提出了用同位素编码的亲和标签标记肽N-末端的酶促方法。该方法利用胰蛋白酶在有机溶剂中合成肽的高活性。合成了包含稳定同位素编码的Arg残基和生物素标签的共底物。当将共底物与胰蛋白酶肽和胰蛋白酶在乙醇溶液中孵育时,稳定的同位素编码的亲和标签通过形成新的肽键特异性偶联至肽的N末端。标记的肽通过亲和素亲和色谱法进行了专门富集,然后进行了液相色谱-串联质谱分析(LC / MS / MS)进行定量。该富集步骤有效地减少了未标记肽的干扰。通过标记标准肽以及小鼠肝脏消化物,证明了该方法的出色性能。除一个氨基酸残基外,还通过这种酶促方法将一些二肽标签成功地引入了肽的N-末端。发现用这些标签标记的样品的鉴定是高度互补的。将短序列标签与肽偶联可能是提高蛋白质组分析覆盖率的有效方法。