Thermodynamic Characterization of New Positive Allosteric Modulators Binding to the Glutamate Receptor A2 Ligand-Binding Domain: Combining Experimental and Computational Methods Unravels Differences in Driving Forces
作者:Ann-Beth Nørholm、Pierre Francotte、Eric Goffin、Iuliana Botez、Laurence Danober、Pierre Lestage、Bernard Pirotte、Jette S. Kastrup、Lars Olsen、Chris Oostenbrink
DOI:10.1021/ci500559b
日期:2014.12.22
along with the ITC data, this suggested that the differences in binding free energies are largely explained by the direct ligand-surrounding enthalpies. Furthermore, we used the OSP setup to predict binding affinities for a series of polysubstituted fluorine compounds and monosubstituted methyl compounds and used these predictions to characterize the modulator binding pocket for this scaffold of positive
离子型谷氨酸受体 GluA2 的正变构调节为认知障碍(例如阿尔茨海默病)提供了潜在的治疗方法。在本研究中,我们描述了一系列单氟取代的 3,4-二氢-2 H -1,2,4-苯并噻二嗪 1,1-二氧化物的合成、药理学和热力学研究。通过等温滴定量热法 (ITC) 对配体结合的测量表明,GluA2 LBD 处的调节剂系列具有相似的结合亲和力,但热力学驱动力存在差异。结合图5c(7-F)和6(无-F)是焓驱动的,图5A(5-F)和图5b(6-F)的熵驱动。对于5D(8-F),两个数量的大小相等。热力学积分 (TI) 和一步扰动 (OSP) 用于计算调节剂的相对结合亲和力。OSP 计算具有比 TI 更高的预测能力,并且结合较短的总仿真时间,我们发现 OSP 方法对于此设置更有效。此外,从分子动力学模拟中,我们提取了焓和熵,以及 ITC 数据,这表明结合自由能的差异在很大程度上是由直接配体周围的焓解释的。此外,