N-(4,8-dihydro-6-iodo-4-oxoimidazo[1,2-a]-1,3,5-triazin-2-yl)-2-methylpropanamide | 803745-09-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氮化合物
• 英文名称: N-(4,8-dihydro-6-iodo-4-oxoimidazo[1,2-a]-1,3,5-triazin-2-yl)-2-methylpropanamide
• 英文别名: 2-[(N²-isobutyryl)amino]-6-iodo-8H-imidazo[1,2-a]-s-triazin-4-one；7-iodo-N²-isobutyryl-5-aza-7-deazaguanine；N-(6-iodo-4-oxo-3H-imidazo[1,2-a][1,3,5]triazin-2-yl)-2-methylpropanamide
• CAS: 803745-09-7
• 化学式: C₉H₁₀IN₅O₂
• 分子量: 347.115
• InChiKey: DOBXTOUBXCKCSP-UHFFFAOYSA-N

物化性质

• 密度：
  2.16±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.9
• 重原子数：
  17
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.33
• 拓扑面积：
  88.4
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-(4,8-dihydro-6-iodo-4-oxoimidazo[1,2-a]-1,3,5-triazin-2-yl)-2-methylpropanamide 在 甲醇 、 tris(2-methoxyethyl)amine 、 氨 、 potassium carbonate 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 1.5h， 生成 2-amino-8-(2-deoxy-β-L-erythro-pentofuranosyl)-6-iodoimidazo[1,2-a]-1,3,5-triazin-4-(8H)-one
  参考文献：
  名称：

  7-碘-5-氮杂-7-脱氮鸟嘌呤：端粒D和L配置2-脱氧核糖核苷的合成。

  摘要：

  的碘化Ñ 2异丁酰基-5-氮杂-7-脱氮鸟嘌呤（7）配有Ñ碘代丁二酰亚胺（NIS），得到7-碘Ñ 2异丁酰基-5-氮杂-7-脱氮鸟嘌呤（8在一个区域选择性反应）（方案1）。用2-脱氧-3，5-二-O-甲苯甲酰基-α -D-或α - L-赤型-戊呋喃糖基氯进行8的核碱基-阴离子糖基化提供了D-和L-核苷的异头混合物。通过结晶分离异头物D-核苷，得到α -D-异头物和β-D-异头物，具有出色的光学纯度。脱保护得到7-碘-5-氮杂-7-脱氮鸟嘌呤2'-脱氧核糖核苷3（β - D;≥99％de）和4（α- D;≥99％de）。用D系列进行的反应序列也应用于L-核苷，以提供化合物5（β- L;≥99％de）和6（α- L;≥95％de）。

  DOI：

  10.1002/hlca.200490201
• 作为产物：
  描述：

  N-(4,8-dihydro-4-oxoimidazo[1,2-a]-1,3,5-triazin-2-yl)-2-methylpropanamide 在 N-碘代丁二酰亚胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 0.5h， 以39%的产率得到N-(4,8-dihydro-6-iodo-4-oxoimidazo[1,2-a]-1,3,5-triazin-2-yl)-2-methylpropanamide
  参考文献：
  名称：

  核碱基功能化的5-Aza-7-脱氮鸟嘌呤核糖核苷和2'-脱氧核糖核苷：糖基化，Pd辅助交叉偶联和光物理性质。

  摘要：

  5-氮杂-7-脱氮鸟嘌呤核苷的特殊核碱基识别模式使其对于构建高嘌呤DNA，银介导的碱基对以及扩展四字母遗传编码系统具有重要价值。为了扩大5-氮杂-7-脱氮鸟嘌呤核苷的效用，在核碱基的7位引入了侧链。作为关键化合物，合成了7碘核苷。异丁酰化的5-氮杂-7-脱氮鸟嘌呤的碘衍生物与2,3,5-三-O-苯甲酰基-1-O-乙酰基-d-呋喃核糖的溴糖的核碱基阴离子糖基化得到纯的β-D异头N -9糖基化产物（67％），而一锅Vorbrüggen条件仅产生42％的碘化核苷。非碘代核苷的形成率为84％。为了合成2'-脱氧核糖核苷，用Hoffer's 2'进行阴离子糖基化 -脱氧卤代糖产生2'-脱氧核糖核苷的异头混合物（α-D= 33％，β-D= 39％）。通过Pd辅助的Sonogashira或Suzuki-Miyaura交叉偶联，从未保护的核苷制备各种侧链衍生物。在功能化的核糖核苷和异头2'-脱氧核糖核苷中

