Halogenated β,γ-Methylene- and Ethylidene-dGTP-DNA Ternary Complexes with DNA Polymerase β: Structural Evidence for Stereospecific Binding of the Fluoromethylene Analogues
作者:Vinod K. Batra、Lars C. Pedersen、William A. Beard、Samuel H. Wilson、Boris A. Kashemirov、Thomas G. Upton、Myron F. Goodman、Charles E. McKenna
DOI:10.1021/ja909370k
日期:2010.6.9
enzyme that plays an important role in base excision repair (BER) and oncogenesis. We report X-ray crystallographic results for a series of beta,gamma-CXY dGTP analogues, where X,Y = H, F, Cl, Br, and/or CH(3). For all three R/S monofluorinated analogues examined (CHF, 3/4; CCH(3)F, 13/14; CClF 15/16), a single CXF-diastereomer (3, 13, 16) is observed in the active site complex, with the CXF fluorine
核苷酸的β,γ-氟亚甲基类似物被认为是天然底物的有用模拟物,但尚无定义其活性位点相互作用的直接结构证据,包括在 CHF 碳上引入的新手性中心的影响,如β ,γ-氟亚甲基-dGTP,与 DNA 聚合酶 β 形成活性位点复合物,DNA 聚合酶是一种在碱基切除修复 (BER) 和肿瘤发生中起重要作用的修复酶。我们报告了一系列 beta、γ-CXY dGTP 类似物的 X 射线晶体学结果,其中 X、Y = H、F、Cl、Br 和/或 CH(3)。对于检查的所有三个 R/S 单氟化类似物(CHF,3/4;CCH(3)F,13/14;CClF 15/16),在活性位点观察到单个 CXF-非对映异构体(3、13、16)复杂的,CXF 氟原子与 Arg183 的胍 N 相距约 3 A(键合)距离。相比之下,对于 CHCl、CHBr 和 CHCH(3) 类似物,两种非对映异构体(6/7、8/9、10/11)大致相等地填充酶复合物中的