5'-amino-2',3'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-deoxyadenosine | 251296-59-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 5'-脱氧核糖核苷
• 英文名称: 5'-amino-2',3'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-deoxyadenosine
• 英文别名: 5'-amino-5'-deoxy-2',3'-O-di-tert-butyldimethylsilyladenosine；9-[(2R,3R,4R,5R)-5-(aminomethyl)-3,4-bis[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy]oxolan-2-yl]purin-6-amine
• CAS: 251296-59-0
• 化学式: C₂₂H₄₂N₆O₃Si₂
• 分子量: 494.785
• InChiKey: NFDOXKUHNXDECN-WVSUBDOOSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.05
• 重原子数：
  33
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.77
• 拓扑面积：
  123
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-amino-2',3'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-deoxyadenosine 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 三乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 2.0h， 生成 2',3'-bis-O-tert-butyldimethylsilyl-5'-deoxy-N6-(ethoxycarbonyl)-5'-[(N-methylcarbamoyl)amino]-adenosine
  参考文献：
  名称：

  合成，SAR，和新颖的抗增殖机理初步评价Ñ 6，5'-双-脲基和5'-氨基甲酰基- ñ 6个-ureidoadenosine衍生物

  摘要：

  我们已经开发了制备有效的方法Ñ 6，5'-双- ureidoadenosine衍生物和它们的5'-氨基甲酰基- ñ 6 -脲基同源。的治疗5'-叠氮基-5'-脱氧Ñ 6 - （ñ -烷基或-arylurea）腺苷衍生物（6A - d）用H 2 /钯-碳或PH 3次/时2 O，随后Ñ -甲基p -nitrophenylcarbamate给ñ 6，5'-双-脲基产品7A - d在49-78％的产率。5'-氨基甲酰基-N 6中的类似衍生物-ureido系列的制备方法是，先用N-甲基-对-硝基苯基氨基甲酸酯处理2'，3'- bis- O -TBS-腺苷（11），然后用适当的异氰酸酯酰化，得到13a - d，产率为45-69％。通过用氯甲酸乙酯处理5' - N-甲基脲基或5'- N-甲基氨基甲酰腺苷衍生物，在55中得到N 6-乙氧羰基衍生物（9和14），从而获得了一种更通用的途径来从这两个系列中获取

  DOI：

  10.1016/j.bmc.2011.11.043
• 作为产物：
  描述：

  O^2'_,O3'_,O5'-tris-(tert-butyl-dimethyl-silanyl)-adenosine 在 乙醇 、 三苯基膦 、 zinc(II) chloride 、 zinc dibromide 、 肼 、 偶氮二甲酸二乙酯 作用下， 以 四氢呋喃 、 硝基甲烷 、 乙醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 140.5h， 生成 5'-amino-2',3'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-deoxyadenosine
  参考文献：
  名称：

  水介导协会提供离子对受体

  摘要：

  在本文中，我们报告了包含杯 [4] 芳烃 - 鸟苷共轭物 cG 2 的水稳定二聚体的形成和性质。 1,3-替代杯芳烃 cG 2 在干燥的 CDCl(3) 中溶解性差，并给出了分辨率不佳的 NMR 谱，与其非特异性聚集一致。该化合物更易溶于水饱和的CDCl(3)。cG 2 中鸟苷残基的两组解析良好的 (1) H NMR 信号以 1:1 的比例存在，表明该化合物的 D(2) 对称性已被破坏，并提供了 cG 2 在水饱和的CDCl(3)。生成的二聚体 (cG 2)(2).(H(2)O)(n)() 具有独特的性质：它将碱金属卤化物盐从水中提取到有机溶液中。这种二聚体是自组装离子对受体的罕见例子。(cG 2)(2).NaCl的身份。(H(2)O)(n)() 二聚体通过比较其在 CDCl(3) 中的自扩散系数得到确认，该系数由脉冲场梯度 NMR 确定，与对照化合物 cA 3、腺苷类似物的自扩散系数相比