  DOI：

  10.1021/acs.joc.9b01347

文献信息

• 7-Iodo-5-aza-7-deazaguanine ribonucleoside: crystal structure, physical properties, base-pair stability and functionalization
  作者：Dasharath Kondhare、Simone Budow-Busse、Constantin Daniliuc、Frank Seela

  DOI：10.1107/s2053229620004684

  日期：2020.5.1

  positional change of nitrogen-7 of the RNA constituent guanosine to the bridgehead position-5 leads to the base-modified nucleoside 5-aza-7-deazaguanosine. Contrary to guanosine, this molecule cannot form Hoogsteen base pairs and the Watson-Crick proton donor site N3-H becomes a proton-acceptor site. This causes changes in nucleobase recognition in nucleic acids and has been used to construct stable `all-purine'

  RNA组成鸟嘌呤的N-7的氮7位置到桥头位置5的位置变化导致碱基修饰的核苷5-aza-7-deazaguanosine。与鸟嘌呤相反，该分子不能形成Hoogsteen碱基对，Watson-Crick质子供体位点N3-H成为质子受体位点。这会引起核酸中核碱基识别的变化，已被用于构建稳定的“全嘌呤” DNA和具有银介导碱基对的DNA。本工作报道了7-碘-5-氮杂-7-脱氮鸟苷C10H12IN5O5的单晶X射线结构（1）。碘化核苷在糖基键处显示反构象，而核糖部分显示N构象（O4'-endo），反平面方向为5'-羟基。晶体堆积通过核碱基与糖部分之间的相互作用来控制。7-碘取代基与核糖部分的氧-2'形成接触。核碱基的自配对不会发生。Hirshfeld表面分析值为1突出显示了核碱基与糖部分（OH ... O和NH ... O）的接触。用于评估碱基对稳定性的pK值差异的概念应用于嘌呤-嘌呤碱基配对，并预测了稳定碱基对可用于构建“全嘌呤”
• 5‐Aza‐7‐deazaguanine–Isoguanine and Guanine–Isoguanine Base Pairs in Watson–Crick DNA: The Impact of Purine Tracts, Clickable Dendritic Side Chains, and Pyrene Adducts
  作者：Aigui Zhang、Dasharath Kondhare、Peter Leonard、Frank Seela

  DOI：10.1002/chem.202005199

  日期：2021.5.6

  chains was performed. Oligonucleotides with single and multiple incorporations of 5‐aza‐7‐deaza‐2′‐deoxyguanosine, its tripropargylamine derivative, and 2′‐deoxyisoguanosine were synthesized. Duplex stability decreased if single modified purine–purine base pairs were inserted, but increased if pyrene residues were introduced by click chemistry. A growing number of consecutive 5‐aza‐7‐deazaguanine–isoguanine

  Watson-Crick编码系统取决于互补的嘌呤和嘧啶碱基的分子识别。现在，已经进行了以树突状侧链修饰的具有Watson-Crick和嘌呤-嘌呤碱基对的杂交DNA的构建。合成了单次或多次掺入5-氮杂-7-脱氮杂-2'-脱氧鸟苷，其三炔丙基胺衍生物和2'-脱氧异鸟苷的寡核苷酸。如果插入单个修饰的嘌呤-嘌呤碱基对，则双链体稳定性会降低，但如果通过点击化学引入pyr残基，则双链体稳定性会提高。越来越多的连续5-aza-7-deazaguanine-isoguanine碱基对导致强大的逐步双链体稳定作用，而鸟嘌呤-isoguanine碱基对则没有这种现象。宽敞的残留物很好地容纳在嘌呤-嘌呤DNA片段的大凹槽中。圆二色性光谱监测的整体螺旋结构的变化表明功能化对整体双螺旋结构的影响。这项研究探索了嘌呤碱基对实现的分子识别的新领域，嘌呤碱基对在氢键上是互补的，但相对于规范对而言，大小却没有。
• Alkynylated and Dendronized 5-Aza-7-deazaguanine Nucleosides: Cross-Coupling with Tripropargylamine and Linear Alkynes, Click Functionalization, and Fluorescence of Pyrene Adducts
  作者：Dasharath Kondhare、Aigui Zhang、Peter Leonard、Frank Seela

