3'-azido-3'-deoxythymidine 5'-(β,γ-difluoromethylene)triphosphate

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 有机膦酸及其衍生物
• 英文名称: 3'-azido-3'-deoxythymidine 5'-(β,γ-difluoromethylene)triphosphate
• 英文别名: [[[[(2S,3S,5R)-3-azido-5-(5-methyl-2,4-dioxo-pyrimidin-1-yl)tetrahydrofuran-2-yl]methoxy-hydroxy-phosphoryl]oxy-hydroxy-phosphoryl]-difluoro-methyl]phosphonic acid；[[[[(2S,3S,5R)-3-azido-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-hydroxyphosphoryl]-difluoromethyl]phosphonic acid
• 化学式: C₁₁H₁₆F₂N₅O₁₂P₃
• 分子量: 541.192
• InChiKey: JUUPLNBGGKLDFT-XLPZGREQSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -2.6
• 重原子数：
  33
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.64
• 拓扑面积：
  224
• 氢给体数：
  5
• 氢受体数：
  16

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  齐多夫定 在 吡啶 、 三正丁胺 、 碘 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 17.5h， 生成 3'-azido-3'-deoxythymidine 5'-(β,γ-difluoromethylene)triphosphate
  参考文献：
  名称：

  AZT 5'-三磷酸酯模拟物的合成及其对HIV-1逆转录酶的抑制作用。

  摘要：

  为寻找活性核苷5'-三磷酸模拟物，我们合成了一系列AZT三磷酸模拟物（AZT P3Ms），并评估了它们对HIV-1逆转录酶的抑制作用以及它们在胎牛血清和CEM细胞提取物中的稳定性。AZT与2-氯-4H-1,3,2-苯并二氧杂磷酰基-4-酮反应，然后用焦磷酸盐类似物处理亚磷酸酯中间体2，得到环状三磷酸酯中间体4b-4f，将其进行硼化并随后进行硼化水解得到AZT5'-α-硼烷-β，γ-桥修饰的三磷酸酯6b-6f，产率中等至良好。环状中间体4d与碘反应，然后用一系列亲核试剂处理，得到AZT5'-β，γ-二氟亚甲基-γ-取代的三磷酸酯（7b-7i）。几种不同类型的AZT P3M，包括α-P-硫代（或二硫代）和β，γ-二氟亚甲基（13,14），α，β-二氟亚甲基和γ-P-甲基（或苯基）（15,16），以及还合成了α-硼烷-β，γ-二氟亚甲基和γ-O-甲基/苯基（11,12）。使用荧光测定法和以聚（A

  DOI：

  10.1021/jm040116w

文献信息

• A Tool for the Import of Natural and Unnatural Nucleoside Triphosphates into Bacteria
  作者：Aaron W. Feldman、Emil C. Fischer、Michael P. Ledbetter、Jen-Yu Liao、John C. Chaput、Floyd E. Romesberg

  DOI：10.1021/jacs.7b11404

  日期：2018.1.31

  Nucleoside triphosphates play a central role in biology, but efforts to study these roles have proven difficult because the levels of triphosphates are tightly regulated in a cell and because individual triphosphates can be difficult to label or modify. In addition, many synthetic biology efforts are focused on the development of unnatural nucleoside triphosphates that perform specific functions in

  三磷酸核苷在生物学中发挥着核心作用，但研究这些作用的努力已被证明是困难的，因为细胞中三磷酸的水平受到严格调控，而且单个三磷酸可能难以标记或修饰。此外，许多合成生物学工作都集中在开发在细胞环境中发挥特定功能的非天然三磷酸核苷。一般而言，将所需的三磷酸盐直接引入细胞的一般手段将促进这两种努力。以前，我们证明了来自三角褐指藻 (PtNTT2) 的核苷三磷酸转运蛋白在大肠杆菌中的重组表达，其功能是导入添加到培养基中的三磷酸。在这里，为了探索这种方法的普遍性和实用性，我们报告了 PtNTT2 的构效关系研究。我们使用传统的竞争性摄取抑制分析来表征核碱基、糖和三磷酸修饰的影响，然后开发 LC-MS/MS 分析以直接测量修饰对导入的影响。最后，我们使用转运蛋白导入放射性标记或 2'-氟修饰的三磷酸，并量化它们与 DNA 和 RNA 的结合。结果证明了 PtNTT2 介导的天然或修饰的三磷酸核苷导入对于不