N⁶-benzoyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3'-O-(N,N-diisopropylamino)-[2-[N-isopropyl-N-(4-methoxybenzoyl)amino]ethoxy]phosphinyl-2'-deoxyadenosine | 291299-91-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: N⁶-benzoyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3'-O-(N,N-diisopropylamino)-[2-[N-isopropyl-N-(4-methoxybenzoyl)amino]ethoxy]phosphinyl-2'-deoxyadenosine
• 英文别名: N-[2-[[(2R,3S,5R)-5-(6-benzamidopurin-9-yl)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]oxolan-3-yl]oxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxyethyl]-4-methoxy-N-propan-2-ylbenzamide
• CAS: 291299-91-7；291300-20-4；291300-21-5
• 化学式: C₅₇H₆₆N₇O₉P
• 分子量: 1024.17
• InChiKey: TXMPBOAUNFYYLF-XZPVEWMSSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  9.1
• 重原子数：
  74
• 可旋转键数：
  23
• 环数：
  8.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.35
• 拓扑面积：
  161
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  13

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  2-(异丙基氨)乙醇 在 四氮唑 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 、 乙腈 为溶剂， 反应 4.17h， 生成 N⁶-benzoyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3'-O-(N,N-diisopropylamino)-[2-[N-isopropyl-N-(4-methoxybenzoyl)amino]ethoxy]phosphinyl-2'-deoxyadenosine
  参考文献：
  名称：

  2-苯甲酰胺乙基 - 一种用于寡核苷酸合成的新型磷酸盐保护基团

  摘要：

  合成了许多 5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基) 胸苷 N，N-二异丙基氨基亚磷酰胺，在 P(III) 处用 2-苯甲酰胺乙醇的衍生物保护，并将其掺入合成寡核苷酸中。根据烷基链、酰氨基和苯环上的取代模式，使用浓氢氧化铵去除这些保护基团所需的时间从 55 摄氏度 48 小时到 25 摄氏度 25 分钟不等。 在研究的 11 个组中, 2-[N-异丙基-N-(4-甲氧基苯甲酰基)氨基]乙基-(H)和ω-(硫代苯甲酰基氨基)烷基保护(I和K)最容易去除。2-[N-甲基-N-苯甲酰氨基]乙基（EG）的衍生物表现出中等稳定性，但2-（N-苯甲酰氨基）乙基（AC）的衍生物最稳定。对于反应性最强的基团 H，一种亚磷酸化试剂，bisamidite 60 被合成并用于制备四种脱氧核苷亚磷酰胺 28 和 65-67，以及 2'-O-(2-甲氧基乙基)-5-甲基尿苷亚磷酰胺 68。所有这些新型结构单元都在天然

  DOI：

  10.1021/ja0016396

文献信息

• A NOVEL PROTECTING STRATEGY FOR INTERNUCLEOSIDIC PHOSPHATE AND PHOSPHOROTHIOATE GROUPS
  作者：Andrei P. Guzaev、Muthiah Manoharan

  DOI：10.1081/ncn-100002480

  日期：2001.3.31

  The utility of 2-(N-isopropyl-N-anisoylamino)ethyl group for protection of internucleosidic phosphate linkages in oligonucleotide synthesis was studied. The group demonstrated high coupling yields, favorable deprotection kinetics and a high hydrolytic stability of phosphoramidite building blocks. The mechanism of deprotection was established using a model phosphate triester.
• 2-Benzamidoethyl Group − A Novel Type of Phosphate Protecting Group for Oligonucleotide Synthesis
  作者：Andrei P. Guzaev、Muthiah Manoharan

  DOI：10.1021/ja0016396

  日期：2001.2.1

  2-(N-benzoylamino)ethyl group (A-C) were the most stable. For the most reactive group, H, a phosphitylating reagent, bisamidite 60, was synthesized and used in the preparation of four deoxynucleoside phosphoramidites 28 and 65-67, plus the 2'-O-(2-methoxyethyl)-5-methyluridine phosphoramidite 68. All of these novel building blocks were successfully tested in the preparation of natural, 20-mer oligonucleotides

  合成了许多 5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基) 胸苷 N，N-二异丙基氨基亚磷酰胺，在 P(III) 处用 2-苯甲酰胺乙醇的衍生物保护，并将其掺入合成寡核苷酸中。根据烷基链、酰氨基和苯环上的取代模式，使用浓氢氧化铵去除这些保护基团所需的时间从 55 摄氏度 48 小时到 25 摄氏度 25 分钟不等。 在研究的 11 个组中, 2-[N-异丙基-N-(4-甲氧基苯甲酰基)氨基]乙基-(H)和ω-(硫代苯甲酰基氨基)烷基保护(I和K)最容易去除。2-[N-甲基-N-苯甲酰氨基]乙基（EG）的衍生物表现出中等稳定性，但2-（N-苯甲酰氨基）乙基（AC）的衍生物最稳定。对于反应性最强的基团 H，一种亚磷酸化试剂，bisamidite 60 被合成并用于制备四种脱氧核苷亚磷酰胺 28 和 65-67，以及 2'-O-(2-甲氧基乙基)-5-甲基尿苷亚磷酰胺 68。所有这些新型结构单元都在天然