2′-amino-2′-deoxy-2′-N-methyl-2′-N-(pyren-1-ylmethyl)-5′-O-(4,4′-dimethoxytrityl)uridine | 801220-52-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 2′-amino-2′-deoxy-2′-N-methyl-2′-N-(pyren-1-ylmethyl)-5′-O-(4,4′-dimethoxytrityl)uridine
• 英文别名: 2'-amino-2'-deoxy-2'-N-methyl-2'-N-(pyren-1-ylmethyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)uridine；2'-amino-2'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-N-methyl-2'-N-(pyren-1-ylmethyl)uridine；1-[(2R,3R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-hydroxy-3-[methyl(pyren-1-ylmethyl)amino]oxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 801220-52-0
• 化学式: C₄₈H₄₃N₃O₇
• 分子量: 773.885
• InChiKey: GJTKTILCLUJSAO-IOLTVGELSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  7.6
• 重原子数：
  58
• 可旋转键数：
  12
• 环数：
  9.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.21
• 拓扑面积：
  110
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2′-amino-2′-deoxy-2′-N-methyl-2′-N-(pyren-1-ylmethyl)-5′-O-(4,4′-dimethoxytrityl)uridine 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 碳酸氢钠 、 溶剂黄146 作用下， 以 二氯甲烷 、 水 、 1,2-二氯乙烷 为溶剂， 反应 124.5h， 生成 2′-amino-2′-deoxy-5′-O-(4,4′-dimethoxytrityl)-2-O-ethyl-2′-N-methyl-2′-N-(pyren-1-ylmethyl)uridine
  参考文献：
  名称：

  合并两种策略的双链DNA的混合序列识别：伪互补入侵探针。

  摘要：

  能够识别特定双链DNA（dsDNA）区域的分子策略的开发是一个长期的目标，这一点已由三链形成寡核苷酸，肽核酸（PNA），小沟结合聚酰胺以及更多的出现而得到证明。最近-工程化的蛋白质，例如CRISPR / Cas9。尽管取得了这一进展，但仍无法满足基于简单杂交的探针的需求，该探针可在生理条件下识别特定的混合序列dsDNA区域。在此，我们向这个方向介绍了伪互补Invader探针。这些双链探针是伪互补DNA（pcDNA）和Invader探针之间的嵌合体，它们通过引入由2-硫代胸腺嘧啶和2,6-二氨基嘌呤组成的伪互补碱基对而被激活，以进行混合序列dsDNA识别。嵌入剂功能化核苷酸的+1和+1链间拉链排列。我们证明某些伪互补的Invader探针设计可在高离子强度的缓冲液中非常有效且特异性地识别模型dsDNA目标。因此，这些嵌合探针作为用于分子生物学和核酸诊断中的dsDNA靶标的混合序列识别的一种有前途的策略。

  DOI：

  10.1021/acs.joc.6b00369
• 作为产物：
  描述：

  2-pyrenecarboxaldehyde 在 吡啶 、 三乙基硅烷 、 二氯乙酸 、 4-二甲氨基吡啶 、 甲酸 、 sodium cyanoborohydride 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 37.5h， 生成 2′-amino-2′-deoxy-2′-N-methyl-2′-N-(pyren-1-ylmethyl)-5′-O-(4,4′-dimethoxytrityl)uridine
  参考文献：
  名称：

  Conformationally controlled high-affinity targeting of RNA or DNA by novel 2′-amino-DNA/LNA mixmers and pyrenyl-functionalized 2′-amino-DNA

  摘要：

  含有 2â²-N-甲基-2â²-N-（吡喃-1-基甲基）-2â²-氨基-DNA 单体的 9-Mer DNA 序列对 DNA 互补体的亲和力显著增强，而相应的 2â²-amino-DNA 单体则对双链的稳定性产生不利影响。通过加入四个 LNA 核苷酸，诱导 B-DNA 到 A-DNA 的构象变化，可以有效地逆转这些影响。

  DOI：

  10.1039/b411626g

文献信息

• High-Affinity DNA Targeting Using Readily Accessible Mimics of N2′-Functionalized 2′-Amino-α-L-LNA
  作者：Saswata Karmakar、Brooke A. Anderson、Rie L. Rathje、Sanne Andersen、Troels B. Jensen、Poul Nielsen、Patrick J. Hrdlicka

  DOI：10.1021/jo201095p

  日期：2011.9.2

  them mimic the DNA-hybridization properties of N2′-pyrene-functionalized 2′-amino-α-L-LNAs. For example, oligodeoxyribonucleotides (ONs) modified with 2′-O-(coronen-1-yl)methyluridine monomer Z, 2′-O-(pyren-1-yl)methyluridine monomer Y, or 2′-N-(pyren-1-ylmethyl)-2′-N-methylaminouridine monomer Q display prominent increases in thermal affinity toward complementary DNA relative to reference strands (average

