2')Py > Pu(2')Pu。5'-嘧啶引发的二聚体形成的效率低于 5'-嘌呤引发的二聚体。通过合成 8 个二聚体 (pNpN) 并测量每个二聚体与等摩尔量的四种活化单体的混合物的反应中形成的三聚体的产率来研究三聚体的形成。二聚体的反应性取决于连接到 RNA 3'-末端的核苷酸和磷酸二酯键的区域化学。提出了基于这些研究的规则来预测在蒙脱石催化反应中形成的 RNA 的序列和区域选择性。这些规则与等摩尔量的 ImpA 和 ImpC 反应形成的 2-5