N⁶-benzyl-5'-chloro-5'-deoxyadenosine | 111109-98-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 5'-脱氧核糖核苷
• 英文名称: N⁶-benzyl-5'-chloro-5'-deoxyadenosine
• 英文别名: (2S,3R,4S,5R)-2-(6-(benzylamino)-9H-purin-9-yl)-5-(chloromethyl)tetrahydrofuran-3,4-diol；(2R,3R,4S,5S)-2-[6-(benzylamino)purin-9-yl]-5-(chloromethyl)oxolane-3,4-diol
• CAS: 111109-98-9
• 化学式: C₁₇H₁₈ClN₅O₃
• 分子量: 375.815
• InChiKey: VFICWCCQMHAXFS-LSCFUAHRSA-N

物化性质

• 熔点：
  200-202 °C
• 沸点：
  671.9±65.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.61±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.8
• 重原子数：
  26
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.35
• 拓扑面积：
  105
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N⁶-benzyl-5'-chloro-5'-deoxyadenosine 在 甲酸 、 silver perchlorate 、 溶剂黄146 、 potassium iodide 作用下， 以 水 为溶剂， 反应 2.0h， 生成 N⁶-benzyl-S-adenosylmethionine*TFA salt
  参考文献：
  名称：

  等位基因特异性蛋白质甲基转移酶抑制剂的设计

  摘要：

  蛋白质精氨酸甲基转移酶催化甲基从 S-腺苷甲硫氨酸 (SAM) 转移到靶蛋白中的精氨酸侧链，调节转录、RNA 加工和受体介导的信号传导。为了专门解决该家族各个成员的功能作用，我们采用了“凹凸洞”的方法，并设计了一系列针对酵母蛋白的 N(6)-取代的 S-腺苷高半胱氨酸 (SAH) 类似物甲基转移酶 RMT1。在 Rmt1 中发现了一个点突变 (E117G)，这使得该酶容易受到 SAH 类似物的选择性抑制。基于质谱的酶分析表明，N(6)-苄基-和 N(6)-萘甲基-SAH 两种化合物可以抑制突变酶，选择性大于 20。当 E117G 突变被引入酿酒酵母染色体时，Npl3p（一种已知的体内 Rmt1 底物）的甲基化可以通过 N(6)-萘基甲基-SAH 在所得等位基因中适度降低。此外，发现 N(6)-苄基-SAM 类似物可作为正交 SAM 辅因子。相对于选择性大于 67 的野生型酶，这种类似物优先

  DOI：

  10.1021/ja011423j
• 作为产物：
  描述：

  6-氯嘌呤核苷 在 六甲基磷酰三胺 、 氯化亚砜 作用下， 以 乙醇 为溶剂， 生成 N⁶-benzyl-5'-chloro-5'-deoxyadenosine
  参考文献：
  名称：

  等位基因特异性蛋白质甲基转移酶抑制剂的设计

  摘要：

  蛋白质精氨酸甲基转移酶催化甲基从 S-腺苷甲硫氨酸 (SAM) 转移到靶蛋白中的精氨酸侧链，调节转录、RNA 加工和受体介导的信号传导。为了专门解决该家族各个成员的功能作用，我们采用了“凹凸洞”的方法，并设计了一系列针对酵母蛋白的 N(6)-取代的 S-腺苷高半胱氨酸 (SAH) 类似物甲基转移酶 RMT1。在 Rmt1 中发现了一个点突变 (E117G)，这使得该酶容易受到 SAH 类似物的选择性抑制。基于质谱的酶分析表明，N(6)-苄基-和 N(6)-萘甲基-SAH 两种化合物可以抑制突变酶，选择性大于 20。当 E117G 突变被引入酿酒酵母染色体时，Npl3p（一种已知的体内 Rmt1 底物）的甲基化可以通过 N(6)-萘基甲基-SAH 在所得等位基因中适度降低。此外，发现 N(6)-苄基-SAM 类似物可作为正交 SAM 辅因子。相对于选择性大于 67 的野生型酶，这种类似物优先

  DOI：

  10.1021/ja011423j

文献信息

• <i>N</i>⁶,5‘-Disubstituted Adenosine Derivatives as Partial Agonists for the Human Adenosine A₃ Receptor
  作者：Erica W. van Tilburg、Jacobien von Frijtag Drabbe Künzel、Miriam de Groote、Roel C. Vollinga、Anna Lorenzen、Ad P. IJzerman