  DOI：

  10.1021/ja0364165

文献信息

• Structure-Based Design, Synthesis, and Biological Evaluation of Non-Acyl Sulfamate Inhibitors of the Adenylate-Forming Enzyme MenE
  作者：Christopher E. Evans、Yuanyuan Si、Joe S. Matarlo、Yue Yin、Jarrod B. French、Peter J. Tonge、Derek S. Tan

  DOI：10.1021/acs.biochem.9b00003

  日期：2019.4.9

  sulfamoyladenosines (acyl-AMS) have been used extensively to inhibit adenylate-forming enzymes that are involved in a wide range of biological processes. These acyl-AMS inhibitors are nonhydrolyzable mimics of the cognate acyl adenylate intermediates that are bound tightly by adenylate-forming enzymes. However, the anionic acyl sulfamate moiety presents a pharmacological liability that may be detrimental to cell permeability

  N-酰基氨磺酰基腺苷（酰基-AMS）已被广泛用于抑制参与广泛生物学过程的腺苷酸形成酶。这些酰基-AMS抑制剂是同源的酰基腺苷酸中间体的不可水解模拟物，这些中间体被形成腺苷酸的酶紧密结合。但是，阴离子酰基氨基磺酸酯部分具有药理作用，可能不利于细胞通透性和药代动力学特征。我们之前已经开发了酰基氨基磺酸酯OSB-AMS（1）作为形成腺苷酸化酶MenE的有效抑制剂，MenE是细菌性甲基萘醌生物合成所需的邻琥珀酰苯甲酸酯-CoA（OSB-CoA）合成酶。在这里，我们报告了使用计算对接开发MenE的新型，非酰基氨基磺酸盐抑制剂。发现与间苯醚连接的类似物（5）是最有效的抑制剂（IC50 = 8μM; Kd = 244 nM），并且确定了其X射线共晶体结构以表征其结合模式。计算预测。这项工作为将来开发其他形成腺苷酸的酶的非酰基氨基磺酸盐抑制剂提供了框架。
• Amide-Linked Ribonucleoside Dimers Derived from 5‘-Amino-5‘-deoxy- and 3‘-(Carboxymethyl)-3‘-deoxynucleoside Precursors¹
  作者：Matt A. Peterson、Bradley L. Nilsson、Sanchita Sarker、Bogdan Doboszewski、Weijian Zhang、Morris J. Robins

  DOI：10.1021/jo9908647

  日期：1999.10.1

  Treatment of tert-butyldimethylsilyl (TBDMS) derivatives of 3'-keto(adenosine or uridine) with [(ethoxycarbonyl)methylene]triphenylphosphorane gave exocyclic alkenes that underwent stereoselective hydrogenation to give 3'-deoxy-3'-[(ethoxycarbonyl)methyl](Ado or Urd) analogues. Saponification provided the 3'-(carboxymethyl)-3'-deoxy(Ado and Urd) derivatives 37 and 38. Treatment of 37 or 38 with DCC and 5'-amino-2',3'-bis-O-TBDMS-5'-deoxynucleosides gave the amide-linked dimers (74-82%). Activation of 37 or 38 with 4-nitrophenol/DCC, and direct coupling of the 4-nitrophenyl esters with 5'-amino-5'-deoxy(Ado or Urd) in pyridine also produced amide dimers efficiently (65-70%). Analogous activation of a 5'-O-DMT-protected carboxylate, and its coupling with 5'-amino-5'-deoxy-2'-O-methyladenosine gave the amide dimer in good yield (74%). Coupling (DCC) of a 5'-azido-2'-O-TBDMS-3'-(carboxymethyl)-3', 5'-dideoxyuridine intermediate with 5'-amino-5'-deoxynucleosides gave amide-linked dimers (72-78%) that can serve as masked (azide reduction) 5'-amino dimers for analogous synthesis of extended amide-linked oligomers.