  DOI：10.1021/acs.joc.0c00926

  日期：2020.8.21

  was suggested in which the click product acts as a catalyst. Pyrene click adducts of linear alkynylated nucleosides showed pyrene monomer emission, while tripropargylamino adducts showed monomer and excimer fluorescence. The fluorescence intensities of the 5-aza-7-deazaguanine nucleosides were higher than those of their 7-deazaguanine counterparts. The reported clickable nucleosides can be utilized

  5-氮杂-7-脱氮鸟嘌呤桥头核苷相对于嘌呤核苷的识别面的改变允许在DNA和RNA中构建新的嘌呤-嘌呤或嘌呤-嘧啶碱基对。5-氮杂7-脱氮鸟嘌呤的可点击的衍生物是通过在由5-氮杂7-脱氮嘌呤部分的7位上引入乙炔基，1,7- octadiynyl，和tripropargylamino侧链合成的Sonogashira交叉耦合。通过铜催化的叠氮化物-炔烃环加成反应，使用1-叠氮甲基py进行点击反应。与带有线性炔基链的核苷相比，在三炔丙基氨基核苷上的铜（I）催化的点击反应明显更快且产率更高。同样，该反应可以用铜（II）作为催化剂进行。提出了一种自动催化的循环，其中点击产物充当催化剂。直链烷基化核苷的click点击加合物显示monomer单体发射，而三炔丙基氨基加合物显示单体和准分子荧光。5-aza-7-脱氮鸟嘌呤核苷的荧光强度高于其7-脱氮鸟嘌呤对应物的荧光强度。
• The 2′-C-methylribonucleoside of 5-aza-7-deaza-7-iodoguanine: Hydrogen and halogen bonding in nucleoside crystals, synthesis and physical properties
  作者：Dasharath Kondhare、Xenia Heddinga、Simone Budow-Busse、Constantin Daniliuc、Frank Seela

  DOI：10.1016/j.molstruc.2023.135535

  日期：2023.8

  structure of the 5-aza-7-deaza-7-iodoguanine 2′-C-methylribonucleoside 1 is described. The nucleoside was synthesized by stereoselective nucleobase anion glycosylation, yielding the protected nucleoside (70%), which was then deprotected to 1. By the same route, the non-iodinated 2′-C-methylribonucleoside 2 was obtained. In solution, the CD-spectrum of the iodinated 2′-C-methylribonucleoside 1 displays an

  描述了5-aza-7-deaza-7-iodoguanine 2'- C-甲基核糖核苷1的单晶 X 射线结构。核苷通过立体选择性核碱基阴离子糖基化合成，产生受保护的核苷 (70%)，然后脱保护为1。同法得到非碘化的2'- C-甲基核糖核苷2 。在溶液中，与非卤化2相比，碘化 2'- C-甲基核糖核苷1的 CD 光谱显示出几乎类似镜子的棉花效应，揭示了碘取代基对分子的强烈影响。铃木-宫浦交叉联轴器1与芘硼酸产生染料共轭物。芘偶联物显示出溶剂依赖性激基复合物荧光。根据1的单晶 X 射线结构，确定了固态构象参数。该分子显示出反构象、C3'-内( N ) 糖褶皱和5'-羟基的反周面取向。除了经典的氢键外，核苷1还具有从碘取代基到糖氧 O3' 的卤素键。Hirshfeld 表面分析支持这一发现。核苷1形成规则的、紧密堆积的结构，在核碱基之间和糖残基之间具有堆叠相互作用。碘化 2'- C-甲基核糖核苷1的晶体堆积与相应的核糖-和
• L-NUCLEOSIDES CONTAINING MODIFIED NUCLEOBASES
  作者：Frank Seela、W. Lin、Z. Kazimierczuk、H. Rosemeyer、V. Glaçon、X. Peng、Y. He、X. Ming、M. Andrzejewska、A. Gorska、X. Zhang、H. Eickmeier、P. La Colla

  DOI：10.1081/ncn-200059206

  日期：2005.4.1

  The synthesis of base modified L-nucleosides is described with pyrrolo[2,3-d]pyrimidines, pyrazolo[3,4-d]pyrimidines, benzimidazoles, and imidazo[1,2-a]-s-triazines as nucleobases. The conformation of the nucleosides is studied and the antiviral activity is evaluated.