  DOI：10.1021/jm981090+

  日期：1999.4.22

  5'-(Alkylthio)-substituted analogues of N-6-benzyl- and N-6-(3-iodobenzyl)adenosine were synthesized in 37-61% overall yields. The affinities of these compounds for the adenosine A(1), A(2A), and A(3) receptors were determined using rat brain cortex, rat brain striata, and stably transfected human A(3) receptors in HEK 293 cells, respectively. The compounds proved to be selective for the adenosine A(3) receptor and displayed affinities in the nanomolar range. Compounds 8, 10, and 11 had the highest affinities for the A(3) receptor with K-i values ranging from 8.8 to 27.7 nM. In the N-6-benzyl series, compound 4 (LUF 5403), with a 5'-methylthio group, maintained a reasonable affinity and had the highest selectivity for the A(3) receptor. Compound 12 (LUF 5411), with an N-6-(3-iodobenzyl) group and a 5'-(n-propylthio) substituent, had the highest A(3) selectivity of all of the compounds and also displayed high affinity for this receptor (K-i = 44.3 nM). The compounds were also evaluated for their ability to stimulate [S-35]GTP gamma[S] binding in cell membranes expressing the human adenosine A(3) receptor. It appeared that the N-6,5'-disubstituted adenosine derivatives behaved as partial agonists. Compounds 2, 4, 8, and 10 had the highest intrinsic activities. Additionally, when tested in a cAMP assay, these compounds also behaved as partial agonists.
• Structure-Guided Design of a Methyl Donor Cofactor That Controls a Viral Histone H3 Lysine 27 Methyltransferase Activity
  作者：Jiaojie Li、Hua Wei、Ming-Ming Zhou

  DOI：10.1021/jm201000j

  日期：2011.11.10

  vSET (a viral SET domain protein) is an attractive polycomb repressive complex 2 (PRC2) surrogate to study the effect of histone H3 lysine 27 (H3K27) methylation on gene transcription, as both catalyze histone H3K27 trimethylation. To control the enzymatic activity of vSET in vivo with an engineered S-adenosyl-L-methionine (SAM) analogue as methyl donor cofactor, we have carried out structure-guided design, synthesis, and characterization of orthogonal vSET methyltransferase mutant/ SAM analogue pairs using a "bump-and-hole" strategy.
• Design of Allele-Specific Protein Methyltransferase Inhibitors
  作者：Qing Lin、Fanyi Jiang、Peter G. Schultz、Nathanael S. Gray

  DOI：10.1021/ja011423j

  日期：2001.11.1

  methylation of Npl3p, a known in vivo Rmt1 substrate, could be moderately reduced by N(6)-naphthylmethyl-SAH in the resulting allele. In addition, an N(6)-benzyl-SAM analogue was found to serve as an orthogonal SAM cofactor. This analogue is preferentially utilized by the mutant methyltransferase relative to the wild-type enzyme with a selectivity greater than 67. This specific enzyme/inhibitor and enzyme/substrate

  蛋白质精氨酸甲基转移酶催化甲基从 S-腺苷甲硫氨酸 (SAM) 转移到靶蛋白中的精氨酸侧链，调节转录、RNA 加工和受体介导的信号传导。为了专门解决该家族各个成员的功能作用，我们采用了“凹凸洞”的方法，并设计了一系列针对酵母蛋白的 N(6)-取代的 S-腺苷高半胱氨酸 (SAH) 类似物甲基转移酶 RMT1。在 Rmt1 中发现了一个点突变 (E117G)，这使得该酶容易受到 SAH 类似物的选择性抑制。基于质谱的酶分析表明，N(6)-苄基-和 N(6)-萘甲基-SAH 两种化合物可以抑制突变酶，选择性大于 20。当 E117G 突变被引入酿酒酵母染色体时，Npl3p（一种已知的体内 Rmt1 底物）的甲基化可以通过 N(6)-萘基甲基-SAH 在所得等位基因中适度降低。此外，发现 N(6)-苄基-SAM 类似物可作为正交 SAM 辅因子。相对于选择性大于 67 的野生型酶，这种类似物优先