2-[(2S,3R,5R)-2-(tert-Butyl-diphenyl-silanyloxymethyl)-5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-tetrahydro-furan-3-yl]-N-[(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-tetrahydro-furan-2-ylmethyl]-acetamide | 151807-43-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 2 '，5'-二脱氧核苷
• 英文名称: 2-[(2S,3R,5R)-2-(tert-Butyl-diphenyl-silanyloxymethyl)-5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-tetrahydro-furan-3-yl]-N-[(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-tetrahydro-furan-2-ylmethyl]-acetamide
• 英文别名: 2-[(2S,3R,5R)-2-[[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxymethyl]-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]-N-[[(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl]acetamide
• CAS: 151807-43-1
• 化学式: C₃₈H₄₇N₅O₉Si
• 分子量: 745.905
• InChiKey: JGQNZMCQXCSZJX-OQIPGWKFSA-N

物化性质

• 密度：
  1.34±0.1 g/cm3(Temp: 20 °C; Press: 760 Torr)(predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.34
• 重原子数：
  53.0
• 可旋转键数：
  11.0
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.45
• 拓扑面积：
  186.74
• 氢给体数：
  4.0
• 氢受体数：
  11.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-[(2S,3R,5R)-2-(tert-Butyl-diphenyl-silanyloxymethyl)-5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-tetrahydro-furan-3-yl]-N-[(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-tetrahydro-furan-2-ylmethyl]-acetamide 在 TEA 、 四丁基氟化铵 作用下， 以 四氢呋喃 、 吡啶 为溶剂， 反应 1.75h， 生成 2-((2S,3R,5R)-2-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)-5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)tetrahydrofuran-3-yl)-N-(((2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)tetrahydrofuran-2-yl)methyl)acetamide
  参考文献：
  名称：

  寡聚脱氧核苷酸中酰胺键连接的胸苷二聚体的合成和杂交特性

  摘要：

  已经制备了通过酰胺或N-甲基酰胺键连接的胸苷二聚体。通过固相合成将二聚体各自掺入DNA的正常链中三次。热变性研究表明，这些修饰几乎不会引起DNA：RNA双链体的不稳定。

  DOI：

  10.1016/s0040-4039(00)73923-2
• 作为产物：
  描述：

  3-C-allyl-1-[5-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-2,3-dideoxy-β-D-erythro-pentofuranosyl]thymine 在 sodium dihydrogenphosphate 、 四氧化锇 、 sodium perchlorate 、 O-(1H-benzotriazol-1-yl)-N,N,N',N'-tetramethyluronium hexafluorophosphate 、 N-甲基吗啉氧化物 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 二甲基亚砜 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 叔丁醇 为溶剂， 生成 2-[(2S,3R,5R)-2-(tert-Butyl-diphenyl-silanyloxymethyl)-5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-tetrahydro-furan-3-yl]-N-[(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-tetrahydro-furan-2-ylmethyl]-acetamide
  参考文献：
  名称：

  [EN] LINKAGE MODIFIED OLIGOMERIC COMPOUNDS
  [FR] COMPOSÉS OLIGOMÈRES MODIFIÉS PAR LIAISON

  摘要：

  本发明提供了包含从1到大约3个核苷酸间连接的间隙寡聚合物化合物，其中所述核苷酸间连接具有I至XVI式中的一种。在某些实施例中，包含I至XVI式中的一种核苷酸间连接，可以提高与目标RNA相对于非靶RNA的选择性。在某些实施例中，提高的选择性还提供了改进的毒性概况。某些这样的寡聚合物化合物适用于与互补核酸杂交，包括但不限于细胞中的核酸。在某些实施例中，杂交导致细胞中目标核酸的活性或表达量的调节。

  公开号：

  WO2019245957A1

文献信息

• SYNTHESIS AND PHOTOCHEMICAL BEHAVIOUR OF A T-T DIMER CONTAINING AN AMIDE LINKAGE
  作者：Martial Thomas、Pascale Clivio、Dominique Guillaume、Jean-Louis Fourrey

  DOI：10.1081/ncn-100002460

  日期：2001.3.31

  A T-T dimer characterized by an amide linkage to replace the phosphodiester backbone has been synthesized using a modified radical strategy. The new synthetic approach makes use of a thymidin-3'-yl phosphorodithioate derivative as a precursor of 3'-allyl-3'-deoxythymidine. Standard chemical transformations of this derivative led to the desired T-T dimer incorporating an amide bond. The latter was irradiated

  已使用改良的自由基策略合成了以酰胺键取代磷酸二酯主链为特征的TT二聚体。新的合成方法利用胸苷3'-基二硫代磷酸酯衍生物作为3'-烯丙基-3'-脱氧胸苷的前体。该衍生物的标准化学转化导致所需的掺入酰胺键的TT二聚体。后者用254 nm波长的光照射，主要生成环丁烷和[6-4]光加合物。
• Nucleomimetic strategy for the inhibition of HIV-1 nucleocapsid protein NCp7 activities
  作者：Sabine Druillennec、Hervé Meudal、Bernard P. Roques、Marie-Claude Fournié-Zaluski

  DOI：10.1016/s0960-894x(99)00052-9

  日期：1999.2

  We report the synthesis and biological properties of three modified dinucleotides T*G, G*T and T*T in winch the natural phosphodiester linkage has been replaced by a methylene carboxamide unit. They have been designed to act as nucleomimetics of a sequence recognized by the HIV-1 nucleocapsid protein NCp7 and to inhibit this interaction. (C) 1999 Elsevier Science Ltd. All rights reserved.