2'-脱氧鸟苷5'-(三氢二磷酸酯) | 3493-09-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷酸
• 中文名称: 2'-脱氧鸟苷5'-(三氢二磷酸酯)
• 英文名称: dGDP
• 英文别名: deoxyguanosine diphosphate；2'-Deoxyguanosine-5'-diphosphate；[(2R,3S,5R)-5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate
• CAS: 3493-09-2
• 化学式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂
• 分子量: 427.204
• InChiKey: CIKGWCTVFSRMJU-KVQBGUIXSA-N

物化性质

• 沸点：
  919.1±75.0 °C(Predicted)
• 密度：
  2.49±0.1 g/cm3(Predicted)
• 物理描述：
  Solid
• 溶解度：
  5.5 mg/mL
• 碰撞截面：
  187.7 Ų [M+H]+ [CCS Type: DT, Method: single field calibrated with Agilent tune mix (Agilent)]

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -4.5
• 重原子数：
  27
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.5
• 拓扑面积：
  228
• 氢给体数：
  6
• 氢受体数：
  12

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2'-脱氧鸟苷5'-(三氢二磷酸酯) 在 zinc(II) chloride 作用下， 以 二甲基亚砜 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 生成
  参考文献：
  名称：

  新型mRNA 5'帽类似物的合成：二核苷P1，P3-Tri-，P1，P4-四-和P1，P5-五磷酸

  摘要：

  摘要设计了一系列新的mRNA抗反向帽类似物（ARCA），以研究蛋白质翻译的机制。已合成了由5'至5'磷酸桥连接并由修饰的7-甲基鸟苷和鸟苷组成的二核苷P1，P3-三，P1，P4-四和P1，P5-五磷酸。用-OCH3或-H代替7-甲基鸟苷部分中的羟基（2'OH或3'OH），以获得能够正确掺入合成的mRNA转录物中的帽类似物。三，四和五磷酸酯是通过ZnCl2催化的7-甲基鸟苷二磷酸酯的鸟嘌呤单，二和三磷酸鸟苷P-咪唑啉化物的衍生物在DMF中的缩合反应制得的。通过1H和31P NMR光谱确定了新型化合物的结构。

  DOI：

  10.1081/ncn-120022611
• 作为产物：
  描述：

  鸟苷-5’-二磷酸 在 adenosylcobalamin 、 full-length enzyme NrdJd-wt from Stackebrandtia nassauensis 、 2'-脱氧胞苷三磷酸 、 magnesium chloride 、 Cleland's reagent 作用下， 以 aq. buffer 为溶剂， 生成 2'-脱氧鸟苷5'-(三氢二磷酸酯)
  参考文献：
  名称：

  存在于大多数II类核糖核苷酸还原酶中的独特的富含半胱氨酸的锌指结构域介导催化转换。

  摘要：

  核糖核苷酸还原酶（RNR）催化核糖核苷酸还原为相应的脱氧核糖核苷酸，用于DNA合成和修复。两种不同的机制有助于将所需的电子传递到RNR活性位点。甲酸酯可直接在活性位点用作还原剂，或戊二醛毒素或硫氧还蛋白还原C端半胱氨酸对，然后将电子传递至活性位点。在这里，我们表征了一个新颖的富含半胱氨酸的C末端结构域（CRD），它存在于微生物中发现的大多数II类RNR中。来自nassauensis Stackebrandtia nassauensis细菌的NrdJd型RNR被用作模型酶。我们表明CRD参与较高的低聚物状态形成和电子转移到活性位点。高聚物（例如四聚物和六聚物）的CRD依赖性形成 通过添加dATP或dGTP而不是dTTP或dCTP来诱导细胞凋亡。电子转移是由在C末端的六个半胱氨酸残基阵列介导的，这些残基也与锌原子配位。电子转移也可能发生在亚基之间，具体取决于酶的低聚状态。对系统天然还原剂的研究

  DOI：

  10.1074/jbc.m117.806331

文献信息

• Probe for mass spectrometry of liquid sample
  申请人：——

  公开号：US20040142378A1

  公开（公告）日：2004-07-22

  Disclosed is a probe for mass spectrometry of liquid samples, which may effectively ionize the sample without adding a protic solvent to the mobile phase in the ionization method in mass spectrometry of liquid samples. The probe according to the present invention has a structure represented by the Formula [I]: R 2 -A-R  [I] (wherein R 1 represents an ionic functional group which becomes an ion in a solvent, R 2 represents a structure which can bind to other substance, and A represents an arbitrary spacer moiety).