  N2'-芘官能化的 2'-氨基-α-L-LNA（锁核酸）由于芘部分的有利预组织用于杂交诱导的嵌入，因此对互补 DNA 靶标表现出非凡的亲和力。不幸的是，这些单体的合成具有挑战性（~20 步，<3% 的总产率），这阻碍了基于这些材料的 DNA 靶向应用的全面表征。获得更容易获得的功能模拟将是非常可取的。在这里，我们描述了一系列 O2'-嵌入剂功能化尿苷和 N2'-嵌入剂功能化 2'- N 的短合成路线-甲基-2'-氨基尿苷单体，并通过热变性、紫外-可见吸收和荧光光谱实验证明，其中一些模拟了 N2'-芘功能化 2'-氨基-α-L-的 DNA 杂交特性低噪声放大器。例如，寡脱氧核糖核苷酸（ONS）与2'-修饰ø - （coronen -1-基）甲基尿苷单体Ž，2'- ø - （芘-1-基）甲基尿苷单体Ý，或2'- ñ - （pyren- 1-ylmethyl)-2'- N - methylaminouridine
• EMBODIMENTS OF A PROBE AND METHOD FOR TARGETING NUCLEIC ACIDS
  申请人：Hrdlicka Patrick Jerzy

  公开号：US20140220573A1

  公开（公告）日：2014-08-07

  Disclosed embodiments concern a probe comprising one or more pairs of monomers capable of targeting a nucleic acid target. The pair of monomers may be arranged in a manner that promotes thermoinstability of the probe complex, thus producing a probe capable of locating and/or detecting a target. The probe also may comprise one or more natural or non-natural nucleotides capable of Watson-Crick base pairing with an isosequential nucleic acid target. Particular disclosed embodiments concern a method of using the disclosed probe to target nucleic acids. In particular disclosed embodiments, the probe may be incubated with a target nucleic acid and then be detected.

  公开的实施例涉及一种探针，包括一个或多个能够定位到核酸靶标的单体对。这对单体可以被排列在一种促进探针复合物热不稳定性的方式下，从而产生一种能够定位和/或检测靶标的探针。该探针还可以包括一个或多个自然或非自然核苷酸，能够与同构核酸靶标进行Watson-Crick碱基配对。特定的实施例涉及使用所公开的探针来定位核酸的方法。在特定的实施例中，探针可以与靶向核酸一起孵育，然后被检测到。
• Recognition of Double-Stranded DNA Using Energetically Activated Duplexes Modified with N2′-Pyrene-, Perylene-, or Coronene-Functionalized 2′-<i>N</i>-Methyl-2′-amino-DNA Monomers
  作者：Brooke A. Anderson、Jared J. Onley、Patrick J. Hrdlicka

  DOI：10.1021/acs.joc.5b00742

  日期：2015.6.5

  Invader probes have been proposed as alternatives to polyamides, triplex-forming oligonucleotides, and peptide nucleic acids for recognition of chromosomal DNA targets. These double-stranded probes are activated for DNA recognition by +1 interstrand zippers of pyrene-functionalized nucleotides. This particular motif forces the intercalating pyrene moieties into the same region, resulting in perturbation and destabilization of the probe duplex. In contrast, the two probe strands display very high affinity toward complementary DNA. The energy difference between the probe duplexes and recognition complexes provides the driving force for DNA recognition. In the present study, we explore the properties of Invader probes based on larger intercalators, i.e., perylene and coronene, expecting that the larger pi-surface area will result in additional destabilization of the probe duplex and further stabilization of probe target duplexes, in effect increasing the thermodynamic driving force for DNA recognition. Toward this end, we developed protocols for 2'-N-methyl-2'-amino-2'-deoxyuridine phosphoramidites that are functionalized at the N2'-position with pyrene, perylene, or coronene moieties and incorporated these monomers into oligodeoxyribonudeotides (ONs). The resulting ONs and Invader probes are characterized by thermal denaturation experiments, analysis of thermodynamic parameters, absorption and fluorescence spectroscopy, and DNA recognition experiments. Invader probes based on large intercalators efficiently recognize model targets.
• US9885082B2
  申请人：——

  公开号：US9885082B2

  公开（公告）日：2018-02-06
• Conformationally controlled high-affinity targeting of RNA or DNA by novel 2′-amino-DNA/LNA mixmers and pyrenyl-functionalized 2′-amino-DNA
  作者：Neerja Kalra、B. Ravindra Babu、Virinder S. Parmar、Jesper Wengel

  DOI：10.1039/b411626g

  日期：——

  9-Mer DNA sequences containing 2′-N-methyl-2′-N-(pyren-1-ylmethyl)-2′-amino-DNA monomers display significantly increased affinity towards DNA complements whereas the corresponding 2′-amino-DNA monomer has a detrimental effect on duplex stability. These effects are efficiently reversed by incorporation of four LNA nucleotides inducing a B-DNA to A-DNA conformational change.

  含有 2â²-N-甲基-2â²-N-（吡喃-1-基甲基）-2â²-氨基-DNA 单体的 9-Mer DNA 序列对 DNA 互补体的亲和力显著增强，而相应的 2â²-amino-DNA 单体则对双链的稳定性产生不利影响。通过加入四个 LNA 核苷酸，诱导 B-DNA 到 A-DNA 的构象变化，可以有效地逆转这些影响。