1β-[2,4-bis(benzoylamino)pyrimidin-5-yl]-1,2-dideoxy-5-O-(4,4′-dimethoxytriphenylmethyl)-D-ribofuranose | 1422959-06-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 1β-[2,4-bis(benzoylamino)pyrimidin-5-yl]-1,2-dideoxy-5-O-(4,4′-dimethoxytriphenylmethyl)-D-ribofuranose
• 英文别名: 1β-[2,4-bis(benzoylamino)pyrimidin-5-yl]-1,2-dideoxy-5-O-(4,4’-dimethoxytriphenylmethyl)-D-ribofuranose-3-[(2-cyanoethyl)(N,N-diisopropyl)]phosphoramidite；N-[2-benzamido-5-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-[2-cyanoethoxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxyoxolan-2-yl]pyrimidin-4-yl]benzamide
• CAS: 1422959-06-5
• 化学式: C₅₃H₅₇N₆O₈P
• 分子量: 937.045
• InChiKey: YZXOHEOUSRCGOU-XRBJJJEPSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  8.3
• 重原子数：
  68
• 可旋转键数：
  21
• 环数：
  7.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.3
• 拓扑面积：
  166
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  12

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  1β-(2,4-dichloropyrimidin-5-yl)-1,2-dideoxy-D-ribofuranose 在 吡啶 、 咪唑 、 4-二甲氨基吡啶 、 tris-(dibenzylideneacetone)dipalladium(0) 、 caesium carbonate 、 triethylamine tris(hydrogen fluoride) 、 N,N-二异丙基乙胺 、 4,5-双二苯基膦-9,9-二甲基氧杂蒽 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,4-二氧六环 、 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 54.0h， 生成 1β-[2,4-bis(benzoylamino)pyrimidin-5-yl]-1,2-dideoxy-5-O-(4,4′-dimethoxytriphenylmethyl)-D-ribofuranose
  参考文献：
  名称：

  遗传密码扩展有利于生物物理研究中 RNA 的位置选择性标记

  摘要：

  大自然依赖于高保真度地读取和合成遗传密码。因此，与规范的 A-T 和 G-C 碱基对正交的核酸构件特别适合促进核酸的位置特异性标记。在这里，我们使用正交 kappa-黄苷碱基对进行标记 RNA 的体外转录。我们设计了一种改进的合成路线，在固相合成中获得 kappa 核苷脱氧形式的亚磷酰胺。通过该 DNA 模板，我们证明了体外转录过程中黄嘌呤核苷的可靠掺入。使用核磁共振波谱法，我们表明黄嘌呤核苷仅在 RNA 螺旋中引入微小的结构变化。我们还合成了一种可点击的 7-脱氮黄苷，它允许用荧光团或其他标签对转录的 RNA 分子进行位点特异性修饰。

  DOI：

  10.1002/chem.201904623

文献信息

• Synthesis of 4-Aminophthalimide and 2,4-Diaminopyrimidine <i>C</i>-Nucleosides as Isosteric Fluorescent DNA Base Substitutes
  作者：Michael Weinberger、Falko Berndt、Rainer Mahrwald、Nikolaus P. Ernsting、Hans-Achim Wagenknecht

  DOI：10.1021/jo302768f

  日期：2013.3.15

  be further processed to the corresponding phosphoramidite as DNA building blocks that allow incorporation of these chromophores as artificial DNA bases by automated DNA synthesis. The combination of the poor stacking properties of 1 and the hydrogen bonding interface at the phthalimide functionality that does not fit to any of natural DNA bases in the counterstrand yields destabilization of the duplex

  4 aminophthalimide C-核苷1被设计为一个等量DNA碱基替代，以及合成路线核苷1与2,4-二氨基嘧啶-C-核苷一起2作为一个潜在的counterbase被制定。两种合成途径中的关键步骤均代表与2'-脱氧核糖呋喃糖苷糖基的立体选择性Heck型钯催化的交叉偶联，然后由NaBH（OAc）3进行立体选择性还原。核苷1在高极性和具有氢键合能力的溶剂中显示出溶剂化荧光色行为和明显的红移荧光。核苷1和2可以进一步加工成相应的亚磷酰胺作为DNA构建基块，从而可以通过自动DNA合成将这些生色团作为人工DNA碱基掺入。1的较差堆积特性和邻苯二甲酰亚胺官能团上的氢键键合界面（不适合反链中的任何天然DNA碱基）的组合会导致双链体在4-11°C时不稳定。代表性双链DNA中1的荧光特征是较大的斯托克斯位移和约12％的量子产率。考虑到发色团的尺寸非常小，这些都是非凡的光学性质，表明这些核苷类似物在荧光DNA分析和成像中具有很高的潜力。
• Genetic Code Expansion Facilitates Position‐Selective Labeling of RNA for Biophysical Studies
  作者：Andreas Hegelein、Diana Müller、Sylvester Größl、Michael Göbel、Martin Hengesbach、Harald Schwalbe

  DOI：10.1002/chem.201904623

  日期：2020.2.6

  synthesizing the genetic code with high fidelity. Nucleic acid building blocks that are orthogonal to the canonical A‐T and G‐C base‐pairs are therefore uniquely suitable to facilitate position‐specific labeling of nucleic acids. Here, we employ the orthogonal kappa‐xanthosine‐base‐pair for in vitro transcription of labeled RNA. We devised an improved synthetic route to obtain the phosphoramidite of the

  大自然依赖于高保真度地读取和合成遗传密码。因此，与规范的 A-T 和 G-C 碱基对正交的核酸构件特别适合促进核酸的位置特异性标记。在这里，我们使用正交 kappa-黄苷碱基对进行标记 RNA 的体外转录。我们设计了一种改进的合成路线，在固相合成中获得 kappa 核苷脱氧形式的亚磷酰胺。通过该 DNA 模板，我们证明了体外转录过程中黄嘌呤核苷的可靠掺入。使用核磁共振波谱法，我们表明黄嘌呤核苷仅在 RNA 螺旋中引入微小的结构变化。我们还合成了一种可点击的 7-脱氮黄苷，它允许用荧光团或其他标签对转录的 RNA 分子进行位点特异性修饰。