  揭示了一种用于液体样品质谱的探针，可以在液体样品的质谱离子化方法中有效离子化样品，而无需向移动相中添加质子溶剂。根据本发明的探针具有以下式所表示的结构： R2-A-R [I] （其中R1代表在溶剂中成为离子的离子功能团，R2代表可以结合到其他物质的结构，A代表任意的间隔基团）。
• REAGENTS AND METHODS FOR REPLICATION, TRANSCRIPTION, AND TRANSLATION IN SEMI-SYNTHETIC ORGANISMS
  申请人：The Scripps Research Institute

  公开号：US20200392550A1

  公开（公告）日：2020-12-17

  Disclosed herein are compositions, methods, cells, engineered microorganisms, and kits for increasing the production of proteins or polypeptides comprising one or more unnatural amino acids. Further provided are compositions, cells, engineered microorganisms, and kits for increasing the retention of unnatural nucleic acids encoding the unnatural amino acids in an engineered cell, or semi-synthetic organism.

  本文揭示了一种用于增加含有一个或多个非天然氨基酸的蛋白质或多肽的生产的组合物、方法、细胞、工程微生物和试剂盒。此外，还提供了一种用于增加编码非天然氨基酸的非天然核酸在工程细胞或半合成生物体中的保留的组合物、细胞、工程微生物和试剂盒。
• INORGANIC-ORGANIC HYBRID COMPOUNDS INCLUDING ORGANIC PLATINUM-CONTAINING ANIONS, FOR USE IN MEDICINE
  申请人：Karlsruher Institut fur Technologie

  公开号：US20210292353A1

  公开（公告）日：2021-09-23

  The present invention relates to inorganic-organic hybrid compounds for use in medicine or for use as medication, consisting of an inorganic metal cation and an organic platinum-containing cytostatic anion, in particular also a cisplatin derivative.

  本发明涉及用于医学或作为药物使用的无机-有机杂化化合物，包括无机金属阳离子和含有铂的细胞静止阴离子，特别是顺铂衍生物。
• Structural Analysis of the Activation of Ribavirin Analogs by NDP Kinase: Comparison with Other Ribavirin Targets
  作者：Sarah Gallois-Montbrun、Yuxing Chen、Hélène Dutartre、Magali Sophys、Solange Morera、Catherine Guerreiro、Benoit Schneider、Laurence Mulard、Joël Janin、Michel Veron、Dominique Deville-Bonne、Bruno Canard

  DOI：10.1124/mol.63.3.538

  日期：2003.3.1

  triphosphate analogs modified on the ribose moiety were synthesized and tested in vitro on the RNA polymerases of HCV, phage T7, and HIV-1 reverse transcriptase. Modified nucleotides with 2'-deoxy, 3'-deoxy, 2',3'-dideoxy, 2',3'-dideoxy-2',3'-dehydro, and 2',3'-epoxy-ribose inhibited the HCV enzyme but not the other two polymerases. They were also analyzed as substrates for nucleoside diphosphate (NDP)

  用于抗丙型肝炎病毒（HCV）的利巴韦林可能对其他病毒有效，但具有很高的细胞毒性。合成了在核糖部分修饰的几种利巴韦林三磷酸类似物，并在HCV，噬菌体T7和HIV-1逆转录酶的RNA聚合酶上进行了体外测试。具有2'-脱氧，3'-脱氧，2'，3'-二脱氧，2'，3'-二脱氧-2'，3'-脱氢和2'，3'-环氧-核糖的修饰核苷酸抑制HCV酶，而不是其他两种聚合酶。还分析了它们作为核苷二磷酸（NDP）激酶的底物，该酶负责细胞激活抗病毒核苷类似物的最后一步。测定了与三磷酸利巴韦林复合的NDP激酶的X射线结构。它表明，尽管碱基被修饰，但类似物仍可作为正常底物结合，并证实了3'-羟基在磷酸化反应中的关键作用。3'-羟基是抑制HCV聚合酶RNA合成的起始步骤所必需的，并且必须存在两个糖羟基以抑制延伸。2'脱氧利巴韦林是唯一有效的抗HCV聚合酶的衍生物，并被NDP激酶正确激活。
• Phenothiazine derivatives and their method of use
  申请人：Rozman K. Karl

  公开号：US20050288279A1

  公开（公告）日：2005-12-29

  Novel phenothiazine derivatives and their use in the treatment of diabetes mellitus (type I and type II), and as an ovulation inhibitor (contraceptive), cancer chemotherapeutic and/or prophylactic agent, anti-obesity drug (body weight regulator), and immunostimulant.

  新型苯并噻嗪衍生物及其在糖尿病（I型和II型）治疗、作为排卵抑制剂（避孕药）、癌症化疗和/或预防药、抗肥胖药（体重调节剂）和免疫刺激剂方面的应用。